Infinium HumanMethylation450K 매니페스트 파일 열 제목에 대한 자세한 설명이 나열되어 있습니다.

IlmnID : Illumina CG 데이터베이스의 고유 식별자. (프로브 ID).

이름: IlmnID.

Infinium_Design_유형: Infinium I(프로브 2개/위치) 또는 Infinium II(프로브 1개/위치).

다음_기본 : Infinium I 프로브의 경우, CpG 바로 뒤의 뉴클레오티드. Infinium II용 공란.

색상_채널 : Infinium I 프로브의 경우 “Next_Base” 신호의 색상 채널.

순방향_시퀀스: CG의 측면에 위치한 플러스 (+) 가닥(HapMap ) 시퀀스(5'~3').

유전체_빌드 : 매니페스트에서 참조한 유전체 빌드.

CHR : CpG가 포함된 염색체(빌드 37).

MAPINFO : CpG의 염색체 좌표(빌드 37).

SourceSeq : 중아황산염 변환 전 프로브 설계에 사용되는 원래 유전체 시퀀스.

염색체_36: CpG가 포함된 염색체(빌드 36).

Coordinate_36: CpG의 염색체 좌표(빌드 36).

스트랜드: 설계 가닥의 정방향(F) 또는 역방향(R) 지정.

*참고: 메틸레이션 매니페스트 파일에서 Forward Strand = genomic Plus (+) Strand 및 Reverse Strand = genomic Minus (-) Strand. 이러한 맥락에서 전진 및 후진은 dbSNP 에서 유래한 전진 및 후진 가닥 지정과 동등하지 않으며 Infinium 유전형 분석 적하목록에 제시됩니다.

Probe_SNP : 표적 CpG로부터 10 - 50개의 염기에 위치한 SNP(들)의 rsid(들).

Probe_SNP_10: 표적 CpG로부터 ≤ 10개의 염기에 위치한 SNP(들)의 rsid(들).

랜덤_로치 : 설계 과정에서 컨소시엄 구성원이 무작위로 선택한 CpG 유전자좌는 “참”으로 표시됩니다.

Methyl27_Loci : HumanMethylation27 어레이(95% 캐리오버)에서 캐리오버된 CpG는 “참”으로 표시됩니다.

UCSC_RefGene_이름: UCSC 데이터베이스의 표적 유전자 이름(들). *참고: 동일한 유전자 이름의 여러 목록은 스플라이스 변이를 나타냅니다.

UCSC_RefGene_등록: 표적 전사물(들)의 UCSC 수탁 번호(들). 수탁 번호는 표적 유전자 전사물과 동일한 순서로 제공됩니다.

UCSC_RefGene_그룹: UCSC의 CpG 위치를 설명하는 유전자 영역 특징 카테고리. 표적 유전자 전사물과 동일한 순서로 나열된 특징.

TSS200 = 전사 시작 부위(TSS)의 0~200개 염기 업스트림.
TSS1500 = TSS의 200~1500개 염기 업스트림.
5'UTR = TSS와 ATG 시작 부위 사이의 5' 비번역 영역 내.
본문 = 인트론, 엑손, TSS 또는 프로모터의 존재와 관계없이 ATG와 정지 코돈 사이.
3'UTR = 정지 코돈과 폴리 A 신호 사이.

UCSC_CpG_아일랜드_이름: UCSC의 CpG 섬 염색체 좌표.

UCSC_CpG_아일랜드와의 관계: CpG 섬에 대한 CpG의 위치.

쇼어 = 섬에서 0~2 kb.
선반 = 섬에서 2~4 kb.
N = CpG 섬의 상류(5’).
S = CpG 섬의 다운스트림(3’).

팬텀: FANTOM 4 프로모터와 관련된 저CpG 또는 고CpG 밀도 영역으로 FANTOM (포유류 유전체의 기능 주석) 컨소시엄의 분류. 

DMR : 차등적으로 메틸화된 영역(실험적으로 결정됨).

DMR = 차등 메틸화 영역.
CDMR = 암 특이적 차등 메틸화 영역.
RDMR = 재프로그래밍 특이적 차등 메틸화 영역.

인핸서: 예측된 인핸서 요소(인포매틱스를 사용하여 ENCODE 컨소시엄 에서 결정)는 “참”으로 표시됩니다.

HMM_Island :Hidden Markov Model Islands. 전산 예측 CpG 섬의 염색체 지도 좌표.

규제_기능_이름:  규제 기능의 염색체 지도 좌표(인포매틱스를 사용하여 ENCODE Consortium 에서 결정).

규제_기능_그룹 : 메틸레이션 컨소시엄에서 제공하는 “Regulatory_Feature_Name”에 언급된 규제 기능에 대한 설명.

유전자_관련
유전자_관련_세포_유형_특이적
비유전자_관련
프로모터_관련
프로모터_관련_세포_유형_특정
미분류
미분류_세포_유형_특정

DHS : DNase I Hypersensitivity Site(ENCODE 프로젝트에서 실험적으로 결정).

메틸레이션 매니페스트의 정보는 달리 명시되지 않는 한 유전체 빌드 37(HG19)을 참조합니다.