패터닝된 플로우 셀 기점은 클러스터 생성 중에 클러스터로 채워지며, 그런 다음 이러한 기점은 광학 시스템에 의해 이미징의 첫 번째 사이클 전에 플로우 셀을 적절히 정렬하는 데 사용됩니다. 기기가 런 시작 시 이러한 패턴화된 기점을 찾을 수 없는 경우, “패턴화된 기점 또는 대체 패턴화된 기점을 찾을 수 없음” 오류가 발생하고 런이 중지됩니다.
이러한 오류의 가장 빈번한 원인은 다음과 같습니다.
- 플로우 셀이 가이드 핀과 같은 높이에 있지 않습니다.
- 제1 화학 염기의 전달 불량
- 불량 리드 1 프라이머 혼성화
- cBot에서 라이브러리의 불량한 ExAmp 클러스터링
이러한 오류의 가장 일반적인 원인은 플로우 셀 시팅 문제입니다. 잠재적 플로우 셀 시팅 문제를 해결하려면 플로우 셀을 새 런으로 로드해야 합니다.
- HiSeq Control Software(HCS)의 Welcome 화면에서 Sequence > New Run을 선택합니다.
- 플로우 셀을 같은 쪽에 다시 로드하는 경우, HCS는 새 런을 설정하기 전에 물 세척이 필요합니다. 또는 플로우 셀을 HiSeq 4000 기기의 다른 쪽 또는 다른 HiSeq 3000/4000 기기로 이동할 수 있습니다.
- HCS에서 메시지가 표시되면 세척 플로우 셀에 SBS 시약을 프라이밍하는 옵션을 선택합니다. 이 단계는 시퀀싱 플로우 셀을 로드하기 전에 수행해야 합니다.
- 시퀀싱 플로우 셀과 HiSeq 스테이지를 습한 검사실 조직으로 세척합니다.
- 플로우 셀의 상단과 오른쪽의 가이드 핀에 플로우 셀을 단단히 다시 장착합니다. 진공을 맞물릴 때 정렬 문제가 발생할 수 있으므로 손가락이 플로우 셀에 닿지 않도록 하십시오.
- 위치 2로 이동할 때 진공 레버에 녹색 표시등이 계속 켜져 있으면 런 설정을 진행합니다.
- 기본 설정을 사용하여 위치 5 또는 6에서 SBS 시약을 펌핑하여 시퀀싱 플로우 셀 전반의 흐름을 확인합니다.
- 적절한 흐름이 확인되면 런을 시작합니다.
새 런을 시작한 후 또 다른 “패터닝된 기준 또는 대체 패턴화된 기준을 찾을 수 없음” 오류가 발생하면 클러스터링, 프라이머 혼성화 또는 기기 문제와 관련된 문제를 나타낼 수 있습니다. 추가 문제 해결 지원은 Illumina 기술 지원에 문의하십시오.