이 게시판에 설명된 단계는 NextSeq NextSeq500/550 또는 MiniSeq 기기에서 시퀀싱 데이터를 생성하고 데이터 분석을 위해 BaseSpace Sequence Hub를 사용하는 고객을 위한 것으로, 설정을 위해 준비 탭을 사용해야 합니다. 표준 지원 Illumina 라이브러리 준비 키트는 기본적으로 “준비 라이브러리” 섹션에 이미 포함되어 있지만, 비Illumina 라이브러리의 경우 맞춤형 Library Prep Kit 만들어 준비 탭을 통해 업로드해야 합니다. 듀얼 인덱스 키트와 싱글 인덱스 키트를 모두 생성할 수 있습니다. 사용자 지정 Library Prep Kit을 추가하려면 다음 단계를 수행합니다.
- LibraryPrep_Template-DualIndex.csv 또는 LibraryPrep_Template-SingleIndex-v2.csv 파일을 적절하게 다운로드합니다. 고유한 조합 인덱스를 사용하는 이중 인덱스 키트에 사용할 수 있는 템플릿은 없습니다(아래 중요 고려 사항 참조).
- Excel 또는 Notepad와 같은 일반 텍스트 편집기에서 파일을 엽니다.
- [설정]: [설정] 섹션에서 어댑터 트리밍에 사용할 어댑터 시퀀스를 나열합니다. 어댑터 트리밍을 원하지 않는 경우 AdapterSequenceRead1 및 AdapterSequenceRead2 라인을 삭제합니다.
- 참고: 어댑터 시퀀스에는 20자 제한이 있습니다.
- [인덱스1시퀀스]: [Index1Sequences] 섹션에서 첫 번째 열에 인덱스의 이름을 나열하고 두 번째 열에 관련 시퀀스를 나열합니다.
- [인덱스2시퀀스]: 듀얼 인덱스 라이브러리만 해당 —[Index2Sequences] 섹션에서 첫 번째 열에 두 번째 인덱스의 이름을 나열하고 두 번째 열에 관련 시퀀스를 나열합니다. 두 번째 인덱스 시퀀스를 역보체하지 마십시오. BaseSpace는 디멀티플렉싱 중에 이러한 시퀀스를 자동으로 역보체합니다.
- [DefaultLayout_ByWell]: [Index1Sequences] 섹션의 첫 번째 열에서 인덱스 이름을 복사하여 [DefaultLayout_ByWell] 섹션의 두 번째 열에 붙여 넣습니다. 모든 웰이 나열될 때까지 이 절차를 반복합니다.
- [DefaultLayout_ByColumn]: [Index1Sequences] 섹션에서 인덱스 이름을 복사하여 [DefaultLayout_ByColumn] 섹션의 두 번째 열에 붙여 넣습니다.
- 참고: 단일 인덱스 및 듀얼 인덱스 라이브러리의 경우 이 섹션에 최대 12개의 값을 입력합니다. 12개 이상의 열 값을 추가하면 라이브러리 설정의 웰 디스플레이가 중단됩니다.
- [DefaultLayout_ByRow]: 듀얼 인덱스 라이브러리만 해당 —[Index2Sequences] 섹션의 첫 번째 열에서 이름을 복사하여 [DefaultLayout_ByRow] 섹션의 두 번째 열에 붙여 넣습니다.
- 참고: 8개 이상의 행 값을 추가하면 라이브러리 설정의 웰 디스플레이가 중단됩니다.
- 변경 사항을 파일에 저장합니다.
- BaseSpace Sequence Hub에 로그인한 후 오른쪽 상단에서 이름을 선택하고 설정 을 선택합니다.
- 설정 섹션에서 라이브러리 준비 키트 를 선택합니다.
- 드롭다운에서 준비 탭을 선택합니다.
- New Library Prep Kit 를 선택합니다.
- 표시되는 화면에서 사용자 지정 키트의 이름을 지정하고 리드 유형, 인덱싱 전략 및 기본 리드 사이클과 같은 기타 옵션을 지정합니다. 단일 인덱스 라이브러리의 경우 Dual Index 확인란의 선택을 취소합니다. 그런 다음 .csv 파일 선택을 선택합니다.
- 9단계에서 저장된 CSV 파일을 선택한 다음 새 키트 만들기 를 선택합니다.
중요한 고려사항:
- [DefaultLayout_ByWell] 및 [DefaultLayout_ByColumn] 섹션의 모든 값을 입력해야 합니다. 듀얼 인덱스 라이브러리의 경우에만 [DefaultLayout_ByRow] 섹션을 입력해야 합니다. 사용 가능한 웰, 열 및 행 수보다 적은 수를 사용하는 경우 이미 사용된 인덱스 이름을 반복할 수 있습니다.
- 일부 인덱스 이름, 특히 웰 위치가 포함된 인덱스 이름은 플레이트 그래픽을 렌더링하지 못할 수 있습니다. 이 경우, 키트 템플릿에 제공된 대로 더 많은 일반명을 사용하십시오.
- 듀얼 인덱스 라이브러리는 최대 12개의 첫 번째 인덱스와 8개의 두 번째 인덱스를 사용하여 최대 96개의 고유한 인덱스 조합을 지원합니다. 고유한 조합 인덱스를 사용하는 듀얼 인덱스 키트는 맞춤형 키트로 지원되지 않습니다.
- 단일 인덱스 라이브러리는 최대 96개의 고유 인덱스 시퀀스를 지원합니다. 설정 방법의 예는 다음 CSV 파일에서 찾을 수 있습니다. LibraryPrep_Template-SingleIndex96-v2.csv.
- 한 번에 하나의 라이브러리 유형만 사용할 수 있습니다. 모든 인덱스의 길이는 동일해야 합니다. 서로 다른 인덱스 길이의 라이브러리 유형, 여러 어댑터 또는 단일 및 이중 인덱스는 지원되지 않습니다.
- 계정 설정의 라이브러리 준비 키트 섹션에서 모든 라이브러리 준비 키트를 확인하고 맞춤형 키트를 삭제할 수 있습니다.