Local Run Manager는 Illumina 벤치탑 시퀀서를 위한 통합 런 계획 및 분석 소프트웨어이며, 벤치탑 시퀀싱 데이터의 기기 외 설치 및 분석에도 사용할 수 있습니다. Local Run Manager는 데이터 리드와 함께 인덱스 리드에 대한 FASTQ 파일을 생성할 수 있지만 기본적으로는 생성되지 않습니다. Local Run Manger가 인덱스 리드에 대한 FASTQ 파일을 생성하기 위해 사용하는 분석 모듈(들)을 구성하려면 아래 단계를 따르십시오.

참고: Local Run Manager의 모듈식 특성으로 인해 인덱스 리드에 대한 FASTQ를 생성하려는 모든 분석 모듈에 대해 이러한 변경을 수행해야 합니다. 이는 글로벌 프레임워크 설정이 아닙니다.

1. Local Run Manager 분석 모듈 폴더로 이동합니다.
   1. 프레임워크 버전 1 및 2: C:\Illumina \Local Run Manager\Modules\{module}\{version}
   2. 프레임워크 버전 3: C:\Program Files\\Illumina \Local Run Manager\\Modules\\{module}\\{version}
2. Notepad와 같은 일반 텍스트 편집기에서 IsisConfigSettings.tsv 파일을 편집합니다.
   1. 참고: 파일 편집 또는 저장에 대한 권한 오류가 발생하면 관리자 모드에서 메모장을 실행합니다.
3. 라인을 추가하고 CreateFastqForIndexReads 값을 입력한 다음 탭을 입력한 다음 값 1을 입력합니다.
   아래 선이 표시되어야 하며, 화살표는 탭을 나타냅니다.
   
   참고: 옵션은 대소문자를 구분하며 적힌 대로 정확하게 입력해야 합니다.
4. IsisConfigSettings.tsv 파일을 저장하여 탭으로 분리된 값 텍스트 파일로 유지되도록 합니다. Local Run Manager 서비스를 다시 시작할 필요는 없습니다.

Local Run Manager 분석 모듈에서 이러한 확인 변경으로 수행한 모든 분석의 경우, 각 샘플에 대한 각 인덱스 리드에 대해 FASTQ 파일이 생성됩니다. 이 기능을 끄고 기본 FASTQ 생성 동작으로 되돌리려면 CreateFastqForIndexReads 행의 값을 1에서 0으로 변경하거나 행을 삭제하고 파일을 저장합니다.