고유한 듀얼 인덱스(UDI) 및 관련 라이브러리 준비 키트 이해
04/13/21
모범 사례와 함께 고유한 듀얼 인덱싱 전략을 사용하면 라이브러리가 모든 Illumina 시퀀싱 플랫폼에서 가장 높은 정확도로 시퀀싱 및 디멀티플렉스를 수행할 수 있습니다. 멀티플렉싱을 위한 라이브러리를 준비할 때, Illumina는 가장 정확한 디멀티플렉싱을 보장하기 위해 가능한 한 고유한 듀얼 인덱싱(UDI)을 사용하도록 고객에게 권장합니다.
Unique Dual Indexing에 대해 알아야 할 사항:
- 고유한 듀얼 인덱싱은 i5 및 i7 인덱스 리드 각각에 대해 구별되는 무관한 인덱스 시퀀스를 갖는 시퀀싱 전략입니다.
- 고유한 듀얼 인덱싱은 다운스트림 분석에서 관찰된 인덱스 호핑 리드를 필터링하기 위한 알려진 완화 조치입니다. 잘못 할당된 리드는 “미결정 리드”로 플래그가 지정되며 분석에서 제외될 수 있습니다. 인덱스 호핑에 대한 자세한 내용은 멀티플렉싱 및 다운스트림 분석에 대한 인덱스 할당 오류의 영향을 참조하십시오. 인덱스 호핑을 완화하기 위한 추가 모범 사례는 여기에서 확인할 수 있습니다.
- 고유한 듀얼 인덱스 또는 비이중화 인덱스는 라이브러리 준비 워크플로우에 대한 변경 없이 인덱싱 단계에서 사용됩니다.
- 조합 듀얼 인덱싱을 사용하면 모든 i5 및 i7이 동일한 플레이트의 다른 샘플 간에 공유되며 인덱스는 행을 따라 열 전반에서 반복됩니다. 개별 인덱스는 그렇지 않지만 조합은 고유합니다.
- 조합 듀얼 인덱싱과 대조적으로, 고유한 듀얼 인덱싱은 완전히 고유한 인덱스(예: 96웰 플레이트당 96개의 고유한 i5 및 96개의 고유한 i7)를 가지고 있습니다.
그림 1: 조합 듀얼 인덱싱을 사용하면 모든 i5 및 i7이 동일한 플레이트의 다른 샘플 간에 공유되며 인덱스는 행과 열에서 반복됩니다. 개별 인덱스는 그렇지 않지만 조합은 고유합니다. 조합 듀얼 인덱싱과 대조적으로, 고유한 듀얼 인덱싱은 완전히 고유한 인덱스(예: 96웰 플레이트당 96개의 고유한 i5 및 96개의 고유한 i7)를 가지고 있습니다.
다양한 Illumina 워크플로우에 사용할 수 있는 UDI 키트는 다음과 같습니다.
TruSeq Unique Dual Index 키트
| 제품명 | 카탈로그 번호 | 인덱스, 샘플 |
|---|---|---|
| IDT for Illumina - TruSeq DNA UD 인덱스 | 20020590 | 인덱스 24개, 샘플 96개 |
| IDT for Illumina - TruSeq DNA UD 인덱스 | 20022370 | 96개 인덱스, 샘플 96개 |
| IDT for Illumina - TruSeq RNA UD 인덱스 | 20020591 | 인덱스 24개, 샘플 96개 |
| IDT for Illumina - TruSeq RNA UD 인덱스 | 20022371 | 96개 인덱스, 샘플 96개 |
- TruSeq DNA UDI는 TruSeq DNA PCR-Free TruSeq DNA Nano 및 TruSeq DNA Exome과 호환됩니다.
- TruSeq RNA UDI는 TruSeq 가닥 mRNA 및 TruSeq 가닥 총 RNA와 호환됩니다.
IDT for Illumina DNA/RNA Unique Dual Index, Tagmentation 키트
| 제품명 | 카탈로그 번호 | 인덱스, 샘플 |
|---|---|---|
| IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation1 | 20027213 | 96개 인덱스, 샘플 96개 |
| IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation2 | 20027214 | 96개 인덱스, 샘플 96개 |
| IDT for Illumina Nextera DNA UD Indexes 세트 C | 20027215 | 96개 인덱스, 샘플 96개 |
| IDT for Illumina Nextera DNA UD Indexes 세트 D | 20027216 | 96개 인덱스, 샘플 96개 |
- 4개의 인덱스 세트는 모두 Nextera XT , Illumina DNA Prep 3 및 Illumina DNA Prep with Enrichment 4와 호환됩니다.
- IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Sets A-B (20027213, 20027214)는 Illumina RNA Prep with Enrichment 및 Illumina DNA PCR-Free 와 호환됩니다.
IDT for Illumina RNA Unique Dual Indexes, 라이게이션 키트
| 제품명 | 카탈로그 번호 | 인덱스, 샘플 |
|---|---|---|
| IDT for Illumina RNA UD Indexes 세트 A, 결찰 | 20040553 | 96개 인덱스, 샘플 96개 |
| IDT for Illumina RNA UD Indexes Set B, 결찰 | 20040554 | 96개 인덱스, 샘플 96개 |
- IDT for Illumina RNA UD Indexes, Ligation은 Illumina Stranded Total RNA 및 Illumina Stranded mRNA와 호환됩니다.
- 이 키트에는 Illumina DNA/RNA UD Index Plate용 IDT와 RNA Index Anchor Plate가 포함되어 있습니다. RNA 인덱스 앵커는 워크플로우와의 호환성을 위해 필요합니다.
IDT for Illumina UMI DNA/RNA Unique Dual Indexes, 라이게이션 키트
| 제품명 | 카탈로그 번호 | 인덱스, 샘플 |
|---|---|---|
| IDT for Illumina UMI DNA/RNA UD Indexes 세트 A, 결찰 | 20035701 | 96개 인덱스, 샘플 96개 |
| IDT for Illumina UMI DNA/RNA UD Indexes Set B, 결찰 | 20034702 | 96개 인덱스, 샘플 96개 |
- IDT for Illumina UMI DNA/RNA UD Indexes는 TruSight Oncology 500 High-Throughput과 호환됩니다.
- 이 키트에는 Illumina DNA/RNA UD Index Plate용 IDT와 UMI DNA Index Anchor Plate가 포함되어 있습니다. UMI DNA Index 앵커는 워크플로우와의 호환성을 위해 필요합니다.
Ampliseq for Illumina Unique Dual Index 키트
| 제품명 | 카탈로그 번호 | 인덱스, 샘플 |
|---|---|---|
| AmpliSeq UD Indexes for Illumina | 20019104 | 인덱스 24개, 샘플 24개 |
- AmpliSeq UDI는 모든 AmpliSeq for Illumina 라이브러리 준비 키트와 호환됩니다.
Illumina 어댑터 시퀀스의 전체 목록은 Illumina 어댑터 시퀀스 문서를 참조하십시오. Illumina 인덱스 키트의 전체 목록은 Illumina 어댑터 포트폴리오 게시판을 참조하십시오. 고유한 듀얼 인덱싱과 조합 듀얼 인덱싱의 비교는 듀얼 인덱스 시퀀싱 페이지를 참조하세요.