Illumina는 연구자들이 SARS-CoV-2의 시퀀싱을 할 수 있도록 3가지 접근법을 제공합니다. 차세대 시퀀싱(NGS)은 감염원에 대한 사전 지식 없이 샘플을 스크리닝하고 바이러스를 특성화하는 효과적인 방법을 제공합니다.아래 설명된 Illumina SARS-CoV-2 워크플로우는 진단 목적으로 사용되지 않습니다(이 게시판은 COVIDSeq 워크플로우를 다루지 않음). 자세한 정보와 예제 결과를 제공하는 애플리케이션 노트는 아래에 각 워크플로우에 포함되어 있습니다.
TruSeq Stranded Total RNA Gold 라이브러리 준비 워크플로우를 사용한 Total RNA 시퀀싱
- Illumina 벤치탑 시스템 애플리케이션 노트를 사용하여 코로나바이러스를 검출하기 위한 포괄적인 워크플로우.
- 샘플 준비 워크플로우:
- 시퀀싱 및 데이터 분석:
- 샘플당 1,000만 개의 리드가 권장되므로 면봉 또는 유사한 샘플 소스에서 직접 준비한 샘플은 NextSeq 시리즈 시스템에 가장 적합합니다.
- 동일한 라이브러리 준비 워크플로우를 사용하여 바이러스 배양으로부터 준비된 라이브러리는 샘플당 500,000 리드의 낮은 권장 리드 수로 인해 iSeq 100, MiniSeq 및 MiSeq 시스템을 포함한 다른 벤치탑 기기에 매우 적합합니다.
- 로컬 데이터 분석은 SARS-CoV-2 참조 유전체를 사용하여 Illumina Local Run Manager(LRM) 재시퀀싱 모듈을 사용하여 수행됩니다.
- 다운스트림 분석은 IDbyDNA Explify 플랫폼(www.idbydna.com/explify-platform)으로 수행할 수 있습니다.
Illumina DNA Prep with Enrichment(이전 명칭: Nextera Flex for Enrichment) 라이브러리 준비 워크플로우를 통한 인리치먼트 기반 시퀀싱
- Illumina NGS 시스템 애플리케이션 노트를 사용하여 코로나바이러스를 검출하기 위한 인리치먼트 워크플로우
- 샘플 준비 워크플로우:
- Viral RNA는 QIAGEN QIAmp Viral Mini Kit(카탈로그 번호 52904)로 추출됩니다.
- 바이러스 RNA는 Thermo Fisher의 Scientific Maxima H Minus Double-Stranded cDNA Synthesis Kit(Thermo Scientific, 카탈로그 번호 K2561)를 사용하여 역전사됩니다. 제1 가닥 합성 모듈 및 NEB로부터의 제2 가닥(비가닥) 합성 모듈을 포함하는 다른 역전사 워크플로우가 호환될 수 있다.
- Viral cDNA는Illumina DNA Prep with Enrichment library preparation kit(이전 명칭: Nextera Flex for Enrichment)에 대한 입력으로 사용되며호흡기 바이러스 올리고 패널(Illumina , 카탈로그 번호 20042472)로 강화됩니다.
- 시퀀싱 및 데이터 분석:
- 시퀀싱은 이러한 샘플에 대한 저판독 요구 사항에 적합한 벤치탑 iSeq 100, MiniSeq 또는 MiSeq 시스템에서 수행됩니다.
- 로컬 데이터 분석은 SARS-CoV-2 참조 유전체를 사용하여 Illumina Local Run Manager(LRM) 재시퀀싱 모듈을 사용하여 수행됩니다.
- 다운스트림 분석은 IDbyDNA Explify 플랫폼(www.idbydna.com/explify-platform)으로 수행할 수 있습니다.
AmpliSeq for Illumina SARS-CoV-2 Research Panel을 사용한 앰플리콘 시퀀싱
이 패널은 연구 전용(RUO) 애플리케이션이며 진단 절차에는 사용할 수 없습니다.