07/28/21
Infinium Mouse Methylation BeadChip의 성능을 평가하려면:
마우스 메틸레이션 BeadChip에 대한 컨트롤 정규화는 현재 GenomeStudio 2011.1에서 지원되지 않습니다. 이는 정규화에 사용되는 컨트롤 프로브 세트가 인간 시퀀스에 특이적이기 때문입니다. BeadArray Controls Reporter(BACR)는 Mouse Methylation BeadChip과 호환되지 않습니다.
다음 표는 Mouse Methylation BeadChip 의 제어 성능을 평가하는 가이드입니다. 예상 강도는 표적 종에만 적용됩니다. 즉, MUS로 표시된 프로브는 마우스 샘플에만 적용되고 HSA로 표시된 프로브는 인간 샘플에만 적용됩니다.
표 1: 샘플 독립적 컨트롤
|
목적 |
이름 |
그린 평가 |
빨간색 평가 |
예상 강도 |
|
염색 |
STN-DNP-높음 |
- |
+ |
높음 |
|
염색 |
STN-DNP-Bkg |
- |
+ |
배경 |
|
염색 |
STN-비오틴-높음 |
+ |
- |
높음 |
|
염색 |
STN-비오틴-Bkg |
+ |
- |
배경 |
|
연장 |
EXT-G |
+ |
- |
높음 |
|
연장 |
EXT-T |
- |
+ |
높음 |
|
연장 |
EXT-A |
- |
+ |
높음 |
|
연장 |
EXT-C |
+ |
- |
높음 |
|
하이브리드화 |
HYB-낮음 |
+ |
- |
낮음 |
|
하이브리드화 |
HYB-중간 |
+ |
- |
미디엄 |
|
하이브리드화 |
HYB-높음 |
+ |
- |
높음 |
|
표적 제거 |
TRM-1 |
- |
+ |
낮음 |
|
표적 제거 |
TRM-2 |
- |
+ |
낮음 |
표 2: 샘플 의존적 대조군
|
목적 |
이름 |
표적 종 |
그린(GRN) 평가 |
빨간색(빨간색) 평가 |
예상 강도 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-396C_MUS |
무스 근육 |
+ |
- |
높음 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-396U_MUS |
무스 근육 |
+ |
- |
배경 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-140C_MUS |
무스 근육 |
+ |
- |
낮음 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-140U_MUS |
무스 근육 |
+ |
- |
배경 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-409C_MUS |
무스 근육 |
- |
+ |
높음 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-409U_MUS |
무스 근육 |
- |
+ |
배경 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-318C_MUS |
무스 근육 |
- |
+ |
미디엄 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-318U_MUS |
무스 근육 |
- |
+ |
배경 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-317C_MUS |
무스 근육 |
- |
+ |
낮음 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-317U_MUS |
무스 근육 |
- |
+ |
배경 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-C1_HSA |
호모 사피엔스 |
+ |
- |
높음 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-C2_HSA |
호모 사피엔스 |
+ |
- |
미디엄 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-C3_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
높음 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-C4_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
높음 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-C5_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
높음 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-U1_HSA |
호모 사피엔스 |
+ |
- |
배경 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-U2_HSA |
호모 사피엔스 |
+ |
- |
배경 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-U3_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
배경 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-U4_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
배경 |
|
BISULFITE 전환 I |
BS1-U5_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
배경 |
|
BISULFITE 전환 II |
BS2-330_MUS |
무스 근육 |
- |
+ |
높음 |
|
BISULFITE 전환 II |
BS2-505_MUS |
무스 근육 |
- |
+ |
높음 |
|
BISULFITE 전환 II |
BS2-649_MUS |
무스 근육 |
- |
+ |
높음 |
|
BISULFITE 전환 II |
BS2-1_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
높음 |
|
BISULFITE 전환 II |
BS2-3_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
높음 |
|
BISULFITE 전환 II |
BS2-4_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
높음 |
|
특수성 I |
SP1-PM1_HSA |
호모 사피엔스 |
+ |
- |
높음 |
|
특수성 I |
SP1-PM2_HSA |
호모 사피엔스 |
+ |
- |
높음 |
|
특수성 I |
SP1-PM3_HSA |
호모 사피엔스 |
+ |
- |
높음 |
|
특수성 I |
SP1-MM1_HSA |
호모 사피엔스 |
+ |
- |
배경 |
|
특수성 I |
SP1-MM2_HSA |
호모 사피엔스 |
+ |
- |
배경 |
|
특수성 I |
SP1-MM3_HSA |
호모 사피엔스 |
+ |
- |
배경 |
|
특수성 I |
SP1-PM4_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
높음 |
|
특수성 I |
SP1-PM5_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
높음 |
|
특수성 I |
SP1-PM6_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
높음 |
|
특수성 I |
SP1-MM4_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
배경 |
|
특수성 I |
SP1-MM5_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
배경 |
|
특수성 I |
SP1-MM6_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
배경 |
|
특이성 II |
SP2-1_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
높음 |
|
특이성 II |
SP2-2_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
높음 |
|
특이성 II |
SP2-3_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
높음 |
|
폴리모르픽 아님 |
NPM-A_MUS |
무스 근육 |
- |
+ |
높음 |
|
폴리모르픽 아님 |
NPM-T_MUS |
무스 근육 |
- |
+ |
높음 |
|
폴리모르픽 아님 |
NPM-C_MUS |
무스 근육 |
+ |
- |
높음 |
|
폴리모르픽 아님 |
NPM-G_MUS |
무스 근육 |
+ |
- |
높음 |
|
폴리모르픽 아님 |
NPM-A_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
높음 |
|
폴리모르픽 아님 |
NPM-T_HSA |
호모 사피엔스 |
- |
+ |
높음 |
|
폴리모르픽 아님 |
NPM-C_HSA |
호모 사피엔스 |
+ |
- |
높음 |
|
폴리모르픽 아님 |
NPM-G_HSA |
호모 사피엔스 |
+ |
- |
높음 |
|
음성* |
NEG-# |
호모 사피엔스, 무스 머스큘러스 |
+ |
+ |
배경 |
* 404개의 음성 대조군 프로브의 평균 강도 및 표준 편차.
Infinium Mouse Methylation BeadChip 제품 파일은 Infinium Mouse Methylation BeadChip 지원 리소스 페이지에서 확인할 수 있습니다.
Infinium 통제 평가에 대한 추가 질문은 Illumina 기술 지원 부서 techsupport@illumina.com으로 문의하십시오.