시퀀싱 런의 전반적인 성공을 평가하기 위해서는 필터를 통과하는 리드 수(READS PF)를 결정하는 것이 중요합니다. 다음은 BaseSpace Sequence Hub(BSSH) 또는 Sequencing Analysis Viewer(SAV)를 사용하여 단일 레인, 단일 리드 및 런에 대해 필터를 통과하는 클러스터 수를 결정하는 단계별 지침입니다.

BaseSpace Sequence Hub

METRICS 탭에서 READS PF에 액세스하는 방법

1. 런을 선택합니다.
2. METRICS로 이동



그림 1. BSSH의 메트릭 탭.

3. 판독당 지표 찾기
4. READS PF 컬럼 찾기
   • 값은 레인당 계산된 READS PF 수입니다.
   • 페어드 엔드 런의 경우 이 수에 2를 곱하여 레인당 READS PF의 총 수를 계산합니다.
5. 전체 런에 대한 READS PF 수를 얻으려면 각 레인에 대한 총 READS PF 수를 추가하십시오.

그림 2. READS PF 값은 레인당 계산된 READS PF 수입니다. 페어드 엔드 런의 경우 이 수에 2를 곱하여 레인당 READS PF의 총 수를 계산합니다. 예를 들어, 여기에 표시된 NovaSeq 런은 레인 1의 리드 1에 2,313125,376개의 리드 PF가 있습니다. 이는 페어드 엔드 런이므로 레인 1의 총 READS PF 수는 4,626,250,752개입니다.

INDEXING QC 탭에서 READS PF에 액세스하는 방법

1. INDEXING QC로 이동
2. 레인당 PF READS 컬럼을 찾습니다.
   • 레인 사이를 전환하려면 드롭다운 메뉴를 사용하십시오.
3. 전체 런에 대한 READS PF 수를 얻으려면 각 레인에 대한 PF READS의 총 수를 추가하십시오.

참고: INDEXING QC 메트릭은 디멀티플렉싱 후 계산되므로 메트릭 탭보다 필터를 통과하는 클러스터의 더 정확한 수를 제공합니다.

그림 3. INDEXING QC 탭에는 레인당 필터를 통과하는 리드의 총 수가 표시됩니다. 레인 사이를 전환하려면 드롭다운 메뉴를 사용하십시오. 

시퀀싱 분석 뷰어

1. 요약으로 이동
2. Cluster Count PF(M) 열은 필터를 통과하는 리드의 수를 레인당 및 리드당 수백만 개로 표시합니다.
3. 리드당 필터를 통과하는 리드의 총 수를 얻으려면 특정 리드의 값을 추가합니다. 이 경우 리드 1에는 필터를 통과하는 클러스터가 4,659,600,000개 포함됩니다.
   • 참고: BaseSpace Sequence Hub 달리 Sequencing Analysis Viewer는 레인이 아닌 리드별로 메트릭을 표시합니다.



그림 4. 요약 탭의 Cluster Count PF(M) 열에는 레인당 수백만 개의 필터를 통과한 리드 수와 리드가 표시됩니다. 예를 들어, 레인 1의 리드 1에는 2,313,130,000개의 리드 통과 필터가 포함됩니다. 리드당 필터를 통과하는 리드의 총 수를 얻으려면 값 2,313,130,000 및 2,346,470,000을 추가합니다. 이 경우 리드 1에는 4,659,600,000개의 리드 통과 필터가 포함됩니다. 이 런의 필터를 통과하는 리드의 총 수는 약 9,319,200,000개입니다. 

4. 런에 대해 필터를 통과하는 리드의 총 수를 확인하려면 비인덱스 리드를 제외하고 Cluster Count PF 열의 모든 값을 추가합니다.
   • 정확한 값은 PF 리드 아래의 인덱싱 탭에서 확인할 수 있습니다.

그림 5. Indexes Passing Filter의 SAV 선택 창

참고: 값은 BSSH 및 SAV에서 약간 다르게 표시됩니다. 두 프로그램에서 PF 리드 탭은 요약 탭의 리드 PF 및 클러스터 카운트 PF(M)와 마찬가지로 동일한 값을 나타냅니다.

Sequencing Analysis Viewer 또는 BaseSpace Sequence Hub 대한 자세한 내용은 해당 지원 페이지를 참조하세요.

Sequencing Analysis Viewer

BaseSpace Sequence Hub