04/22/2021
염기 다양성이 낮은 라이브러리를 시퀀싱할 때 불균형한 뉴클레오티드 구성은 비패턴 플로우 셀, Q30 점수 및 데이터 출력에 대한 클러스터 템플릿 등록에 부정적인 영향을 미칠 수 있습니다.
Illumina 시퀀싱 플랫폼에서 염기 다양성의 중요성에 대한 자세한 내용은 회보 뉴클레오티드 다양성이란 무엇이며 왜 중요합니까?를 참조하십시오.
라이브러리의 낮은 염기 다양성을 보상하기 위해 Illumina는 시퀀싱을 위해 PhiX Control v3 라이브러리(FC-110-3001, 일반적으로 “PhiX”로 지칭)에서 스파이킹할 것을 권장합니다. PhiX Control v3 Library는 각 시퀀싱 주기 동안 낮은 다양성의 샘플 라이브러리가 부족한 균형 잡힌 형광 신호를 제공하는 다양한 염기 구성(45% GC 및 55% AT)을 가지고 있습니다. 이는 결과적으로 템플릿 등록을 지원하고 전반적인 런 품질을 향상시킵니다.
PhiX Control v3 Library 사용에 대한 자세한 내용은 Illumina Illumina 차세대 시퀀싱에서 PhiX Control v3 Library와 그 기능은 무엇입니까? 회보를 참조하십시오.
이 표에는 표시된 시퀀싱 플랫폼 및 제어 소프트웨어 버전에서 저다양성 라이브러리를 실행할 때 Illumina가 spiking을 권장하는 PhiX Control v3 라이브러리의 비율이 나와 있습니다.
| 플랫폼 | PhiX Aligned(%)† |
|---|---|
| iSeq 100 | 최소 5% |
| MiniSeq | 10~50%* |
| MiSeq(MCS 2.2 이상) | 최소 5% |
| NextSeq 500/550 | 10~50%* |
| NextSeq 1000/2000 | 10~50%** |
| HiSeq 1000/1500/2000/2500(HCS 2.2.38 이상) | 최소 5% |
| HiSeq 3000/4000(HCS 3.3.76 이하) | 10~50%* |
| HiSeq 3000/4000(HCS 3.4.0 이상) | 5~20%* |
| NovaSeq 6000 | 최소 5% |
† PhiX와 샘플 라이브러리 간의 클러스터링 효율성의 차이는 상기 목표 백분율인 정렬된 PhiX를 달성하는 데 필요한 PhiX 스파이크인 백분율에 영향을 미칠 수 있습니다. 예를 들어, 샘플 라이브러리가 PhiX보다 더 효율적으로 클러스터링되는 경우 더 많은 PhiX가 필요할 수 있습니다. 특정 라이브러리 및 플랫폼에 대한 질문이 있는 경우 techsupport@illumina.com으로 기술 지원팀에 이메일을 보내주십시오.
*PhiX는 실험에 따라 추가로 조정할 수 있습니다. Illumina는 더 높은 스파이크 인 백분율로 시작하고 런 성능에 따라 줄일 것을 권장합니다.
** NextSeq 1000/2000 P1 및 P2 600 사이클 키트를 사용하는 저다양성 라이브러리의 경우, 최적의 성능을 위해 리드의 최소 32%가 PhiX와 정렬되어야 합니다. 최종 % 리드 얼라인먼트 메트릭의 잠재적 변동을 고려하기 위해 40%로 스파이크하는 것이 좋습니다. 저다양성 라이브러리의 유형에 따라 최적화 후 감소할 수 있습니다.
자주 묻는 질문: