Illumina 클라우드 기반 유전체학 컴퓨팅 환경 BaseSpace Sequence Hub는 차세대 시퀀싱 데이터 관리 및 분석을 위한 강력한 솔루션을 제공합니다. 또한 DRAGEN , BCL Convert , bcl2fastq , Local Run Manager 및 MiSeq Reporter와 같이 로컬에 설치된 프로그램을 사용하여 추가 분석을 위해 런 데이터를 다운로드할 수 있습니다. BCL Convert MiSeq Reporter 개별 파일은 BaseSpace Sequence Hub 웹 인터페이스를 사용하여 다운로드할 수 있지만, 전체 런 폴더를 다운로드하려면 이 게시판에 설명된 소프트웨어 솔루션 중 하나를 사용하여 BaseSpace API를 통해 직접 통신하는 도구가 필요합니다.

BaseSpace Command Line Interface(CLI)

Linux, Windows 및 Mac OS X에서 사용할 수 있는 이 명령줄 도구는 런 데이터를 다운로드하는 데 사용할 수 있습니다. 런을 다운로드하려면 BaseSpace의 런 URL에서 얻거나 CLI 명령을 사용하여 얻은 런 ID 번호가 필요합니다.

bs 목록 런

BaseSpace 런에서 런 ID를 찾으려면 URL을 참조하십시오. 예를 들어,

https://basespace.illumina.com/run/277282/2x151PhiX.

“run/”(277282) 뒤에 오는 숫자는 런 ID 번호입니다.

설치 참고 사항: BaseSpace CLI 페이지는 직접 브라우저 다운로드 또는 wget 명령을 사용하여 다운로드 지침을 제공합니다.

BaseSpace 메인 CLI

런은 다음 명령 형식으로 다운로드됩니다.

bs 다운로드 실행 -i {RunIDNumber} -o {Destination}

위와 동일한 RunIDNumber 및 Destination을 사용하는 명령의 예는 다음과 같습니다.

bs 다운로드 런 -i 277282 -o 런다운로드

BaseSpace 카피

참고: 위에서 설명한 대로 기능이 기본 BaseSpace CLI 바이너리에 통합되었으므로 별도의 BaseSpace Copy 바이너리가 더 이상 배포되지 않습니다. BaseSpace Copy가 이미 설치된 사용자는 명령 형식으로 런을 다운로드할 수 있습니다.

bs-cp -v env:///Run/{RunIDNumber} {Destination}

BaseSpace의 기본 환경 값은 https://basespace.illumina.com/. BaseSpace CLI의 예제 명령은 다음과 같습니다.

bs-cp -v https://basespace.illumina.com/Run/277282 RunDownload

BaseMount

Linux 시스템에서 사용할 수 있는 이 도구는 BaseSpace 계정을 FUSE 파일 시스템으로 장착하고 cp 및 rsync와 같은 표준 명령줄 도구를 통해 데이터를 복사합니다.

참고: BaseMount 설치 프로그램은 현재 정기적인 유지 관리를 거치는 bintray에서 호스팅됩니다. BaseMount 다운로드 시 403 오류가 발생하면 bintray 상태 페이지에서 운전 정지 보고서를 확인하십시오.