08/24/2022
Illumina BCL Convert 소프트웨어는 Illumina 시퀀싱 시스템에서 생성된 바이너리 베이스 콜(BCL) 파일을 FASTQ 파일로 변환하는 독립형 로컬 Linux 애플리케이션입니다. Illumina DRAGEN Bio-IT Platform 에서 파생된 소프트웨어를 기반으로 하는 BCL Convert는 이전 bcl2fastq 소프트웨어에 비해 대규모 데이터 세트 처리의 속도와 효율성을 개선합니다. 현재 bcl2fastq와 BCL Convert가 모두 지원되지만, BCL Convert는 향후 bcl2fastq를 대체할 계획입니다. BCL Convert 호환성 지원 페이지는 두 프로그램 간의 광범위한 비교를 제공합니다. 이 게시판은 bcl2fastq(v2.20)의 최신 릴리스와 BCL Convert 간의 사용 및 기능 변경에 대한 보다 자세한 비교를 제공합니다.
| 기능 | bcl2fastq 2.20 | BCL Convert | bcl2fastq의 변화 |
|---|---|---|---|
| 파일 이름 | <Sample_Name>_S#_L00#_<R or I>#_00#.fastq.gz또는 <Sample_ID>_S#_L00#_R#_001.fastq.gz(샘플_이름이 없는 경우) |
<Sample_ID>_S#_L00#_ 또는 |
항상 샘플 ID를 파일 출력 명명 규칙의 일부로 포함시키십시오. 샘플 이름은 BCL Convert 에서 무시됩니다. |
| FASTQ 헤더 | @Instrument:RunID:FlowCellID:Lane:Tile:X:Y[:UMI] 또는 SampleNumber |
@Instrument:RunID:FlowCellID:Lane:Tile:X:Y[:UMI] 또는 SampleNumber |
필터 플래그는 = “N”으로 설정되고 제어 비트는 “0”으로 설정됩니다. 누락된 기기는 지원되지 않습니다. |
| 예상 입력 파일 결정 | 정의된 입력 폴더에서 Config.xml이 예상됨:<input folder>/데이터/강도/기본 통화Config.xml이 없는 경우 정의된 입력 폴더에 RunInfo.xml이 예상됩니다. |
정의된 입력 폴더에서 Config.xml이 예상됨:<input folder>/데이터/강도/기본 통화Config.xml이 없는 경우 정의된 입력 폴더에 RunInfo.xml이 예상됩니다. |
변경 없음. |
| 명령줄 옵션 및 도움말 정보 표시 | --도움말 또는 -h--버전 또는 -v |
--도움말 또는 -h--버전 또는 -V |
명령줄에서 버전 정보를 얻으려면 명령에 대문자 “V”가 필요합니다. |
| 폴더 실행 | 명령줄:--런폴더-dir 또는 -R |
명령줄:--bcl-입력-디렉토리 |
지정된 입력은 동일하며(런 폴더의 최상위 레벨이 입력임), 명령줄 옵션만 변경되었습니다. |
| 입력 폴더 | 명령줄:--input-dir 또는 -i |
없음 | BaseCalls 폴더의 경로를 구체적으로 지정할 수 없습니다. |
| 출력 폴더 | 명령줄:--출력-디렉터 또는 -o(기본 입력 폴더) |
명령줄:--출력-디렉토리(필수, 기본값은 존재할 수 없음) 명령줄: --힘, -f(기존 폴더에 출력 작성 가능) |
출력 디렉토리가 필요합니다. 새 폴더의 디렉토리를 지정하십시오. 그렇지 않으면 --force를 사용하여 기존 폴더를 사용하십시오. |
| 샘플 시트 형식 | V1 형식만 해당. | V1 및 V2 형식 모두 허용됩니다. | V1 및 V2 포맷 변경의 예는 소프트웨어 가이드를 참조하십시오. |
| 샘플 시트 경로 | 명령줄:--샘플 시트(기본 입력 폴더, 샘플 시트 불필요) |
명령줄:--샘플 시트(기본 입력 폴더, 샘플 시트 필요) |
이제 샘플 시트가 필요합니다. 소프트웨어는 기본적으로 입력 런 폴더에서 SampleSheet.csv를 검색합니다. --sample-sheet 옵션은 파일 경로가 기본 위치에 있지 않은 경우 이를 지정하는 데 사용됩니다.참고: 샘플 시트의 데이터 섹션에 최소 하나의 Sample_ID가 필요합니다. |
| 누락된 기본 호출(BCL) 파일 무시 | 명령줄:--missing-bcls 무시(기본값 꺼짐) |
명령줄:--엄격 모드 거짓(기본값 거짓) |
누락되거나 손상된 BCL은 무시되고 해당 기본 호출은 품질 점수가 2(#)인 N으로 대체됩니다. |
| 누락되거나 손상된 필터 파일 무시 | 명령줄:--누락 필터 무시(기본값 꺼짐) 필터 파일이 누락된 모든 타일에 대해 PF를 가정합니다. |
명령줄:--엄격 모드 거짓(기본값 거짓) 동작 변경, 필터 파일이 누락된 타일의 리드에 대한 FASTQ 항목 없음 |
BCL Convert는 필터 파일이 누락된 리드에 대해 FASTQ 항목을 생성하지 않습니다. |
| 누락되거나 손상된 위치 파일 무시 | 명령줄:--누락 위치 무시(기본값 꺼짐) |
명령줄:--엄격 모드 거짓(기본값 거짓) |
FASTQ 파일 헤더에는 위치 파일이 누락된 경우 자동으로 생성된 고유한 XY 위치가 포함됩니다. |
| 실패한 리드가 PF라고 가정 | 명령줄:--실패한 리드 포함(기본값 꺼짐) |
없음 | 더 이상 지원되지 않습니다. |
| 읽기 시작 또는 끝 무시 | 샘플 시트:Read1StartFromCycle #(기본값 1)Read2StartFromCycle #(기본값 1)Read1EndWithCycle #(기본 마지막 주기)Read2EndWithCycle #(기본 마지막 주기)명령줄: --사용-베이스-마스크 Y#;N#(기본적으로 사용된 모든 사이클) |
샘플 시트:오버라이드사이클,Y#;N#(기본적으로 사용된 모든 사이클) |
OverrideCycle은 전체 분석에만 적용할 수 있습니다. OverrideCycles에는 레인당 옵션이 없습니다. 사이클은 리드 중간부터 무시할 수 없습니다. |
| i7/i5 인덱스에 염기 하위 집합 사용 | 샘플 시트: 레인 내 인덱스 또는 인덱스 2 열에 단축된 시퀀스를 제공하여 디멀티플렉싱을 위해 인덱스 사이클의 하위 집합을 사용합니다. 명령줄: --use-bases-mask I#N#(기본값은 RunInfo.xml에 정의된 모든 인덱스 사이클 사용). |
샘플 시트: 인덱스 또는 인덱스 2 열에 단축된 시퀀스를 제공하고 OverrideCycles 설정에서 원하는 길이를 제공하여 디멀티플렉싱에 인덱스 사이클의 하위 집합 사용 (기본값은 RunInfo.xml에 정의된 모든 인덱스 사이클 사용) |
OverrideCycles에서 리드당 정의된 사이클 수는 항상 RunInfo.xml의 해당 리드의 사이클 수와 일치해야 합니다. |
| 와일드카드 인덱스 시퀀스 | 없음 | 없음 | 인덱스에 대한 와일드카드 항목(N)은 지원되지 않습니다. |
| 인덱스 FASTQ | 샘플 시트: CreateFastqForIndexReads 0 또는 1 (기본값 0) 명령줄: --인덱스 리드용 Fastq 생성 |
샘플 시트: CreateFastqForIndexReads, 0 또는 1 (기본값 0) |
인덱스 리드에 대한 FASTQ 생성은 기본적으로 꺼져 있습니다. 활성화하려면 1의 값으로 샘플 시트 설정을 추가하십시오. 인덱스 리드가 OverrideCycles를 포함한 UMI로 지정되면 UMI 리드가 FASTQ 파일로 출력됩니다. 이 기능은 BCL Convert 버전 3.7.5에 도입되었습니다. |
| FASTQ 압축 사양 | 명령줄:--bgzf-압축 없음--fastq-압축 수준 |
없음 | FASTQ 파일은 항상 “–1”의 압축 수준으로 압축됩니다. 여러 gzip 압축 영역이 블록 크기가 큰 동일한 파일에 추가됩니다. 일부 도구는 첫 번째 gzip 영역을 지나 계속되지 않으면 이러한 파일의 압축을 완전히 풀지 못할 수 있습니다. |
| 바코드 불일치 | 명령줄:--바코드 불일치 # 또는 #,#(기본값 1 == 1,1) |
샘플 시트:BarcodeMismatchesIndex1,#(기본값 1) BarcodeMismatchesIndex2,#(기본값 1) 참고: 명령줄이 더 이상 지원되지 않습니다. |
인덱스 번호는 별도로 지정해야 합니다. |
| 바코드 충돌 검사 | 듀얼 인덱스 런의 경우, 바코드 충돌에 따라 오류를 제거하기 위해 인덱스 1과 인덱스 2가 충돌해야 합니다. | v3.10 기준: 듀얼 인덱스 런의 경우 바코드 충돌에 따라 오류를 제거하기 위해 1개의 인덱스(인덱스1 또는 인덱스2)만 있으면 충돌이 발생합니다. 인덱스 1 또는 인덱스 2(복합 듀얼 인덱스) 내의 동일한 인덱스는 여전히 지원됩니다. | 햄밍 거리에 대한 보다 엄격한 평가. 충돌 오류는 불일치 허용량을 줄여 해결할 수 있습니다. |
| 어댑터 리드 1, 2 트리밍 | 샘플 시트:어댑터/트림어댑터, |
샘플 시트:AdapterRead1,A/T/C/G(기본 트림) |
Read 1 및 Read 2 어댑터는 별도로 지정해야 합니다. |
| 어댑터 리드 1, 2 마스킹 | 샘플 시트:마스크어댑터 A/T/C/G |
샘플 시트:AdapterRead1,A/T/C/G(기본 트림) |
Read 1 및 Read 2 어댑터는 별도로 지정해야 합니다. |
| 어댑터 엄격성 | 명령줄:--어댑터-엄격성 #(기본값 0.9, 0.0~1.0 허용됨) |
샘플 시트:어댑터긴장도,#(기본값 0.9, 0.5~1.0 허용됨) 참고: 명령줄이 더 이상 지원되지 않습니다. |
이제 범위는 0.5~1.0 대 0.0~1.0입니다. |
| 어댑터 일치 알고리즘 | [설정] 섹션의 샘플 시트:FindAdaptersWithIndels 1(기본 설정: 0 = 슬라이딩 창) |
없음(항상 슬라이딩 창) | 인델이 있는 어댑터 찾기는 더 이상 지원되지 않습니다. |
| 어댑터와 일치할 때 마지막 베이스 다듬기 | 엄격성 설정에 따라 제공된 어댑터와 겹치는 경우 항상 최종 X 베이스를 트리밍하거나 마스킹합니다. | 샘플 시트:MinimumAdapterOverlap,#(기본값 1, 1~3 허용됨) X가 제공된 MinimumAdapterOverlap인 경우 엄격성 설정에 관계없이 제공된 어댑터와 겹치는 경우 X베이스보다 작은 베이스를 트리밍하거나 마스크하지 마십시오. |
기본 동작은 동일합니다. |
| 최소 리드 길이 | 명령줄:--최소-트리밍-읽기-길이 #(기본값 35) |
샘플 시트:MinimumTrimmedReadLength,#(기본값 35) 참고: 명령줄이 더 이상 지원되지 않습니다. |
샘플 시트의 일부. |
| 리드당 최소 ATCG 염기 수 | 명령줄:--마스크-짧은-어댑터-리드 #(기본값 22) |
샘플 시트:MaskShortReads,#(기본값 22) 참고: 명령줄이 더 이상 지원되지 않습니다. |
샘플 시트의 일부. |
| UMI 설정 | 샘플 시트:UMI 0,1 트리밍(기본값 0)Read1UMIStartFromCycle #(기본값 1)Read2UMIStartFromCycle #(기본값 1)Read1UMILength #Read2UMILength # |
샘플 시트:오버라이드사이클,U#TrimUMI,0 또는 1기본값 1) |
이제 UMI를 인덱스 또는 유전체 리드로 정의할 수 있습니다. 기본값은 UMI를 줄이는 것입니다. BCL Convert 버전 3.7.5에 도입된 TrimUMI 옵션 |
| 처리를 위해 타일 하위 세트 사용 | 명령줄:--타일(포함할 타일 목록 제공) |
명령줄:--타일(포함할 타일 목록 제공) |
--BCL Convert 버전 3.9에 도입된 타일 BCL Convert 지정된 모든 용어는 RunInfo.xml에도 존재해야 하지만, 특정 범위에 지정된 경우 BCL Convert는 RunInfo.xml에 존재하는 타일만 분석합니다. |
| 타일 처리 제외 | 샘플 시트:제외파일 번호: 처리에서 제외할 타일의 목록 또는 범위를 제공하십시오(타일 없음 기본값).제외TilesLaneX: 처리에서 제외할 X 레인의 타일 목록 또는 범위를 제공하십시오(타일 없음 기본값). |
명령줄:--first-tile-only true(기본값은 false)또는 --타일 제외(제외할 타일 목록 제공) |
테스트 목적으로 BCL Convert는 첫 번째 타일 전용 옵션이 NovaSeq SP 플로우셀과 호환되지 않는 경우에만 첫 번째 타일로 실행할 수 있습니다.--BCL Convert 버전 3.9에 도입된 타일 제외 BCL Convert --exclude-tiles에 대해 지정된 모든 용어는 --tiles 또는 RunInfo.xml에 의해 정의된 목록에 의해 생성된 세트와 일치해야 합니다. |
| 로깅 | 콘솔 출력 | 콘솔 출력 /Logs의 경고/오류 <output_directory>/정보 로그 파일.모든 FASTQ가 생성된 후 FastqComplete.txt를 <output_directory>/로그로. |
파일 로깅에 대한 새로운 지원. 더 적은 상세 로깅. 새로운 출력 파일: fastqcomplete.txt가 로그 폴더에서 생성됩니다. |
| 샘플 및 출력 FASTQ 파일 연결 | 없음 | <output_directory>/Reports에서 fastq_list.csv로 이동 |
이제 샘플 및 출력 FASTQ 파일 연결에 대한 새로운 보고서가 생성됩니다. |
| 여러 FASTQ 파일 결합 | 명령줄:--레인 분할 없음(기본값 꺼짐) |
명령줄:--레인 분할 없음(기본값 꺼짐) 샘플 시트: NoLaneSplitting,true 또는거짓(기본값 거짓) |
레인으로 분리된 FASTQ 파일의 연결은 이 설정을 활성화하여 수행할 수 있습니다. FASTQ는 명명 규칙에 따라 출력됩니다. <Sample_ID>_S#_<R or I>#_001.fastq.gz(L00# 미포함). 보고서는 레인별로 분리된 값으로 생성됩니다. 명령줄 옵션은 BCL Convert 버전 3.7.5에 도입되었습니다. BCL Convert 3.8에 도입된 샘플 시트 설정. 명령줄 및 샘플 시트 설정이 일관되어야 합니다. |
| 모든 리드 역보체 | 샘플 시트:역상보체 1(기본값 0) |
없음 | BCL Convert에서 지원되지 않는 Nextera Mate Pair 키트에 영향을 미칩니다. |
| 샘플 프로젝트 | 샘플 시트: 샘플 프로젝트 이름으로 디렉토리를 생성합니다. 동일한 프로젝트에서 여러 샘플을 사용할 수 있습니다. 프로젝트 이름으로 “모두” 또는 “기본값”을 사용할 수 없습니다. |
명령줄:--bcl-sampleproject-subdirectories true(기본값 거짓) 샘플 시트: 데이터 섹션의 Sample_Project 열. |
기본적으로 모든 FASTQ 파일은 샘플 시트 열에 관계없이 동일한 출력 디렉토리에 배치됩니다. 하위 디렉토리를 생성하려면 명령줄을 설정해야 합니다. |
| 샘플 이름 | 샘플 시트: FASTQ 이름에 사용됩니다. “모두” 또는 “미결정”을 이름으로 사용할 수 없습니다. |
소프트웨어는 V1 샘플 시트의 샘플 이름을 무시하고 V2 샘플 시트의 Sample_Name을 거부합니다. | |
| IndexMetricsOut.bin 출력 위치 | 명령줄:--interop-dir(기본값 <runfolder-dir>/InterOp) |
항상 <output_directory>/Reports로 출력합니다. |
사용자가 IndexMetricsOut.bin 출력 위치를 구성할 수 없습니다. |
| 완벽한 바코드 수, 불일치 바코드 1개 | DemultiplexingStats.xml 및 HTML 보고서에 제공됩니다. | Demultiplex_Stats.csv(<output_directory>/Reports)에서 제공. | 디멀티플렉싱 보고서가 있는 HTML 보고서는 생성되지 않습니다. |
| 알 수 없는 바코드 | AdapterTrimming.txt, DemultiplexingStats.xml, DemuxSummaryF#L#.txt, HTML 보고서에 제공. | Top_Unknown_Barcodes.csv에 보고됨 (기본 레인당 상위 1000개). 명령줄: --num-unknown-barcodes-reported #(Top_Unknown_Barcodes.csv에 보고할 알 수 없는 바코드 수 정의, 값이 0 이상이거나 “모두”). 이 기능은 v3.10에 도입되었습니다. |
AdapterTrimming.txt가 생성되지 않습니다. |
| 어댑터 트리밍 지표 | AdapterTrimming.txt에서 제공. | Adapter_Metrics.csv에서 제공됨. | |
| 레인별 처리 | 샘플 시트에서 원하는 레인만 정의합니다. |
|
샘플 시트 변경과 명령줄 옵션이 모두 필요합니다. |
| 처리 옵션 | 명령줄:--로드-스레드--처리-스레드--라이팅-스레드 |
명령줄:--bcl-num-감압-스레드--bcl-변환-스레드--bcl-num-압축-스레드--bcl-num-병렬-타일 |
기본값은 동적으로 설정됩니다. 이 옵션은 BCL에 도입되었습니다. 버전 3.7.5를 변환합니다. |