AmpliSeq for Illumina 제품 출시와 함께 Local Run Manager 2용 DNA Amplicon 및 RNA Amplicon 분석 모듈이 출시되었습니다.

• Local Run Manager 2는 iSeq, MiniSeq, MiSeq 및 NextSeq 500/550 시스템의 데이터를 기기 밖에서 분석하고 MiSeq Control Software 버전 3을 실행하는 iSeq 및 MiSeq을 탑재하는 데 사용할 수 있습니다.
• 기기 내 Local Run Manager 2가 없는 기기의 경우 기기 외 설치를 사용하여 분석을 수행해야 합니다.
• MiniSeq 사용자의 경우, MiniSeq용 Local Run Manager 게시판을 사용하여 AmpliSeq for Illumina 런을 설정하는 방법을 참조하십시오.

시퀀싱이 완료된 후, 전체 런 폴더를 기기 외부의 Local Run Manager 2 with AmpliSeq 모듈이 설치된 컴퓨터로 옮깁니다. 참고: 런 데이터를 로컬 컴퓨터에 복사해야 합니다. Local Run Manager가 데스크톱 및 문서와 같은 사용자별 폴더의 위치에서 런을 가져오지 못할 수 있습니다. 네트워크 위치의 런 데이터 분석은 권장되지 않습니다. DNA Amplicon 분석을 수행하는 사용자는 Local Run Manager 지원 사이트에서 사용할 수 있는 hg19 인간 유전체 버전도 다운로드하여 설치해야 합니다.

Local Run Manager 2 Off 기기로 데이터를 분석하려면 먼저 수동으로 또는 샘플 시트를 가져와서 런을 생성합니다.

옵션 1, 수동 런 설정:

1. Local Run Manager 대시보드에서 Create Run을 선택하고 DNA Amplicon 또는 RNA Amplicon을 선택합니다.
2. 런 이름을 입력하고 Library Kit 드롭다운 메뉴에서 AmpliSeq Library PLUS for Illumina(96)를 선택합니다.
3. 분석에 필요한 적절한 모듈별 설정을 선택합니다. 자세한 내용은 DNA Amplicon 및 RNA Amplicon 분석 모듈 가이드를 참조하십시오.
   • DNA Amplicon 분석을 수행할 때 AmpliSeq for Illumina 라이브러리는 BWA 전장 유전체 얼라이너를 사용하여 정렬됩니다. TruSeq Amplicon 얼라이너는 TruSeq Amplicon 라이브러리 전용입니다.
   • Indel Realignment는 선택적 설정입니다. 이 옵션을 사용하면 중간 크기의 인델 검출이 개선될 수 있지만, 전반적인 정확도에 대한 변화는 특정 패널에 따라 달라질 수 있습니다. indel realignment 옵션을 선택하면 총 분석 시간이 증가합니다. 이 옵션을 켜려면:
     1. Show Advanced Module Settings 확장
        
     2. 사용자 지정 설정 선택 + 추가
        
     3. “여기에 맞춤형 설정 입력” 필드에 VariantCallerRealignIndels를 입력합니다.
     4. Indel realignment 옵션을 활성화하려면 “Type setting value here” 필드에 true를 1로 입력하십시오.
        
4. 샘플 테이블에 샘플 ID를 입력하고 드롭다운 메뉴에서 인덱스 플레이트 웰을 선택합니다. 각 웰의 내용은 인덱스 어댑터 풀링 가이드 에서 확인할 수 있습니다. 인덱스 시퀀스가 자동으로 채워집니다.
5. 적하목록 드롭다운 메뉴에서 적하목록을 가져오거나 선택하고 유전체 드롭다운 메뉴에서 참조 유전체를 선택합니다.
6. 런 저장을 선택하여 Local Run Manager 대시보드로 돌아가거나 샘플 시트 내보내기를 선택하여 향후 사용을 위해 런 구성의 사본을 저장합니다.

옵션 2, 샘플 시트로 설정:

1. 샘플 시트는 Illumina Experiment Manager 1.15 이상 또는 Local Run Manager를 사용하여 생성할 수 있습니다. Illumina Experiment Manager 사용하는 경우 MiSeq을 기기로, FASTQ Only를 애플리케이션으로 선택합니다.
   • 참고: Local Run Manager는 MiniSeq 및 NextSeq 500/550 데이터 분석을 수행할 때 두 번째 인덱스를 자동으로 역보체합니다. 인덱스의 정방향(MiSeq) 방향을 항상 사용해야 합니다.
2. Local Run Manager 대시보드에서 Create Run을 선택합니다.
3. 드롭다운 메뉴에서 Local Run Manager 대시보드에서 DNA Amplicon 또는 RNA Amplicon을 선택합니다.
4. 샘플 시트 가져오기 를 선택합니다.
   
5. 샘플 시트에 실험 이름이 지정되지 않은 경우 런 이름을 입력합니다.
6. 옵션 1의 3~5단계를 따라 모듈별 설정, 매니페스트 및 참조 유전체를 선택합니다.
7. 런 저장을 선택하여 Local Run Manager 대시보드로 돌아가거나 샘플 시트 내보내기를 선택하여 향후 사용을 위해 런 구성의 사본을 저장합니다.

이제 런이 시퀀싱 준비 완료로 표시됩니다. 분석을 시작하려면:

1. 추가 옵션(런 이름 오른쪽에 있는 3개의 회색 점)을 선택하고 가져오기를 선택합니다.
2. 런 가져오기 창에서 런 폴더의 위치에 대한 경로를 입력합니다.
3. 분석 결과를 저장할 출력 폴더의 위치를 입력합니다. 출력은 전체 UNC 경로를 사용하는 로컬 드라이브 또는 네트워크 위치일 수 있습니다. 매핑된 레터 드라이브는 네트워크 출력 위치로 지원되지 않습니다.
4. 런 가져오기 를 선택합니다. 분석이 자동으로 시작됩니다.