Illumina 接头系列
10/13/21
测序的第一步是通过DNA或RNA构建文库。如图1所示，文库中包含DNA插入片段（DNA Insert），两端各有一个接头。
图1：双index文库片段示意图
接头包含：
- P5和P7序列：允许文库结合且能在flow cell上生成簇的序列
- Rd1 SP和Rd2 SP：启动测序的测序引物结合位点
- Index 1和Index 2：用于样本区分的index序列，可允许单次测序或单个Flow Cell通道中混合多个样本
Illumina提供多种接头试剂盒来实现更灵活和多样性的index策略，Illumina接头试剂盒之间的差异主要基于支持的样本数量，index的长度和序列，和连接到插入片段的化学方法的不同。
以下表格列出了Illumina接头试剂盒的产品规格：
- 复杂性指每个试剂盒中index序列种类的数量
- Index长度指分别读取index 1和index 2所需的测序循环数量
基于连接方式的接头 |
||||
接头名称 |
类别 |
复杂性 |
Index长度 |
兼容的文库制备试剂盒 |
TruSeq™ DNA/RNA Single Indexes |
单index |
24个样本 |
6 + 0 |
Nextera Mate Pair |
TruSeq ChIP-Seq |
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TruSeq DNA Nano |
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TruSeq DNA PCR Free |
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TruSeq DNA Exome |
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TruSeq Methyl Capture EPIC (Set A only) |
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TruSeq RNA Exome |
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TruSeq RNA V2 |
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TruSeq Stranded mRNA |
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TruSeq Stranded Total RNA |
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TruSight RNA Fusion |
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TruSight RNA PanCancer |
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TruSeq DNA/RNA CD Indexes |
组合双index |
96 |
8 + 8 |
TruSeq DNA Exome |
TruSeq DNA Nano |
||||
TruSeq DNA PCR Free |
||||
TruSeq Stranded mRNA |
||||
TruSeq Stranded Total RNA |
||||
IDT for Illumina |
唯一双index |
24 或者 96 |
8 + 8 |
TruSeq DNA Exome |
TruSeq DNA Nano |
||||
TruSeq DNA PCR Free |
||||
TruSeq Stranded mRNA |
||||
TruSeq Stranded Total RNA |
||||
TruSight Tumor 170 and |
组合双index(DNA), |
16 |
8 + 8 |
TruSight Oncology 500 |
TruSight Tumor 170 |
||||
唯一双index |
16 |
8 + 8 |
TruSight Oncology ctDNA |
|
AmpliSeq CD Indexes |
组合双index |
384个样本 |
8 + 8 |
AmpliSeq Panels |
AmpliSeq UD Indexes for Illumina |
唯一双index （板装） |
24 |
8 + 8 |
AmpliSeq Panels |
基于PCR扩增方式连接的接头 |
||||
接头名称 |
类别 |
复杂性 |
Index长度 |
兼容的文库制备试剂盒 |
Nextera™ DNA CD Indexes |
组合双index |
24 或者 96 |
8 + 8 |
Nextera DNA Exome |
Illumina DNA Prep, |
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Nextera XT Index Kit v2 Set A-D |
组合双index，兼容磁珠标准化的定量方式 （管装） |
384个样本 |
8 + 8 |
Nextera XT |
Nextera XT Index Kit |
组合双index，兼容磁珠的标准化的定量方式 （管装） |
24 |
8 + 8 |
Nextera XT |
TruSeq Custom Amplicon Index Kit |
组合双index，兼容磁珠标准化的定量方式 （管装） |
96 |
8 + 8 |
TruSight Myeloid Sequencing Panel |
R7XX/A5XX index kits |
组合双index （管装） |
24 |
6 + 8 |
TruSight Tumor 15 |
48 或者 384个样本 |
6 + 8 |
TruSeq Target RNA Expression |
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TruSight™ Rapid Capture Kits |
组合双index （管装） |
1,2,4,24 或者 96 |
8 + 8 |
TruSight Cancer |
TruSeq Neurodegeneration |
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TruSight Cardio |
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TruSight Inherited Disease |
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TruSight One |
||||
TruSight Rapid Capture |
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IDT for Illumina - |
唯一双index （板装） |
384个样本 （每套96种index） |
10 + 10 |
Illumina RNA Prep with Enrichment, |
Illumina DNA Prep, |
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Illumina DNA Prep with Enrichment, |
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Nextera XT |
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Illumina DNA PCR-Free Prep, |
||||
1：Illumina DNA Prep,(M) Tagmentation试剂盒原名为Nextera DNA Flex
2：Illumina DNA Prep with Enrichment, (S) Tagmentation2 试剂盒原名为Nextera Flex for Enrichment
3 ：IDT for Illumina -DNA/RNA UD Indexes Set A-D原名为IDT for Illumina Nextera DNA UD Indexes Set A-D
4 ：Illumina DNA PCR-Free Prep, Tagmentation此文库制备试剂盒仅与v1 sets A & B, and v2 sets C & D搭配进行过验证
您可以参考以下文档获得更多信息：
了解唯一双标签（UDI）与相关建库试剂盒
Index Adapters Pooling Guide
Illumina Adapter Sequences