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NextSeq 1000 및 NextSeq 2000 시퀀싱 시스템 사양

Robust and proven benchtop sequencing

규모에 따라 조정이 가능한 데이터 아웃풋, 효율적인 분석 소요 시간, 높은 데이터 품질 제공

XLEAP-SBS 사양서
NextSeq 2000 in lab setting

플로우 셀당 시퀀싱 출력a

XLEAP-SBS chemistry가 포함된 NextSeq 1000 및 NextSeq 2000

플로우 셀 유형 P1b P2b P3b,c P4c
1 × 50 bp       90 Gb
2 × 50 bp 10 Gb 40 Gb 120 Gb 180 Gb
2 × 100 bp   80 Gb 240 Gb 360 Gb
2 × 150 bp 30 Gb 120 Gb 360 Gb 540 Gb
2 × 300 bp 60 Gb 240 Gb    

a. 데이터 아웃풋 사양은 Illumina의 PhiX Control 라이브러리를 사용해 지원되는 클러스터 밀도(cluster density)로 얻은 수치를 근거로 합니다.
b. 표준 SBS 사양은 여기에서 확인.
c. P3 및 P4 시약은 NextSeq 2000 시스템에서만 이용 가능합니다.

유통 기한

NextSeq 1000 및 NextSeq 2000 시퀀싱 시스템

품목 보관 온도 P1, P2, P3 유통 기한 P4 유통 기한a
카트리지 -25°C~-15°C 6개월 3개월
플로우 셀 2°C~8°C 6개월 3개월
RSB(resuspension buffer), Tween 20 포함b 2°C~8°C 6개월 6개월

a. P4의 유통 기한은 2024년 상반기에는 3개월이며, 2024년 하반기에는 6개월로 연장될 예정입니다.
b. 실온 상태로 배송.

플로우 셀당 통과 필터 읽기

XLEAP-SBS chemistry 기반 NextSeq 1000 및 NextSeq 2000

플로우 셀 유형 P1a P2a P3a,b P4b
싱글 리드 100M 400M  1.2B 1.8B
페어드 엔드 리드 200M 개 800M  2.4B 개 3.6B

a. 표준 SBS 사양은 여기에서 확인.
b. P3 및 P4 시약은 NextSeq 2000 시스템에서만 이용 가능합니다.

Quality Score 및 런 타임

XLEAP-SBS chemistry가 포함된 NextSeq 1000 및 NextSeq 2000

플로우 셀 유형 P1 a P2 a P3 a,b P4 b
Quality Scoresc  
1 × 50 bp Q30 이상의 염기 ≥ 90%
2 × 50 bp Q30 이상의 염기 ≥ 90%
2 × 100 bp Q30 이상의 염기 ≥ 90%
2 × 150 bp Q30 이상의 염기 ≥ 90%
2 × 300 bp Q30 이상의 염기 ≥ 85%
런 타임d  
1 × 50 bp       12시간
2 × 50 bp 8시간 12시간 18시간 20시간
2 × 100 bp   19시간 31시간 34시간
2 × 150 bp 17시간 22시간 40시간 44시간
2 × 300 bp 34시간 42시간    

a. 표준 SBS 사양은 여기에서 확인.
b. P3 및 P4 시약은 NextSeq 2000 시스템에서만 이용 가능합니다.
c. Quality score는 Illumina PhiX Control 라이브러리를 기반으로 합니다. 성능은 라이브러리 유형 및 품질, 단편(insert) 크기, 사용 농도(loading concentration) 및 기타 실험 요인에 따라 다를 수 있습니다.
d. 런 타임에는 NextSeq 1000 또는 NextSeq 2000 시스템에서의 클러스터 생성, 시퀀싱, 베이스 콜링에 소요된 시간이 포함됩니다.

주요 애플리케이션의 예상 샘플 처리량a

XLEAP-SBS chemistry가 포함된 NextSeq 1000 및 NextSeq 2000

애플리케이션 P1b P2b P3b,c P4c
  샘플 수 샘플 수 샘플 수 샘플 수

작은 전장 유전체 시퀀싱(300 사이클 횟수)

130 Mb 유전체, 30개× 커버리지

 7 30 92 138

전장 엑솜 시퀀싱(200 사이클 횟수)

엑솜당 약 8Gb, 평균 커버리지의 90배

 약 2일 10 30 45

총 RNA-Seq(200 사이클 횟수)

샘플당 50M 리드 페어

 2d 8 24 36

mRNA-Seq(200 사이클 횟수)

샘플당 25M 리드 페어

 4d 16 48 72

단일세포 RNA-Seq(100 사이클 횟수)

5K 세포, 20K 세포당 리드 수

 1e 4 12 48

miRNA-Seq 또는 Small RNA 분석(50 사이클 횟수)

11M 샘플당 리드

 9f 36f 108f 163
16S RNA 시퀀싱(600 사이클) 384g 384g  

a. 표에 제시된 값은 런당 예상 샘플 처리량을 나타냄. 권장되는 시퀀싱 뎁스는 대체로 샘플의 종류와 실험 목적에 따라 결정되며, 각 연구에 맞춰 최적화 필요.
b. 표준 SBS 사양은 여기에서 확인.
c. P3 및 P4 시약은 NextSeq 2000 시스템에서만 이용 가능.
d. P1 300 Cycle Kit 이용.
e. P1 시약은 단일세포 품질 관리 실험에 적합.
f. 100 Cycle Kit 이용.
g. Illumina는 최대 384개의 고유한 듀얼 인덱스(unique dual index) 지원.

기기 사양

NextSeq 1k / 2k instrument specifications
  • 기기 구성
    DRAGEN Bio-IT Platform의 2차 분석용 FPGA를 통합한 독립형 dry instrument
  • 기기 제어 컴퓨터
    베이스 유닛: 2U 마이크로서버 내장
    메모리: 288 GB 하드 드라이브: 3.8 TB SSD
    운영체제(OS): Linux CentOS 7.6
  • 운영 환경
    실내 전용
    온도: 15°C~30°C
    습도: 비응축 상대 습도 20~80%
    고도: 0~2,000 m
  • 레이저
    파장
    449 nm, 523 nm, 820 nm
  • 패키지 규격
    W × D × H
    92 cm × 120 cm × 118 cm
    무게: 232 kg
  • 규격
    W × D × H
    55 cm × 65 cm × 60 cm
    (21.7 in × 25.6 in × 23.6 in)
  • 무게
    141 kg (310.9 lb)
  • 패키지 무게
    232 kg (511.5 lb)
  • 전력 요구 사항
    기기 입력 전압: AC 100~240 V
    기기 입력 주파수: 50/60 Hz
  • 네트워크 연결 대역폭
    내부 네트워크 업로드: 200 Mbps/기기
    BaseSpace Sequence Hub 업로드: 200 Mbps/기기
    기기 운영 데이터 업로드: 5 Mbps/기기
  • 제품 안전 및 규정 준수
    안전성: 1등급 레이저 제품
    NRTL 인증 IEC
    61010-1 CE 마크 획득
    FCC/IC 승인
상세 사양 설명서(PDF) 보기

주요 기술

XLEAP-SBS chemistry

NextSeq 1000 및 NextSeq 2000 시스템은 표준 Illumina SBS chemistry의 입증된 기반을 바탕으로 구축된 더 빠르고 더 높은 품질의 더 견고한 SBS chemistry인 XLEAP-SBS chemistry를 기반으로 합니다. XLEAP-SBS 뉴클레오티드는 최신 염료와 열에 더 내성이 있고, 가수분해율 50배 감소, 그리고 2.5배 더 빠른 블록 절단을 보여, 페이징 및 프리페이징을 감소시키는 새로운 링커와 블록을 사용합니다. XLEAP-SBS 중합효소는 그 어느 때보다 더 빠르고 높은 정확도로 뉴클레오티드를 포합하도록 설계되었습니다.

 

유전체 데이터 무손실 압축 기술

NextSeq 1000 및 NextSeq 2000 시퀀싱 시스템 기기 내에서 유전체 데이터를 무손실 압축(lossless compression)할 수 있습니다. 이 기술은 초고속 매핑 기법을 사용하여 리드를 참조 유전체(reference genome)에 매핑한 다음, 해당 리드를 재생성하는 데 필요한 데이터(위치 및 차이점 목록)만 저장합니다.

패턴화된 플로우 셀 기술

NextSeq 1000 및 2000 시스템은 혁신적인 패턴화된 플로우 셀 기술을 활용하며, 다양한 시퀀싱 애플리케이션에 적합한 처리량을 제공합니다. 패턴화된 플로우 셀은 정해진 위치에 수십억 개의 나노웰(nanowell)을 가지고 있으며, 시퀀싱 클러스터의 간격이 균일하게 설계되어 있습니다. 이를 통해 시퀀싱 리드 및 전체 데이터 아웃풋이 크게 증가합니다.