미생물 유전체학
미생물 유전체학

정확하고 완전한 미생물 유전체 생성

미생물의 종합적인 분석을 위한 전장 유전체 시퀀싱

미생물 분리주의 전장 유전체 시퀀싱이란 무엇입니까?

미생물 분리주의 전장 유전체 시퀀싱은 새로운 유기체의 유전체를 매핑하거나, 알려진 유기체의 유전체를 완성하거나, 여러 샘플의 유전체를 비교하는 데 중요한 도구입니다. 정확한 참조 유전체 생성, 미생물 식별 및 다른 비교 유전체 연구를 위해서는 전체 미생물 유전체의 시퀀싱이 중요합니다. 1~6

기존의 방법과 달리, NGS 기반 미생물 유전체 시퀀싱은 노동 집약적인 복제 단계에 의존하지 않으므로 시간을 절약하고 워크플로우를 간소화합니다. NGS는 다른 방법을 사용해 식별하기에는 비용이 너무 많이 들거나 간과되기 쉬운 저주파 변이 및 유전체 재배열을 식별할 수 있습니다.

Male scientist, back side view, pipetting into 8 lane plate in wet lab, plates and tubes in background, other scientist blurry in the foreground

De novo 미생물 유전체 시퀀싱

De novo 전장 유전체 시퀀싱은 유전체 참조를 사용하지 않고 유전체를 조립하는 것을 포함하며, 종종 새로운 미생물 유전체의 시퀀싱에 사용됩니다.7 Illumina 시퀀서는 고품질 초안 및 미생물 전장 유전체 조립을 위한 탁월한 미가공 판독 정확도와 리드 깊이를 제공합니다.8

미생물 전장 유전체 참조 기반 매핑

미생물 전장 유전체 재시퀀싱에는 세균, 바이러스 또는 기타 미생물의 전장 유전체를 시퀀싱한 다음 해당 시퀀스를 알려진 참조 시퀀스와 비교하는 작업이 포함됩니다. 빠르고 정확한 미생물 참조 게놈 시퀀스 정보를 생성하는 것은 저주파 돌연변이를 검출하고, 주요 결실 및 삽입을 발견하고, 미생물 균주 간의 다른 유전적 변화를 발견하는 데 중요합니다. 9~12

NGS 워크플로우 파인더

다음 워크플로우에서 추측을 배제하세요. NGS 워크플로우 파인더는 개인화된 솔루션 권장 사항과 리소스를 제공하므로 안심하고 시퀀싱할 수 있습니다.

지금 바로 적합한 차세대 시퀀싱 워크플로우 찾기

주요 애플리케이션

의료 관련 감염 감시 시스템

그 어느 때보다도 정확한 발병 및 전파 경로 식별과 추적을 위해 병원체의 유전자 구성을 식별하는 데 NGS가 어떻게 사용되는지 확인하세요.

식품 안전 감시 시스템

NGS는 고처리량 기능과 함께 민감한 검출 기능을 제공하여 식품 안전을 크게 개선할 수 있는 길을 열어 주고 있습니다. 과학자와 의료 전문가는 검사실 네트워크를 사용하여 전 세계에서 유전체 데이터를 수집하고 공유할 수 있습니다.

결핵 감시 시스템

결핵 검출, 특성화 및 분석을 위한 통합 NGS 기반 솔루션에 대해 알아보세요.

항균제 내성

NGS가 조기 검출, 발병 대응 및 임상 연구 분야에서 항균제 내성 연구를 어떻게 강화하는지 자세히 알아보세요.

미생물 전장 유전체 시퀀싱을 위한 권장 워크플로우

1
라이브러리 준비

Illumina DNA Prep

미생물 전장 유전체 시퀀싱 분석과 같은 시퀀싱 애플리케이션에 사용할 라이브러리를 준비하기 위한 빠르고 통합된 워크플로우입니다.

2
시퀀싱

iSeq 100 시스템

미생물 전장 유전체 시퀀싱 애플리케이션을 위한 사용하기 쉽고 저렴한 에코시스템의 NGS 기술입니다.

MiniSeq 시스템

미생물 전장 유전체 시퀀싱 애플리케이션을 위한 간단하고 접근 가능한 벤치탑 시퀀싱입니다.

MiSeq 시스템

빠르고 비용 효과적인 미생물 전장 유전체 시퀀싱 애플리케이션에 이상적인 강력하고 컴팩트한 시스템입니다.

3
분석

SRST2

SRST2 앱은 MLST 데이터베이스의 ST(시퀀스 유형) 및/또는 독성 유전자, 내성 유전자 및 플라스미드 레플리콘의 시퀀스 데이터베이스에서 참조 유전자의 존재를 보고합니다.

세균 유전체 시퀀싱을 이용한 의료기관 감염 감시 시스템

미생물 WGS를 통한 종합적인 분리주 식별 및 특성 규명을 통해 발병 검출이 가능합니다.

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추가 리소스

버튼식 de novo 미생물 유전체 시퀀스 어셈블리

정렬에 사용할 수 있는 참조 시퀀스가 없는 경우 de novo 시퀀싱에 대해 자세히 알아보세요.  또한, 실제 애플리케이션과 포괄적이고 사용하기 쉬운 워크플로우로 입증된 이점에 대해서도 읽어 보세요.

직접 세균 콜로니 시퀀싱

이 Application Note를 다운로드하여 빠르고 쉬운 라이브러리 준비를 통한 직접 세균 콜로니 시퀀싱에 대해 자세히 알아보세요.

De Novo 세균 시퀀싱 개요

이 Application Note에서는 de novo 유전자 어셈블리를 위한 고품질 페어드 엔드 리드(paired-end·reads)를 갖춘 MiSeq 시스템의 박테리아 시퀀싱에 대해 자세히 설명합니다.

참고 문헌

  1. Köser CU, Bryant JM, Becq J, Török ME, Ellington MJ, et al. Whole-genome sequencing for rapid susceptibility testing of M. tuberculosis. N Engl J Med. 2013; 369(3):290–2.  doi: 10.1056/NEJMc1215305
  2. Harrison EM, Paterson GK, Holden MT, Larsen J, Stegger M, et al. Whole-genome sequencing identifies zoonotic transmission of MRSA isolates with the novel mecA homologue mecC. EMBO Mol Med. 2013; 5(4):509–15. doi: 10.1002/emmm.201202413
  3. Pérez-Cobas AE, Gomez-Valero L, Buchrieser C. Metagenomic approaches in microbial ecology: an update on whole-genome and marker gene sequencing analyses. Microb Genom. 2020; 6(8). doi: 10.1099/mgen.0.000409. 
  4. Sundermann AJ, Chen J, Miller JK, et al. Whole-genome sequencing surveillance and machine learning for healthcare outbreak detection and investigation: A systematic review and summary. Antimicrob Steward Healthc Epidemiol. 2022; 2(1). doi: 10.1017/ash.2021.241.
  5. Peterson SW, Demczuk W, Martin I, et al. Identification of bacterial and fungal pathogens directly from clinical blood cultures using whole genome sequencing. Genomics. 2023;115(2). doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110580 
  6. Mitchell PK, Wang L, Stanhope BJ, et al. Multi-laboratory evaluation of the Illumina iSeq platform for whole genome sequencing of Salmonella, Escherichia coli and Listeria. Microb Genom. 2022; 8(2). doi: 10.1099/mgen.0.000717
  7. Lee CY, Lee YF, Lai LC, et al. MiDSystem: A comprehensive online system for de novo assembly and analysis of microbial genomes. N Biotechnol. 2021; Nov 25:65. doi: 10.1016/j.nbt.2021.08.002 
  8. Bruzek S, Vestal G, Lasher A, et al. Bacterial Whole Genome Sequencing on the Illumina iSeq 100 for Clinical and Public Health Laboratories. J Mol Diagn. 2020 Dec;22(12):1419-1429. doi: 10.1016/j.jmoldx.2020.09.003.
  9. Valiente-Mullor C, Beamud B, Ansari I, et al. One is not enough: On the effects of reference genome for the mapping and subsequent analyses of short-reads. PLoS Comput Biol. 2021; Jan 17(1). doi: 10.1371/journal.pcbi.1008678
  10. Shea J, Halse TA, Kohlerschmidt D, et al. Low-Level Rifampin Resistance and rpoB Mutations in Mycobacterium tuberculosis: an Analysis of Whole-Genome Sequencing and Drug Susceptibility Test Data in New York. J Clin Microbiol. 2021;59(4). doi: 10.1128/JCM.01885-2
  11. Aggarwal SK, Singh A, Choudhary M, et al. Pangenomics in Microbial and Crop Research: Progress, Applications, and Perspectives. Genes (Basel). 2022; Mar 27;13(4):598. doi: 10.3390/genes13040598
  12. Maladan Y, Krismawati H, Wahyuni T, et al. The whole-genome sequencing in predicting Mycobacterium tuberculosis drug susceptibility and resistance in Papua, Indonesia. BMC Genomics. 2021 Nov 22;22(1):844. doi: 10.1186/s12864-021-08139-3.