Illumina DNA Prep

다양한 시퀀싱 애플리케이션에 사용할 수 있는 빠르고 통합된 라이브러리 준비 워크플로우입니다.

약 3~4시간(DNA 추출부터 정규화된 라이브러리까지)

Assay 시간

1~1.5시간

수작업 시간

작은 게놈(예: 미생물)의 경우 1~500 ng DNA, 또는 큰 게놈(예: 인간)의 경우 100~500 ng DNA. (혈액 및 타액의 경우 참조 가이드 확인).

사용량

상세한 정보는 사양표를 확인하세요.

Nextera DNA Flex 제품군은 이제 Illumina DNA Prep군으로 불립니다. (M) 표시는 약 350 bp의 단편(insert) 크기를 생성하는 bead-linked transposome을 나타냅니다. Illumina DNA/RNA UD Indexes Sets A-D(20091654, 20091656, 20091658, 20091660)의 주문을 권장합니다. IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Sets A-D (20027213, 20027214,20042666, 20042667)는 단종 예정이며, 마지막 주문일은 2025년 1월 30일입니다.

개요

Illumina DNA Prep은 이전에 Nextera DNA Flex로 알려졌으며, 다양한 DNA 입력 유형 및 양으로부터 정규화된 시퀀싱 준비 라이브러리를 준비하는 빠르고 견고하며 유연한 워크플로우를 제공합니다. 이는 인간의 전유전체 시퀀싱에서부터 앰플리콘, 플라스미드, 미생물 종의 시퀀싱에 이르는 다양한 응용 프로그램을 지원합니다.1

  • 균일한 유전체 커버리지와 탁월한 데이터 품질 제공 

  • 통합된 DNA 추출 프로토콜로 라이브러리 준비 효율성 향상 

  • 총 라이브러리 준비 시간을 약 3.5시간으로 단축하는 빠르고 사용이 용이한 워크플로우 제공 

신뢰할 수 있는 결과 획득

Illumina DNA Prep 워크플로우는 DNA 사용량이나 유전체 크기에 관계없이 일관된 단편(insert) 크기, 균일한 커버리지(coverage) 및 최적화된 성능을 제공합니다. 비드 기반 기술은 편향과 오류 가능성을 최소화하여 재현성이 매우 높은 시퀀싱 데이터를 생성합니다. 

유연한 처리량 옵션 이용

Illumina DNA/RNA UD Indexes Sets는 정확한 리드 할당과 플로우 셀의 효율적인 사용을 가능하게 하는 최대 384개의 고유한 듀얼 인덱스를 제공합니다. 


Illumina DNA Prep 제품군

다양한 애플리케이션에 사용할 수 있는 빠르고 최적화된 시퀀싱 라이브러리 준비 솔루션을 찾아보세요.

사양

필수 제품

각 Illumina DNA Prep 키트에는 시퀀싱에 사용되는 샘플 풀링 수준에 관계없이 프로토콜을 완료하기 위해 인덱스 키트 중 하나가 필요합니다. Illumina는 고객이 가능한 한 고유한 이중 인덱싱을 사용하도록 권장합니다. 애플리케이션에 적합한 인덱싱 옵션을 선택하는 방법에 대해 더 알아보세요. 

인덱스 키트는 Nextera DNA 또는 Nextera XT 인덱스 키트에 적합하지 않습니다. 

Flex Lysis Kit는 Illumina DNA Prep의 혈액 DNA 추출 측면을 보완하는 별도의 제품입니다. 

Illumina 정제 비드는 Illumina DNA Prep 키트에 포함되어 있으며 별도로 구매할 필요가 없습니다.  

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응용법

Illumina DNA Prep은 광범위한 DNA 사용량 범위(1~500 ng)를 지원하며, 큰 전장 유전체에서부터 앰플리콘, 플라스미드, 미생물 종에 이르는 시퀀싱 샘플에 대해 고품질 라이브러리를 약 3.5시간 만에 제공합니다. 

워크플로우 예시

프로젝트 권장 사항

기기 샘플의 종류 및 애플리케이션
(최소 커버리지 또는 리드/샘플)
플로우 셀당 샘플 수 권장 리드 길이
NextSeq 2000 시스템 인간 유전체(30배 커버리지, >120 Gb) P2 - 1 샘플, P3 - 3 샘플, P4 - 4 샘플 2x150 bp

박테리아 분리주 전장 유전체(5Mb 유전체 30배 커버리지, 150 Mb/샘플)

P1 - 192 샘플, P2 - 384 샘플 2x150 bp

얕은(shallow) 샷건 메타지노믹(1M 싱글 리드 또는 2M PE 리드/샘플)

P1 - 96개 샘플, P2 - 384개 샘플 2x150 또는 2x300 bp

샷건 메타지노믹(10M 싱글 리드 또는 20M PE 리드/샘플)

P1 - 10개 샘플, P2 - 40개 샘플, P3 - 120개 샘플, P4 - 180개 샘플 2x150 또는 2x300 bp
NovaSeq 6000 시스템 인간 유전체(30배 커버리지, >120 Gb) SP - 2 샘플, S1- 4 샘플, S2- 10 샘플, S4- 24 샘플 2x150 bp

박테리아 분리주 전장 유전체(5Mb 유전체 30배 커버리지, 150 Mb/샘플)

SP - 384개 샘플 2x150 bp

얕은(shallow) 샷건 메타지노믹(1M 싱글 리드 또는 2M PE 리드/샘플)

SP - 384개 샘플 2x150 bp

샷건 메타지노믹(10M 싱글 리드 또는 20M PE 리드/샘플)

SP - 80개 샘플, S1- 150개 샘플, S2 - 384개 샘플 2x150 bp
NovaSeq X 시스템 인간 유전체(30배 커버리지, >120 Gb) 1.5B - 4개 샘플, 10B - 24개 샘플, 25B - 64개 샘플 2x150 bp

박테리아 분리주 전장 유전체(5Mb 유전체 30배 커버리지, 150 Mb/샘플)

1.5B - 384 샘플 2x150 bp

얕은(shallow) 샷건 메타지노믹(1M 싱글 리드 또는 2M PE 리드/샘플)

1.5B - 384 샘플 2x150 또는 2x300 bp

샷건 메타지노믹(10M 싱글 리드 또는 20M PE 리드/샘플)

1.5B - 150 샘플, 10B - 384 샘플 2x150 또는 2x300 bp

관련 응용법 및 방법

문서

제품 관련 자료

비교하기

Illumina DNA Prep TruSeq DNA PCR-Free TruSeq DNA Nano Nextera XT DNA Library Preparation Kit
Assay 시간 약 3~4시간(DNA 추출부터 정규화된 라이브러리까지) 총 분석 시간 5시간 약 6시간의 총 분석 시간 DNA 추출부터 정규화된 라이브러리까지 약 5.5시간. (라이브러리 준비 시간: 약 90분).
자동화 기능 리퀴드 핸들링 로봇 리퀴드 핸들링 로봇 리퀴드 핸들링 로봇 리퀴드 핸들링 로봇
자동화 상세 정보 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기
설명 다양한 샘플 유형과 DNA 투입량을 수용하여 인간에서 미생물 전장 유전체 염기서열 분석에 이르기까지 광범위한 응용 분야에 액세스할 수 있는 빠르고 유연한 라이브러리 준비 워크플로우.  유전체의 어려운 영역을 통과해 시퀀싱하는 기능을 갖춘 전장 유전체 시퀀싱 연구를 위한 단순한 전체 포함 PCR-free prep입니다. 높은 유전체 커버리지 품질과 편향 감소 효과를 제공하는 저사용량 연구 방법입니다. DNA 투입 요구량이 적은 작은 유전체, PCR 앰플리콘 및 플라스미드에 대한 시퀀싱 라이브러리를 90분 내에 준비한다.
수작업 시간 1~1.5시간 4시간 ~4시간 15분
사용량 작은 게놈(예: 미생물)의 경우 1~500 ng DNA, 또는 큰 게놈(예: 인간)의 경우 100~500 ng DNA. (혈액 및 타액의 경우 참조 가이드 확인). DNA 1 ug genomic DNA 100 ng DNA 1 ng
기기 MiSeq 시스템, iSeq 100 시스템, NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, MiSeqDx(Research Mode), MiniSeq 시스템, NextSeq 550Dx(Research Mode), NovaSeq X 시스템, NovaSeq 6000 시스템, NovaSeq X Plus 시스템, MiSeq i100 시스템, MiSeq i100 Plus 시스템 MiSeq 시스템, NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, MiSeqDx(Research Mode), MiniSeq 시스템, NovaSeq X 시스템, NextSeq 500 시스템, NovaSeq 6000 시스템, NovaSeq X Plus 시스템 MiSeq 시스템, NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, MiSeqDx(Research Mode), MiniSeq 시스템, NovaSeq X 시스템, NextSeq 500 시스템, NovaSeq 6000 시스템, NovaSeq X Plus 시스템 MiSeq 시스템, iSeq 100 시스템, NextSeq 550 시스템, NextSeq 2000 시스템, NextSeq 1000 시스템, MiniSeq 시스템, NextSeq 500 시스템
작용 기전 Bead-linked transposome 기계적 DNA 절편화 및 어댑터 라이게이션. 워크플로우는 PCR을 사용하지 않고 겔이 없음. 기계적 DNA 절편화 및 어댑터 라이게이션. 워크플로우는 편향 감소 PCR을 사용하고 겔이 없음. 효소적 절편화
방법 앰플리콘 시퀀싱, De novo 시퀀싱, 전장 유전체 시퀀싱, 샷건 시퀀싱 시퀀싱을 통한 지노타이핑, 전장 유전체 시퀀싱, 샷건 시퀀싱 시퀀싱을 통한 지노타이핑, 전장 유전체 시퀀싱, 샷건 시퀀싱 앰플리콘 시퀀싱, 16s rRNA 시퀀싱, De novo 시퀀싱, 전장 유전체 시퀀싱, 샷건 시퀀싱
멀티플렉싱 최대 384개의 고유한 듀얼(UD) 조합 및 96개의 조합 듀얼(CD) 조합 싱글 최대 24개, 조합(CD) 듀얼 96개, 고유한 듀얼 24개 및 고유한 듀얼(UD) 조합 96개 싱글 최대 24개, 조합(CD) 듀얼 96개, 고유한 듀얼 24개 및 고유한 듀얼(UD) 조합 96개 최대 384개의 고유하게 인덱싱된 샘플을 함께 풀링 및 시퀀싱할 수 있습니다.
핵산 종류 DNA DNA DNA DNA
Sample type details Blood, dried blood spots, saliva, and amplified single cell DNA or cDNA. FFPE samples are demonstrated but not validated.
특수 샘플의 종류 혈액, FFPE 호환 불가, 타액 FFPE 호환 불가 FFPE 호환 불가, 사용량이 적은 샘플 FFPE 호환 불가, 사용량이 적은 샘플, 단일 세포
종 카테고리 초파리, 모든 종, 포유류, 마우스, 효모, 제브라피쉬, 인간, 래트, 식물, 바이러스, 선충, 세균 기타, 포유류, 마우스, 인간, 래트, 식물 기타, 포유류, 마우스, 인간, 래트, 식물 초파리, 모든 종, 포유류, 마우스, 효모, 제브라피쉬, 진균, 인간, 래트, 식물, 바이러스, 선충, 세균
종 세부 사항 모든 종과 호환됨 대부분의 큰 DNA 유전체와 호환됨. 대부분의 큰 DNA 유전체와 호환됨. 모든 종과 호환됨
표적 단편 크기 ~350 bp 350 bp 또는 550 bp 350 bp 또는 550 bp 300 bp~1.5 kb
기술 시퀀싱 시퀀싱 시퀀싱 시퀀싱
변이 클래스 단일 염기 다형성(SNP), 유전자 융합, 이형접합성 소실(LOH), 체세포 변이, 염색체 이상, 생식세포 변이, 구조적 변이, 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV) 단일 염기 다형성(SNP), 유전자 융합, 이형접합성 소실(LOH), 체세포 변이, 염색체 이상, 생식세포 변이, 구조적 변이, 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV) 단일 염기 다형성(SNP), 유전자 융합, 이형접합성 소실(LOH), 체세포 변이, 염색체 이상, 생식세포 변이, 구조적 변이, 삽입 결실(Indel), 유전자 복제수 변이(CNV) 단일 염기 다형성(SNP), 구조적 변이

선택 도구:

그림 자료

Illumina bead-linked transposome chemistry

(A) bead-linked transposome은 gDNA를 동시에 절편화하고 Illumina 시퀀싱 프라이머의 첨가를 매개합니다. (B) 감소된 사이클의 PCR 증폭은 시퀀싱 준비된 DNA 단편을 증폭시키고 인덱스 및 어댑터를 추가합니다. (C) 시퀀싱 준비된 단편을 세척하고 풀링합니다.

Illumina DNA Prep은 가장 빠른 Illumina 워크플로우를 제공합니다

DNA 추출부터 라이브러리 표준화 및 풀링까지 총 워크플로우 시간 비교. Illumina DNA Prep은 최소한의 단계와 가장 빠른 총 워크플로우 시간을 가진 워크플로우를 제공합니다. 

커버리지 균일성 향상

(A) Illumina DNA Prep은 TruSeq DNA Nano 키트와 유사한 유전체 전체에 균일한 커버리지를 제공합니다. (B) GC 함량이 매우 높거나 낮은 미생물에 대한 커버리지가 표시됩니다. 개선된 온비드·태그멘테이션 라이브러리 준비 chemistry로 인해 Illumina DNA Prep은 Nextera XT보다 더 균일한 커버리지를 보여줍니다.

리소스

비디오 및 웨비나

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Illumina DNA Prep: 소개

Illumina DNA 준비 키트 시작에 대한 소개 프레젠테이션입니다.

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Illumina로 빠르고 간단하게 라이브러리 준비

Illumina의 빠르고 간단한 라이브러리 준비 및 인리치먼트 워크플로우를 경험해 보세요.

축소판

Joyn Bio가 Illumina NGS를 사용하는 방법

Ginkgo Bioworks와 Bayer의 합작 투자 회사인 Joyn Bio는 Ginkgo의 합성 생물학 전문성과 Bayer의 미생물 및 농업 전문성을 결합하여 농업 솔루션을 위한 미생물을 엔지니어링하는 Illumina NGS를 사용합니다.

Illumina DNA Prep은 효소 단편화의 편의성을 제공하며 유리체 후 준비의 정량화 요구 사항을 최소화합니다.

DNA 및 RNA 라이브러리 준비를 위해 사용하기 쉽고 빠르며 간단한 솔루션을 제공하도록 설계된 Illumina 기술에 대해 알아보세요.

기타 리소스

온비드·태그멘테이션(On-bead tagmentation) 라이브러리 준비의 새로운 chemistry는 DNA 추출, 절편화, 라이브러리 준비 및 라이브러리 표준화 단계를 통합합니다.

라이브러리 프렙 (2)

Illumina DNA Prep, (M) Tagmentation (24 Samples, IPB)

20060060

24개의 라이브러리를 준비하기 위한 시약이 포함되어 있습니다. Illumina 정제 비드가 포함되어 있습니다. 증균 프로브 패널과 인덱스 어댑터를 별도로 구입하십시오.

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Illumina DNA Prep, (M) Tagmentation (96 Samples, IPB)

20060059

96개의 라이브러리를 준비하기 위한 시약이 포함되어 있습니다. Illumina 정제 비드가 포함되어 있습니다. 증균 프로브 패널과 인덱스 어댑터를 별도로 구입하십시오.

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인덱스 어댑터 (9)

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)에는 96개 샘플을 라벨링하는 데 충분한 96개의 10 bp 인덱스가 포함되어 있습니다. 라이브러리 준비 및 인리치먼트 시약과 프로브 패널을 별도로 구매해 보세요.

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)에는 96개 샘플을 라벨링하는 데 충분한 96개의 10 bp 인덱스가 포함되어 있습니다. 라이브러리 준비 및 인리치먼트 시약과 프로브 패널을 별도로 구매해 보세요.

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)에는 96개 샘플을 라벨링하는 데 충분한 96개의 10 bp 인덱스가 포함되어 있습니다. 라이브러리 준비 및 인리치먼트 시약과 프로브 패널을 별도로 구매해 보세요.

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)에는 96개 샘플을 라벨링하는 데 충분한 96개의 10 bp 인덱스가 포함되어 있습니다. 라이브러리 준비 및 인리치먼트 시약과 프로브 패널을 별도로 구매해 보세요.

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027213

96개의 검체 라벨링에 충분한 96, 10 bp 지수를 포함한다. 라이브러리 준비 및 인리치먼트 시약과 프로브 패널을 별도로 구매해 보세요.

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027214

96개의 검체 라벨링에 충분한 96, 10 bp 지수를 포함한다. 라이브러리 준비 및 인리치먼트 시약과 프로브 패널을 별도로 구매해 보세요.

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042666

96개의 샘플에 라벨을 부착하기에 충분한 96, 10 bp 인덱스 포함. 라이브러리 준비 및 인리치먼트 시약과 프로브 패널을 별도로 구매해 보세요.

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Discounts:

IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042667

96개의 검체 라벨링에 충분한 96, 10 bp 지수를 포함한다. 라이브러리 준비 및 인리치먼트 시약과 프로브 패널을 별도로 구매해 보세요.

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Nextera™ DNA CD Indexes (96 Indexes, 96 Samples)

20018708

20개의 인덱스, 8/i500s 및 12/i700 인덱스가 포함되어 96개의 샘플에 라벨을 부착하기에 충분한 96개의 이중 인덱싱 기능을 제공합니다. 색인은 96웰 형식으로 제공됩니다. 라이브러리 준비 및 프로브 패널을 별도로 구입합니다.

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서비스 (1)

Nextera DNA Flex - Customer Site

20022900

유전체 DNA의 정량화 및 품질 관리, 라이브러리 품질 및 수량 확인, 완전한 Nextera DNA Flex 워크플로우 교육.

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액세서리 제품 (6)

Illumina® Lysis Kit

20042221

Illumina DNA PCR-Free Prep으로 혈액 샘플을 처리하기 위한 용해 키트 1개가 포함되어 있습니다. 라이브러리 준비 및 색인 어댑터를 별도로 구입합니다.

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Illumina Purification Beads 30 ml

20119944

Illumina Purification Beads 30 ml

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Illumina Purification Bead, 100mL

20060057

라이브러리 정리 및 크기 선택을 위한 비드 100ml 컨테이너 1개가 포함되어 있습니다. 라이브러리 준비 및 증균 시약, 프로브 패널 및 색인을 별도로 구입합니다.

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Illumina Purification Bead, 400mL

20060058

라이브러리 정리 및 크기 선택을 위한 비드 100ml 컨테이너 4개가 포함되어 있습니다. 라이브러리 준비 및 증균 시약, 프로브 패널 및 색인을 별도로 구입합니다.

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Flex Lysis Reagent Kit (96 reactions)

20018706

Illumina DNA Prep 및 Illumina DNA Prep with Enrichment로 혈액 검체를 처리하기 위한 시약이 포함되어 있습니다. 라이브러리 준비, 증균, 증균 프로브 패널 및 인덱스 어댑터 시약을 별도로 구입합니다.

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NextSeq PhiX Control Kit

FC-110-3002

NextSeq Illumina 시퀀싱 플랫폼을 위한 DNA 제어. 10 nM PhiX 용액 최대 150 bp. 10 µl의 단일 및 페어드 엔드 판독과 호환.

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선택 품목 요약

제품

수량

단가

자주 묻는 질문

예, Illumina는 혈액과 타액 모두에 대한 특정 추출 프로토콜을 설계했습니다. 프로토콜은 Illumina DNA Prep 참조 가이드에서 확인할 수 있습니다.

일반적으로 Illumina DNA Prep은 대부분의 자동화 액체 처리 시스템과 호환되도록 설계되었습니다. Illumina 자동화 파트너는 모두 하나 이상의 기존 자동화 플랫폼을 위한 방법을 개발합니다.

자세한 내용은 라이브러리 준비 자동화 페이지를 참조하세요. 

GC가 풍부한 영역의 커버리지는 사용된 thermal cycler의 모델, 설정, 성능에 의해 영향을 받을 수 있습니다. Illumina는 Bio-Rad DNA Engine Tetrad 2, Bio-Rad S1000, Bio-Rad C1000 및 MJ Research PTC-225 DNA Engine Tetrad thermal cyclers를 Illumina DNA Prep과 함께 사용하는 것을 검증했습니다. 다른 thermal cyclers는 성능이 다를 수 있으며, 이는 유전체 커버리지에 영향을 미칠 수 있습니다.

예, Illumina DNA Prep의 최소 사용량 범위(1~500 ng)는 건조 혈반(DBS) 카드에서 추출한 DNA를 사용할 수 있게 합니다. 

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NovaSeq X 시리즈 주문

발전된 화학 반응, 광학, 정보학이 결합되어 뛰어난 시퀀싱 속도와 데이터 품질, 뛰어난 처리량과 확장성을 제공합니다.

NextSeq 1000/2000 Reagents

NextSeq 1000/2000 시스템용 시약은 사용하기 쉬운 카트리지와 유연한 시퀀싱 옵션을 위한 다중 플로우 셀 구성을 갖추었습니다.

Illumina DNA Prep with Enrichment

맞춤형 및 고정 인리치먼트 패널을 위한 빠른 통합 워크플로우 및 옵션을 갖춘 광범위한 애플리케이션을 위한 완벽한 표적 재시퀀싱 솔루션입니다.

참고 문헌

1. Bruinsma S, Burgess J, Schlingman D, et al. Bead-Linked Transposomes Enable a Normalization-Free Workflow for NGS Library Preparation. 2018;19:722. BMC Genomics. Published online 2018 Oct 1. doi: 10.1186/s12864-018-5096-9

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