De Novo 시퀀싱
De Novo 시퀀싱은 무엇입니까?
De novo 시퀀싱은 정렬을 위해 사용 가능한 참조 시퀀스가 없는 새로운 유전체를 시퀀싱하는 것을 말합니다. 시퀀스 리드는 콘티그로 조합되고 de novo 시퀀스 데이터의 커버리지 품질은 콘티그에 크기와 연속성에 따라 다릅니다(예: 데이터에서 갭의 수).
차세대 시퀀싱(NGS)은 생어 시퀀싱과 같은 기존 방법에 비해 모든 종의 특성을 더 빠르고 정확하게 규명할 수 있습니다. Illumina NGS 기술은 모든 종에 대해 신속하고 포괄적이며 정확한 특성 규명을 제공합니다.
De Novo 시퀀싱의 장점
- 복잡하거나 배수체 유전체에 대해서도 정확한 참조 시퀀스를 생성합니다
- 새로운 유기체의 유전체를 매핑하거나 알려진 생물의 유전체를 완성하는 데 유용한 정보를 제공합니다
- 정확한 de novo 조립을 위해 매우 유사하거나 반복적인 영역을 명확히 구분합니다
- 결실, 역전 또는 전위와 같은 구조적 변이와 복잡한 재배열을 식별합니다
정확한 De Novo 유전체 조립
처음으로 유전체를 시퀀싱할 때, 결합된 접근 방식을 사용하면 더 높은 품질의 어셈블리를 얻을 수 있습니다. 예를 들어, 짧은 삽입, 페어드 엔드 및 긴 삽입, 메이트 페어(mate pair) 시퀀스를 결합하는 것은 커버리지를 극대화하는 한 가지 옵션입니다. 더 높은 뎁스로 시퀀싱된 짧은 리드는 긴 삽입으로 커버되지 않는 갭을 메울 수 있습니다.
이 조합을 통해 광범위한 구조적 변이 유형을 감지할 수 있으며 복잡한 재배열을 정확하게 식별하는 데 필수적입니다.
주요 De Novo 시퀀싱 기사
Illumina 시퀀서는 코로나바이러스의 특성을 규명하고 제어하는 데 도움이 됩니다
New England Journal of Medicine에 게재된 다른 기술과 함께 신종 코로나바이러스 유전체의 de novo 시퀀싱 및 특성 규명을 위해 Illumina NGS가 어떻게 사용되었는지 확인해 보십시오.
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De Novo 박테리아 시퀀싱을 위한 권장 워크플로우
포괄적인 De Novo 유전체 시퀀싱 워크플로우
Illumina의 sequencing by synthesis(SBS) chemistry는 가장 널리 활용되고 있는 NGS 기술로, 전 세계 시퀀싱 분석 데이터의 약 90%가 이 기술을 통해 생성됩니다.*
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Illumina DNA PCR-Free Prep
인간 WGS, de novo 미생물 유전체 어셈블리, 종양 정상 변이 콜과 같은 민감한 애플리케이션을 위한 탁월한 사용 편의성, 균일한 커버리지, 높은 정확도의 데이터를 제공합니다.
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iSeq 100 시스템
미생물 종에 대해 균일한 커버리지와 유전체 어셈블리를 제공하는 빠르고 사용이 용이하며 경제적인 시퀀싱입니다.
MiSeq 시스템표적 시퀀싱 및 작은 유전체 시퀀싱에 적합한 속도와 간소함
NovaSeq 6000 시스템거의 모든 유전체, 시퀀싱 방법, 프로젝트 규모에 따라 조정이 가능한 처리량과 유연성을 제공합니다.
BaseSpace SPAdes Genome Assembler 앱
단일세포 및 분리주 유전체에 적합한 De novo assembler
BaseSpace Velvet De Novo Assembly 앱Velvet assembler을 사용한 박테리아 유전체의 de novo assembly
Integrative Genomics Viewer복잡한 변이 분석을 수행하기 위해 여러 샘플의 정렬 및 변이를 표시합니다.
DRAGEN Bio-IT Platform
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BaseSpace Sequence HubNGS 데이터 분석 및 관리 시 이용하는 Illumina의 유전체학 컴퓨팅 환경입니다.
NovaSeq 6000 Flow Cell Options
Reagent kits for the NovaSeq 6000 System are available in multiple flow cell configurations to support a broad range of applications. SP and S1 are ideal for small batch sizes or in situations where rapid turnaround time is required. S2 is a quick, powerful, and cost-effective option for high-throughput applications. S4 offers ultra-high throughput sequencing across a wide range of sequencing methods.
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*Data calculations on file. Illumina, Inc., 2015