앰플리콘 시퀀싱
앰플리콘 시퀀싱 소개
앰플리콘(Amplicon) 시퀀싱은 연구자가 특정 유전체 영역의 유전자 변이를 분석할 수 있는 고도로 표적화된 접근법입니다. PCR 제품(앰플리콘)의 울트라 딥 시퀀싱(ultra-deep sequencing)을 통해 효율적인 변이 식별 및 특성 규명이 가능합니다. 이 방법은 뒤이은 차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS)을 위해 관심 영역을 표적으로 하고 이를 캡처하도록 설계된 올리고뉴클레오티드 프로브를 사용합니다.
앰플리콘 시퀀싱은 복잡한 샘플(예: 생식계열 DNA와 혼합된 종양)에서 희귀한 체세포 돌연변이를 발견하는 데 유용합니다. 또 다른 일반적인 애플리케이션은 특히 다양한 메타지노믹스 샘플에서 계통 발생 및 분류 연구에 널리 사용되는 방법인, 여러 종에 걸친 세균 16S rRNA 유전자 시퀀싱입니다.
앰플리콘 시퀀싱의 이점
- 고도로 표적화된 접근법을 사용하여 연구자가 유전자 변이를 효율적으로 발견, 검증 및 스크리닝 가능
- 높은 커버리지(coverage)를 달성하기 위해 반응당 수백에서 수천 개의 앰플리콘 멀티플렉싱(multiplexing) 지원
- GC가 풍부한 영역과 같이 시퀀싱이 어려운 영역에서도 고도로 표적화된 재시퀀싱(targeted resequencing) 제공
- 광범위한 실험 디자인에 대한 유연성 제공
- 전장 유전체 시퀀싱과 같은 광범위한 접근법에 비해 시퀀싱 비용 및 소요 시간 감소
고도로 표적화된 멀티플렉싱 분석
앰플리콘 시퀀싱을 통해 연구자는 한 번의 런(run)으로 몇 개에서 수백 개의 유전자에 이르는 표적을 시퀀싱할 수 있습니다. 이 초고도 멀티플렉싱 PCR 접근법은 여러 유전자를 동시에 평가하여 연구를 가속합니다. 라이브러리를 5~7.5시간의 짧은 시간 내에 준비하고 17~32시간 내에 시퀀싱할 수 있습니다.
앰플리콘 시퀀싱을 통해 유전자 변이의 발견, 검증 또는 스크리닝을 위한 광범위한 연구 애플리케이션이 가능합니다.
앰플리콘 시퀀싱 권장 워크플로우
콘텐츠 선택 및 라이브러리 준비
DesignStudio Custom Assay Designer
웹 기반 맞춤형 assay 설계 도구.
AmpliSeq for Illumina Custom DNA Panel
특정 표적 또는 관심 대상 유전체 콘텐츠에 최적화된 맞춤형 표적 연구 패널.
COVID-19 시퀀싱
NGS는 감염병 감시 시스템 및 발생 모형 분야에서 독보적인 위치를 점하고 있습니다. 앰플리콘 시퀀싱을 샷건 메타지노믹스 및 표적 인리치먼트(target enrichment)와 같은 기타 병원체 NGS 방식과 비교해 보세요. SARS-CoV-2를 검출하고 감염 경로를 추적하며, 동시 감염을 연구하고 바이러스의 진화 과정을 조사하기 위한 솔루션을 찾아보세요.
코로나바이러스 시퀀싱 솔루션 살펴보기
포괄적 앰플리콘 시퀀싱 워크플로우
Illumina의 sequencing by synthesis(SBS) chemistry는 가장 널리 활용되고 있는 NGS 기술로, 전 세계 시퀀싱 분석 데이터의 약 90%가 이 기술을 통해 생성됩니다.*
Illumina는 라이브러리 준비에서부터 데이터 분석 및 생물학적 해석에 이르기까지 전체 과정을 간소화하는 통합 앰플리콘 시퀀싱 워크플로우를 제공합니다.
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AmpliSeq for Illumina 시퀀싱 솔루션
신뢰할 수 있는 고품질 데이터를 제공하는 간단하고 유연한 표적 재시퀀싱을 위해 바로 사용할 수 있는 다양한 맞춤형 패널을 제공합니다.
Illumina DNA Prep인간 전장 유전체 시퀀싱에서부터 앰플리콘, 플라스미드 및 미생물 시퀀싱에 이르는 다양한 애플리케이션에 적합한 빠르고 통합된 워크플로우입니다.
TruSight Tumor 15간단하고 빠른 워크플로우로 단일 assay에서 고형 종양에서 일반적으로 돌연변이되는 15개 유전자를 평가하는 데 초점을 맞춘 시퀀싱 연구 패널입니다.
Nextera XT DNA Library Prep Kit작은 유전체(세균, 고세균, 바이러스), 앰플리콘, 플라스미드 라이브러리를 90분 이내에 준비할 수 있습니다.
암 연구 패널 포트폴리오
Illumina 표적 시퀀싱 패널은 전문가가 정의한 유전자 콘텐츠와 간단한 데이터 분석 및 보고 옵션을 제공하여 암 임상 연구를 용이하게 합니다.
Library Prep Kit 선택 도구프로젝트 유형, 출발 물질(starting material), 방법 또는 애플리케이션에 따라 필요한 최적의 키트를 결정해 보세요.
DesignStudio Assay 설계 도구프로브 설계를 최적화하기 위해 역동적인 피드백을 제공하는 사용하기 쉬운 온라인 소프트웨어 도구.
iSeq 100 시스템
어떤 검사실에서든 표적 또는 작은 유전체 시퀀싱을 낮은 비용으로 신속하게 수행할 수 있으며, 접근이 용이한 시퀀싱 역량을 갖출 수 있습니다.
MiniSeq 시스템단일 유전자 또는 전체 경로를 조사하기 위한 광범위한 표적 DNA 및 RNA 애플리케이션을 지원합니다.
MiSeq 시스템표적 재시퀀싱에서 메타지노믹스, 작은 유전체 시퀀싱 등에 이르는 애플리케이션을 지원합니다.
NextSeq 550 시스템전장 유전체, 전사체(transcriptome) 및 표적 재시퀀싱에 필요한 유연한 기능을 제공합니다.
BaseSpace Sequence Hub
NGS 데이터 분석 및 관리 시 이용하는 Illumina의 유전체학 컴퓨팅 환경입니다.
Local Run Manager시퀀싱 런 생성, 런 상태 모니터링, 데이터 분석에 적합한 온프레미스 솔루션입니다.
DNA Amplicon 앱앰플리콘 리드를 사용하여 특정 표적 시퀀스에 대해 인리치된 NGS 데이터의 간소화된 분석.
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Integrative Genomics Viewer 앱
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BaseSpace Variant Interpreter최고의 어노테이션 데이터베이스와 고성능 필터링 인터페이스를 활용하여 연구자가 질병 관련 변이를 빠르게 식별할 수 있습니다.
BaseSpace Correlation Engine질병 메커니즘, 약물 표적, 바이오마커를 식별하고자 하는 연구자에게 유용한 지속적으로 확장되는 큐레이션을 거친 유전체 데이터 라이브러리입니다.
MiniSeq 벤치탑 시퀀서의 표적 시퀀싱 능력
작고 견고한 MiniSeq 시스템으로 저처리량 애플리케이션을 위한 Illumina NGS의 입증된 기능을 사용해 보세요. 벤치탑, 예산 및 워크플로우에 맞는 시퀀싱 솔루션으로 단일 유전자 또는 전체 경로를 연구하세요.
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*Data calculations on file. Illumina, Inc., 2015