앰플리콘 시퀀싱
앰플리콘 시퀀싱 소개
앰플리콘(Amplicon) 시퀀싱은 연구자가 특정 유전체 영역의 유전자 변이를 분석할 수 있는 고도로 표적화된 접근법입니다. PCR 제품(앰플리콘)의 울트라 딥 시퀀싱(ultra-deep sequencing)을 통해 효율적인 변이 식별 및 특성 규명이 가능합니다. 이 방법은 뒤이은 차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS)을 위해 관심 영역을 표적으로 하고 이를 캡처하도록 설계된 올리고뉴클레오티드 프로브를 사용합니다.
앰플리콘 시퀀싱은 복잡한 샘플(예: 생식계열 DNA와 혼합된 종양)에서 희귀한 체세포 돌연변이를 발견하는 데 유용합니다. 또 다른 일반적인 애플리케이션은 특히 다양한 메타지노믹스 샘플에서 계통 발생 및 분류 연구에 널리 사용되는 방법인, 여러 종에 걸친 세균 16S rRNA 유전자 시퀀싱입니다.
앰플리콘 시퀀싱의 이점
- 고도로 표적화된 접근법을 사용하여 연구자가 유전자 변이를 효율적으로 발견, 검증 및 스크리닝 가능
- 높은 커버리지(coverage)를 달성하기 위해 반응당 수백에서 수천 개의 앰플리콘 멀티플렉싱(multiplexing) 지원
- GC가 풍부한 영역과 같이 시퀀싱이 어려운 영역에서도 고도로 표적화된 재시퀀싱(targeted resequencing) 제공
- 광범위한 실험 디자인에 대한 유연성 제공
- 전장 유전체 시퀀싱과 같은 광범위한 접근법에 비해 시퀀싱 비용 및 소요 시간 감소
고도로 표적화된 멀티플렉싱 분석
앰플리콘 시퀀싱을 통해 연구자는 한 번의 런(run)으로 몇 개에서 수백 개의 유전자에 이르는 표적을 시퀀싱할 수 있습니다. 이 초고도 멀티플렉싱 PCR 접근법은 여러 유전자를 동시에 평가하여 연구를 가속합니다. 라이브러리를 5~7.5시간의 짧은 시간 내에 준비하고 17~32시간 내에 시퀀싱할 수 있습니다.
앰플리콘 시퀀싱을 통해 유전자 변이의 발견, 검증 또는 스크리닝을 위한 광범위한 연구 애플리케이션이 가능합니다.
앰플리콘 시퀀싱 권장 워크플로우
콘텐츠 선택 및 라이브러리 준비
DesignStudio Custom Assay Designer
웹 기반 맞춤형 assay 설계 도구.
AmpliSeq for Illumina Custom DNA Panel
특정 표적 또는 관심 대상 유전체 콘텐츠에 최적화된 맞춤형 표적 연구 패널.
COVID-19 시퀀싱
NGS는 감염병 감시 시스템 및 발생 모형 분야에서 독보적인 위치를 점하고 있습니다. 앰플리콘 시퀀싱을 샷건 메타지노믹스 및 표적 인리치먼트(target enrichment)와 같은 기타 병원체 NGS 방식과 비교해 보세요. SARS-CoV-2를 검출하고 감염 경로를 추적하며, 동시 감염을 연구하고 바이러스의 진화 과정을 조사하기 위한 솔루션을 찾아보세요.
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포괄적 앰플리콘 시퀀싱 워크플로우
Illumina의 sequencing by synthesis(SBS) chemistry는 가장 널리 활용되고 있는 NGS 기술로, 전 세계 시퀀싱 분석 데이터의 약 90%가 이 기술을 통해 생성됩니다.*
Illumina는 라이브러리 준비에서부터 데이터 분석 및 생물학적 해석에 이르기까지 전체 과정을 간소화하는 통합 앰플리콘 시퀀싱 워크플로우를 제공합니다.
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AmpliSeq for Illumina 시퀀싱 솔루션
신뢰할 수 있는 고품질 데이터를 제공하는 간단하고 유연한 표적 재시퀀싱을 위해 바로 사용할 수 있는 다양한 맞춤형 패널을 제공합니다.
Illumina DNA Prep인간 전장 유전체 시퀀싱에서부터 앰플리콘, 플라스미드 및 미생물 시퀀싱에 이르는 다양한 애플리케이션에 적합한 빠르고 통합된 워크플로우입니다.
TruSight Tumor 15간단하고 빠른 워크플로우로 단일 assay에서 고형 종양에서 일반적으로 돌연변이되는 15개 유전자를 평가하는 데 초점을 맞춘 시퀀싱 연구 패널입니다.
Nextera XT DNA Library Prep Kit작은 유전체(세균, 고세균, 바이러스), 앰플리콘, 플라스미드 라이브러리를 90분 이내에 준비할 수 있습니다.
암 연구 패널 포트폴리오
Illumina 표적 시퀀싱 패널은 전문가가 정의한 유전자 콘텐츠와 간단한 데이터 분석 및 보고 옵션을 제공하여 암 임상 연구를 용이하게 합니다.
Library Prep Kit 선택 도구프로젝트 유형, 출발 물질(starting material), 방법 또는 애플리케이션에 따라 필요한 최적의 키트를 고르실 수 있습니다.
DesignStudio Assay 설계 도구프로브 설계를 최적화하기 위해 역동적인 피드백을 제공하는 사용하기 쉬운 온라인 소프트웨어 도구.
iSeq 100 System
어떤 검사실에서든 표적 또는 작은 유전체 시퀀싱을 낮은 비용으로 신속하게 수행할 수 있으며, 접근이 용이한 시퀀싱 역량
MiniSeq System단일 유전자 또는 전체 경로를 조사하기 위한 광범위한 표적 DNA 및 RNA 애플리케이션을 지원합니다.
MiSeq® System표적 재시퀀싱에서 메타지노믹스, 작은 유전체 시퀀싱 등에 이르는 애플리케이션을 지원합니다.
NextSeq 550 시스템전장 유전체, 전사체(transcriptome) 및 표적 재시퀀싱에 필요한 유연한 기능을 제공합니다.
Illumina 시퀀싱 플랫폼
시퀀싱 플랫폼을 비교하고 실제 검사실과 애플리케이션에 가장 적합한 시스템을 확인해 보세요.
시퀀싱 시약각 Illumina 시퀀싱 시스템에 맞는 시퀀싱 시약, 플로우 셀 및/또는 버퍼가 포함된 키트를 찾아 보세요.
BaseSpace Sequence Hub
NGS 데이터 분석 및 관리 시 이용하는 Illumina의 유전체학 컴퓨팅 환경입니다.
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DNA Amplicon 앱앰플리콘 리드를 사용하여 특정 표적 시퀀스에 대해 인리치된 NGS 데이터의 간소화된 분석.
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Integrative Genomics Viewer 앱
복잡한 변이 분석을 위해 NGS 데이터를 표시하는 Broad Institute of MIT 및 Harvard에서 개발한 유전체 브라우저입니다.
BaseSpace Variant Interpreter최고의 어노테이션 데이터베이스와 고성능 필터링 인터페이스를 활용하여 연구자가 질병 관련 변이를 빠르게 식별할 수 있습니다.
BaseSpace Correlation Engine질병 메커니즘, 약물 표적, 생체표지자를 식별하고자 하는 연구자에게 유용한 지속적으로 확장되는 큐레이션을 거친 유전체 데이터 라이브러리입니다.
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*Data calculations on file. Illumina, Inc., 2015