Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit

고도로 민감하고 포괄적인 호흡기 병원체 식별 및 항균제 내성 통찰력을 제공하는 라이브러리 준비 및 강화 키트입니다.

< 9시간 라이브러리 준비 시간

Assay 시간

< 2시간 라이브러리 준비 시간

수작업 시간

용량 기준(농도 의존적 아님)

사용량

상세한 정보는 사양표를 확인하세요.

개요

호흡기 병원체 ID/AMR 농축 패널(RPIP) 키트는 단일 분석에서 > 280개의 호흡기 병원체와 > 2000개의 항미생물 내성(AMR) 표지자를 표적으로 하는 차세대 염기서열분석(NGS) 기반 호흡기 병원체 패널과 라이브러리 준비 및 농축 키트로, 병원체 식별과 관련 AMR 정보를 모두 제공합니다.

간소화된 샘플 대 결과 워크플로우

Illumina 시퀀싱 시스템 및 Explify RPIP Data Analysis App과 함께, 유연하고 확장 가능한 샘플 대 결과 워크플로우는 임상 연구 환경에서 호흡기 감염과 관련된 병원균을 식별하기 위한 신속하고 비용 효과적인 솔루션을 제공합니다.

Explify RPIP Data Analysis 앱 보기

이 워크플로우의 특징:

  • 항균제에 대해 알려진 예측 내성을 제공하는 DNA 및 RNA 호흡기 병원체 및 관련 AMR 표지자/대립유전자의 포괄적인 표적화

  • 다양한 시퀀싱 리드 길이 및 깊이를 사용하여 저풍부 호흡기 병원체 및 항균제 내성 대립유전자의 강력하고 민감한 검출

  • 복잡성이 낮거나 높은 샘플에서 단일 또는 다중 표적 병원균의 민감한 검출 

  • 10개의 상용 스파이크인 대조군을 사용한 강력한 병원체 정량화


사양


필수 제품

호흡기 병원체 ID/AMR 농축 패널 키트 외에도, 시퀀싱 기기, 호환 가능한 시퀀싱 시약 및 문서 섹션의 사용자 가이드에 나열된 추가 제품이 필요합니다. 

/ 결과

애플리케이션

호흡기 병원체 ID/AMR 농축 패널 키트는 임상 연구 검체에서 > 280개의 호흡기 병원체(인플루엔자 및 SARS-CoV-2 포함) 및 > 2000개의 항균제 내성 표지자를 식별하거나 폐수와 같은 검체에서 호흡기 병원체/AMR의 일반 감시에 사용합니다.

예시 워크플로우

1
준비

Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit


프로젝트 권장 사항

기기 Recommended number of samples Read length
MiniSeq System

MiniSeq Rapid Kit: 20 samples per run based on 1M single reads per sample. MiniSeq High-Output Kit: 25 samples per run based on 1M single reads per sample. 

급속 키트: 1 × 100 bp. 고출력 키트: 1 × 75 bp 

MiSeq System

MiSeq v3 Kit: 25 samples per run based on 2M paired-end reads per sample.    MiSeq v2 Kit: 15 samples per run based on 2M paired-end reads per sample. 

MiSeq v3 키트: 2 × 75 bp MiSeq v2 키트: 2 × 150 bp 

NextSeq 550 System

NextSeq 550 High-Output Kit: 384 (available indexes) samples per run based on 2M paired-end reads per sample.  NextSeq 550 Mid-Output Kit: 15 samples per run based on 2M paired-end reads per sample.  

NextSeq 550 고출력 키트: 2 × 75 bp. NextSeq 550 고출력 키트: 2 × 150 bp. NextSeq 550 중간 출력 키트: 2 × 75 bp. NextSeq 550 중간 출력 키트: 2 × 150 bp. 


관련 애플리케이션 및 방법

문서

제품 관련 자료

비교하기

Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit
Assay 시간 < 9시간 라이브러리 준비 시간 < 9시간 라이브러리 준비 시간
자동화 기능 Liquid handling robots Liquid handling robots
자동화 상세 정보 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기
콘텐츠 사양 호흡기 병원체 DNA와 RNA를 동시에 검출하고 항균 내성(AMR) 유전자 발현을 동시에 프로파일링합니다. SARS-CoV-2, 인플루엔자 A 및 B 바이러스, 아데노바이러스, 리노바이러스, 호흡기 세포융합 바이러스, 기타 흔한 호흡기 바이러스를 포함한 약 40종의 흔한 호흡기 바이러스를 표적으로 하고 특성을 규명한다.
설명 호흡기 감염 및 동시 감염을 식별하고, 항균제 내성 표지자를 검출하며, 바이러스 진화 및 전파를 연구하기 위해 주요 병원체(SARS-CoV-2 및 Flu A/B 바이러스)의 균주 유형 분석을 실시한다. SARS-CoV-2 및 기타 흔한 호흡기 바이러스를 검출하고 분석하기 위한 간소화된 워크플로. 비의존적 설계는 여러 관심대상 검체 유형 전반에서 병원성 바이러스의 광범위한 식별을 가능하게 한다.
수작업 시간 < 2시간 라이브러리 준비 시간 < 2시간 라이브러리 준비 시간
사용량 용량 기준(농도 의존적 아님) 10~100 ng
Instruments MiSeq System, NextSeq 550 System, MiniSeq System MiSeq System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, MiniSeq System
작용 기전 온비드·태그멘테이션(on-bead tagmentation) 후 단일 혼성화 단계 온비드·태그멘테이션(on-bead tagmentation) 후 단일 혼성화 단계
방법 Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment
멀티플렉싱 고유한 듀얼 인덱스(unique dual index)를 사용하여 한 번의 런으로 최대 384개 샘플 고유한 듀얼 인덱스(unique dual index)를 사용하여 한 번의 런으로 최대 384개 샘플
Nucleic acid type DNA, RNA DNA, RNA
Species category Fungal, Virus, Bacteria Human, Virus
종 세부 사항 호흡기 병원체(180+ 세균, 50+ 진균, SARS-CoV-2를 포함한 40+ 바이러스) 및 항균 내성 대립유전자(1200+)를 검출한다. 최근 인플루엔자 바이러스 균주 및 SARS-CoV-2 등 일반적인 호흡기 바이러스를 검출합니다. 패널에는 품질 기능으로 인간 표적에 대한 프로브가 포함되어 있으므로 분석된 모든 샘플의 인간 표적을 검출합니다.
Technology Sequencing Sequencing

그림 자료

graph of comprehensive coverage

중요한 바이러스 병원체에 대한 포괄적인 유전체학 적용 범위

표적 증균 프로브 및 호흡기 병원체 ID/AMR 패널 키트 워크플로는 프로브로 완전히 타일링된 패널에서 두 바이러스에 대한 균일한 커버리지를 제공합니다.

table of improved detection for panel

4가지 병원체의 민감한 검출

호흡기 병원체 ID/AMR 패널 키트를 사용하여, 병원체는 A. 푸미가투스를 제외하고 100개의 유전체 복제까지 검출 가능했다. 인플루엔자 A의 검출은 보다 민감했으며 10개의 유전체 복제본에 대해 검출되었다.

table of targets on the panel

NGS와 바이러스 부하의 qPCR 정량 간의 강력한 상관관계.

호흡기 병원체 ID/AMR 패널 키트를 사용하면 스파이크인 대조군을 사용한 후 Explify RPIP 데이터 분석 앱을 사용한 분석을 통해 병원체 수치를 정량화할 수 있습니다. 이 그림은 qPCR과 NGS로 측정한 임상시험 검체에서 SARS-CoV-2 바이러스 부하의 비교를 보여준다. 두 가지 방법, 즉 Spearman r = 0.87은 유의한 상관관계를 보이며, 중요한 점은 이 NGS 접근법이 qPCR과 같은 표준 곡선 생성을 필요로 하지 않는다는 것이다.

Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set A (RUO) (96 indexes, 96 samples)

20047050

Illumina RNA Prep with Enrichment 키트 시약, Illumina DNA/RNA UD 인덱스 세트 A용 IDT, 96개의 샘플에서 라이브러리를 준비한 후 32개의 3-플렉스 증균 반응을 준비하기 위한 호흡기 병원체 ID/AMR 패널을 포함하여 라이브러리 준비 및 증균에 필요한 모든 시약을 포함합니다.

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Discounts:

Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set B (RUO) (96 indexes, 96 samples)

20046969

Illumina RNA Prep with Enrichment 키트 시약, Illumina DNA/RNA UD Indexes Set B용 IDT, 96개 샘플에서 라이브러리를 준비한 후 32개 3중 증균 반응을 준비하기 위한 호흡기 병원체 ID/AMR 패널을 포함하여 라이브러리 준비 및 증균에 필요한 모든 시약을 포함합니다.

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Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set C (RUO) (96 indexes, 96 Samples)

20047051

Illumina RNA Prep with Enrichment 키트 시약, IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set C, 호흡기 병원체 ID/AMR 패널을 포함하여 라이브러리 준비 및 농축에 필요한 모든 시약이 포함되어 96개의 샘플에서 라이브러리를 준비한 후 32개의 3-플렉스 농축 반응을 준비합니다.

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Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Kit Set D (RUO) (96 indexes, 96 Samples)

20047052

Illumina RNA Prep with Enrichment 키트 시약, IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set D, Respiratory Pathogen ID/AMR 패널을 포함하여 라이브러리 준비 및 농축에 필요한 모든 시약이 포함되어 96개의 샘플에서 라이브러리를 준비한 후 32개의 3-플렉스 농축 반응을 준비합니다.

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제품

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FAQ

결과에는 샘플에 존재할 수 있음을 나타내는 최소 수준의 지지가 있는 표적 호흡기 병원체가 나열되어 있습니다. 이 결정은 뒷받침하는 리드 및 머신 러닝의 수에 기초하여 생성되고 해석된 병원체 시퀀스 데이터에 기초합니다.

AMR 유전자는 내성을 부여할 수 있는 관련 박테리아 및 항생제와 함께 열거되어 있다. 

전체 유전체 정보는 SARS-CoV-2 및 인플루엔자 A 및 B 바이러스에 대해서만 제공됩니다. 다른 표적 병원체는 각 유전체의 작고 매우 유익한 표적 영역에 기반하여 식별됩니다.

이 키트의 패널에는 10가지 다른 상용 대조군을 인식하는 프로브가 포함되어 있습니다. 그러나 이러한 대조군은 이 키트의 일부로 제공되지 않으며, 별도로 구매한 후 DNA 및 RNA 추출 전에 검체에 첨가해야 한다.  각 실험/샘플에 대해 하나의 스파이크인 대조군만 필요합니다. 자세한 내용은 Illumina 영업 담당자 또는 기술 지원 부서에 문의하십시오.

당사는 일반적으로 최소 1 × 100 bp 또는 2 × 100 bp 시퀀싱 화학물질을 사용하여 샘플당 1M 싱글 리드 또는 2M 페어드 엔드 리드로 시작하는 것을 권장합니다. 이러한 수치는 시작점이며 샘플의 종류 및 표적 풍부도에 기반하여 최적화되어야 합니다.

예. 실험에서 이 키트와 소프트웨어에서 제공하는 콘텐츠와 분석을 활용할 수 있다면 다양한 샘플 유형에서 추출한 DNA와 RNA를 사용할 수 있습니다. 폐수 샘플은 종종 호흡기 병원체 및 관련 AMR의 감시를 위해 이 키트를 사용하여 검사합니다. 폐수 샘플의 경우, 일반적으로 리드의 수를 10M 개의 싱글 리드 또는 20M 개의 페어드 엔드 리드로 증가시키는 것을 권장합니다.
/ 결과

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