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COVIDSeq assay(샘플 96개)

이 저처리량 내지 중간 처리량 NGS assay를 통해 모든 규모의 검사실은 새로운 SARS-CoV-2 변종의 출현 및 유병률을 식별하고 추적할 수 있습니다.

개요

COVIDSEQ Assay(검체 96개)는 연구 실험실에서 새로운 SARS-CoV-2 변종을 식별하는 데 도움이 되도록 설계된 포괄적인 앰플리콘 기반 차세대 염기서열분석(NGS) 분석입니다. 

  • ARTIC v3 프라이머를 사용하여 SARS-CoV-2 RNA의 유전체를 검출합니다

  • ≥ 90 앰플리콘이 검출될 때 공통 시퀀스를 보고합니다.

  • 원활하고 유연한 엔드투엔드 워크플로우를 지원합니다.

신속하고 비용 효율적인 시퀀싱

적은 수의 샘플을 실행하도록 설계된 COVIDSeq Assay(96개 샘플)는 Illumina 벤치탑 시퀀싱 시스템에 이상적인 저처리량 구성을 제공하여 소규모 검사실에서 새로운 변종에 대한 분산 감시 시스템을 수행할 수 있습니다.

균일한 유전체 커버리지

커버리지는 스파이크 단백질 유전자좌에 집중됩니다. 상세한 시퀀싱을 위해, 선택적인 ARTIC v4 프라이머 풀은 새로운 변이체에 대한 심층적인 특성 규명을 제공합니다.

통합 솔루션

키트에는 cDNA 변환, 증폭 및 라이브러리 준비를 위한 모든 시약이 포함되어 있습니다. PCR 중 63°C 어닐링 온도는 변이체 분석 및 통찰력을 개선한다.

간소화된 데이터 분석

BaseSpace Sequence Hub의 DRAGEN COVID 계통 앱을 포함한 개방형 소프트웨어 도구로 계통을 평가하고 돌연변이에 주석을 달 수 있습니다.

사양

자동화 기능 Liquid handling robots
자동화 상세 정보 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기
콘텐츠 사양 스파이크 단백질 유전자좌 전반에 걸쳐 균일한 바이러스 게놈 커버리지 
설명 COVIDSeq Assay(96개 샘플)는 연구 애플리케이션을 위해 모든 Illumina 벤치탑 시퀀싱 시스템에서 처리되도록 고안된 저처리량 및 중간 처리량 NGS assay입니다.
Instruments MiSeq System, iSeq 100 System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq 6000Dx in Research Mode, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000 System
방법 Amplicon sequencing, Targeted RNA sequencing
멀티플렉싱 iSeq System의 8-플렉스 MiSeq System의 30–48 플렉스 MiniSeq 시스템의 48-plex
Nucleic acid type RNA
샘플 유형 세부 정보 비인두, 구인두, 중비갑개 비강 면봉 검체 
Species category Human, Virus
종 세부 사항 SARS-CoV-2(SARS-CoV-2_ MN908947v3)
Strand specificity Non-stranded
Technology Sequencing

필수 제품

하나의 COVIDSeq Assay(96개 샘플)가 필요합니다. 네 가지 옵션을 사용할 수 있으며, 포함된 색인 플레이트를 제외하고 모두 동일합니다. 

COVIDSeq Positive Control은 선택 품목입니다.

Illumina COVIDSeq v4 Primer Pools, 384 Samples RUO는 v3 프라이머 풀의 선택적 대체물입니다. v4는 델타 및 오미크론 변이체의 추가 돌연변이에 대응하여 업데이트되었으며 스파이크 단백질 유전자좌에서 개선된 커버리지를 제공합니다.

/ 결과

애플리케이션

COVIDSeq Assay(96개 샘플)를 통해 벤치탑 시퀀싱 시스템을 사용하는 검사실은 SARS-CoV-2 변종 및 계통에 대한 유전체 감시를 수행하여 새로운 균주를 식별하고 모니터링할 수 있습니다.

예시 워크플로우

1
준비

Illumina COVIDSeq Assay(96개 샘플)

2
시퀀스
3
분석

애플리케이션 노트

Illumina COVIDSeq Test(RUO 버전)를 사용한 COVID-19 감시 시스템을 위한 시퀀싱 가이드라인

관련 애플리케이션 및 방법

코로나바이러스 시퀀싱

NGS can identify novel coronavirus variants, track COVID-19 transmission, and more. Compare NGS methods for various coronavirus sequencing goals.

유전체 감시

NGS supports effective genomic surveillance strategies through identification of novel strains of coronavirus and other emerging infectious disease agents.

공중 보건 감시

유전체학은 새로운 병원체, 새로운 병원체, 순환하는 병원체를 검출하고 특성화함으로써 공중 보건과 복지를 발전시킬 수 있다.

문서

제품 관련 자료
  • Technical Note PDF < 1 MB
    3 버전
  • Technical Note PDF 1 MB
    2 버전
지원 문서

해당 제품 전용 지원 섹션은 현재 제공되지 않습니다

비교하기

COVIDSeq assay(샘플 96개) COVIDSeq Test(RUO 버전) Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit Pan-Coronavirus Panel
자동화 기능 Liquid handling robots Liquid handling robots Liquid handling robots Liquid handling robots
자동화 상세 정보 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기
콘텐츠 사양 스파이크 단백질 유전자좌 전반에 걸쳐 균일한 바이러스 게놈 커버리지  스파이크 단백질 유전자좌 전반에 걸쳐 균일한 바이러스 게놈 커버리지  호흡기 병원체 DNA와 RNA를 동시에 검출하고 항균 내성(AMR) 유전자 발현을 동시에 프로파일링합니다.
설명 COVIDSeq Assay(96개 샘플)는 연구 애플리케이션을 위해 모든 Illumina 벤치탑 시퀀싱 시스템에서 처리되도록 고안된 저처리량 및 중간 처리량 NGS assay입니다. COVIDSeq 검사(RUO 버전)는 연구 응용 분야를 위한 확장 가능한 High-throughput NGS 분석(최대 3072개 샘플)입니다.   호흡기 감염 및 동시 감염을 식별하고, 항균제 내성 표지자를 검출하며, 바이러스 진화 및 전파를 연구하기 위해 주요 병원체(SARS-CoV-2 및 Flu A/B 바이러스)의 균주 유형 분석을 실시한다. Pan-Coronavirus 패널은 다양한 동물 숙주에서 200개 이상의 알려진 신종 코로나바이러스 균주를 검출하고 전장 유전체 염기서열분석을 가능하게 하는 통합 워크플로우의 일부입니다.
Instruments MiSeq System, iSeq 100 System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq 6000Dx in Research Mode, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000 System MiSeq System, iSeq 100 System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq 6000Dx in Research Mode, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000 System MiSeq System, NextSeq 550 System, MiniSeq System MiSeq System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeq System
방법 Amplicon sequencing, Targeted RNA sequencing Amplicon sequencing, Targeted RNA sequencing Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment Whole-genome sequencing, Target enrichment
멀티플렉싱 iSeq System의 8-플렉스 MiSeq System의 30–48 플렉스 MiniSeq 시스템의 48-plex NextSeq의 384-plex NovaSeq의 384-plex 고유한 듀얼 인덱스(unique dual index)를 사용하여 한 번의 런으로 최대 384개 샘플 고유한 듀얼 인덱스(unique dual index)를 사용하여 한 번의 런으로 최대 384개 샘플
Nucleic acid type RNA RNA DNA, RNA RNA
샘플 유형 세부 정보 비인두, 구인두, 중비갑개 비강 면봉 검체  비인두, 구인두, 중비갑개 비강 면봉 검체 
Species category Human, Virus Human, Virus Fungal, Virus, Bacteria Virus
종 세부 사항 SARS-CoV-2(SARS-CoV-2_ MN908947v3) SARS-CoV-2(SARS-CoV-2_ MN908947v3) 호흡기 병원체(180+ 세균, 50+ 진균, SARS-CoV-2를 포함한 40+ 바이러스) 및 항균 내성 대립유전자(1200+)를 검출한다.
Strand specificity Non-stranded Non-stranded Non-stranded
Technology Sequencing Sequencing Sequencing Sequencing

선택 도구:

Library Prep and Array Kit Selector

Find the right sequencing library preparation kit or microarray for your needs. Filter by method, species, and more. Compare, share, and order kits.

그림 자료

유전체 커버리지 성능

리드 길이 및 깊이의 함수로서 성능을 도시하는 열 지도는 단일 리드에 비해 쌍을 이룬 단부 리드로 상당한 개선을 보여준다. > 0.99의 유전체 분획이 자신 있게 나타나 있으며, 1에 가까운 값은 SARS-CoV-2 유전체의 보다 완전한 범위를 나타낸다.

라이브러리 프렙 (4)

COVIDSeq Assay (96 samples) index 1

20049393

SARS-CoV-2 검출을 위한 96개 검체 준비용 시약 포함. 96개의 고유한 이중 인덱스가 있는 인덱스 플레이트 1을 포함합니다. 선택적 양성 대조군 및 선택적 v4 프라이머 풀을 별도로 구매

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COVIDSeq Assay (96 samples) index 2

20051772

SARS-CoV-2 검출을 위한 96개 검체 준비용 시약 포함. 96개의 고유한 이중 인덱스가 있는 인덱스 플레이트 2를 포함합니다. 선택적 양성 대조군 및 선택적 v4 프라이머 풀을 별도로 구매

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COVIDSeq Assay (96 samples) index 3 RUO

20051773

SARS-CoV-2 검출을 위한 96개 검체 준비용 시약 포함. 96개의 고유한 이중 인덱스가 있는 인덱스 플레이트 3을 포함합니다. 선택적 양성 대조군 및 선택적 v4 프라이머 풀을 별도로 구매

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COVIDSeq Assay (96 samples) index 4 RUO

20051774

SARS-CoV-2 검출을 위한 96개 검체 준비용 시약 포함. 96개의 고유한 이중 인덱스가 있는 인덱스 플레이트 4를 포함합니다. 선택적 양성 대조군 및 선택적 v4 프라이머 풀을 별도로 구매

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액세서리 제품 (2)

COVIDSeq Positive Control

20051775

품질 관리를 지원하는 100uL의 COVIDSeq 양성 대조군 포함

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Illumina COVIDSeq v4 Primer Pools, 384 Samples RUO

20065135

최대 384개의 샘플에 충분한 선택적 ARTIC v4 프라이머 풀 시약이 포함되어 있습니다. COVIDSeq 검사(RUO) 및 COVIDSeq 분석에 포함된 v3 프라이머 풀을 대체합니다(96개 샘플).

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선택 품목 요약

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FAQ

주요 차이점은 각 assay가 실행할 수 있는 샘플 수입니다. COVIDSeq Assay(96개 샘플)는 소규모 연구 검사실을 수용하기 위해 Illumina 벤치탑 시퀀싱 시스템에서 최대 96개의 샘플를 실행합니다. 반면에, COVIDSeq Test(RUO)는 NovaSeq 6000 시스템 또는 NextSeq 시퀀싱 시스템 라인에서 최대 3,072개의 샘플을 실행합니다.

준비된 라이브러리는 임의의 Illumina 시퀀싱 시스템에서 시퀀싱될 수 있습니다. 그러나, COVIDSeq Assay(96) 샘플의 저처리량 구성은 iSeq 100, MiniSeq, MiSeq, NextSeq 550, NextSeq 1000 및 NextSeq 2000 시스템을 포함한 Illumina 벤치탑 시퀀싱 시스템에 이상적입니다.

ARTIC v3 프라이머 풀은 COVIDSeq Assay(96개 샘플) 키트에 포함되어 있다. 여기에는 SARS-CoV-2의 원래 균주에 대해 설계된 98개의 앰플리콘 및 11개의 인간 유전자에 대한 프라이머가 포함되어 있습니다. 선택적 ARTIC v4 프라이머 풀에는 델타 변이에 대해 설계된 99개의 앰프리콘과 인간 대조군이 포함되어 있지 않다. 스파이크 단백질 유전좌위 전반에 걸쳐 유전체 커버리지를 개선하고 SARS-CoV-2 변이 검출을 위한 분석 민감도를 개선합니다.

/ 결과

NovaSeq X 시리즈 주문

발전된 화학 반응, 광학 및 인포매틱스가 결합되어 뛰어난 속도와 데이터 품질, 뛰어난 처리량과 확장성을 제공합니다.

MiSeq Reagent Kit v3

클러스터 밀도와 판독 길이를 높여 이전 버전에 비해 시퀀싱 품질 점수를 개선하는 최적화된 시약 키트입니다.

TruSight Oncology 500

FFPE 조직의 모든 주요 변이 계열과 유전자 시그니처(TMB, MSI, HRD)를 포함하는 대형 범암 패널로 CGP를 활성화합니다.

Illumina DNA Prep

광범위한 시퀀싱 애플리케이션에 사용하기 위한 매우 정확한 데이터를 생성하는 효율적이고 빠른 통합 라이브러리 프렙 워크플로우입니다.

COVIDSeq Test(RUO 버전)

이 High-throughput NGS assay를 통해 실험실은 SARS-CoV-2 돌연변이를 검출하여 새로운 변종의 출현 및 유병률을 식별하고 추적할 수 있습니다.

Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit

SARS-CoV-2 균주를 포함한 일반적인 호흡기 바이러스의 매우 민감한 검출 및 특성화를 제공하는 간소화된 워크플로우입니다.

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