환경 메타지노믹스
환경 메타지노믹스 개요
환경 메타지노믹스는 환경 샘플 내의 DNA 분석을 기반으로 하는 미생물 군집 내 유기체에 대한 연구입니다.
그 예로 심해 분출구에서 채취한 물 샘플 또는 활성 광물 광산과 같은 인간이 만든 환경의 토양 샘플에서 미생물 개체군을 프로파일링하는 것이 포함됩니다. 환경 메타지노믹스 연구 데이터는 농업 미생물 분석, 생태학적 개선 또는 기타 생물학적 조사에 사용됩니다.
환경 메타지노믹스를 위한 차세대 시퀀싱
환경 메타지노믹스는 차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS)가 등장하기 이전에는 상당히 제한적인 분야였습니다. NGS는 연구자에게 복잡한 샘플에서 전체 미생물 군집을 프로파일링하고, 새로운 유기체를 발견하고, 변화하는 조건에서 미생물 개체군의 동적 특성을 탐색할 수 있는 기능을 제공합니다.
환경 메타지노믹스에서 흔히 사용되는 NGS 방법은 다음과 같습니다.
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Earth BioGenome Project Builds Foundation to Sequence Life
Earth BioGenome 프로젝트는 10년 안에 지구상에 알려진 모든 150만 종의 진핵생물의 유전체를 시퀀싱하고 어노테이션한다는 공통 목표를 가진 파트너 조직 및 제휴 프로젝트의 연합 네트워크입니다.
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Subway Metagenomics Research
스톡홀름 지하철의 마이크로바이옴을 매핑하고 전 세계 67개 이상의 도시에서 도시 환경의 메타게놈을 연구하기 위한 NGS 사용에 대해 알아보세요.
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환경 메타지노믹스와 eDNA
환경 DNA 시퀀싱은 생물다양성 연구와 생태계 변화 모니터링을 위해 빠르게 부상하는 방법입니다. 일부 샘플 유형의 경우 환경 DNA 시퀀싱 접근법의 조합을 사용하면 박테리아 및 진핵생물 종을 포함한 생태 샘플의 전체 다양성을 밝히는 데 도움이 될 수 있습니다.
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참고 문헌
- McLean JS, Lombardo MJ, Ziegler MG, Novotny M, Yee-Greenbaum J, et al. (2013) Genome of the pathogen Porphyromonas gingivalis recovered from a biofilm in a hospital sink using a high-throughput single-cell genomics platform. Genome Res 23:867–77.
- Schofield MM, Sherman DH. (2013) Meta-omic characterization of prokaryotic gene clusters for natural product biosynthesis. Curr Opin Biotechnol 24:1–8.
- Wilson MC, Piel J. (2013) Metagenomic approaches for exploiting uncultivated bacteria as a resource for novel biosynthetic enzymology. Chem Biol 20:636–47.