RNA 시퀀싱 데이터 분석 솔루션
생물학자를 위해 설계된 사용이 용이한 RNA-Seq 분석 도구
RNA-Seq 데이터의 직관적인 분석
바이오인포매틱스 전문가의 영역에 들어오면 RNA 시퀀싱(RNA-Seq) 데이터 분석에 그 어느 때보다도 쉽게 접근할 수 있습니다. Illumina는 생물학자를 위해 설계된 직관적인 사용자 인터페이스로 패키지된 간단한 버튼 조작 RNA-Seq 소프트웨어 솔루션을 제공합니다.
이러한 사용이 용이한 도구는 유전자 발현 분석부터 전체 RNA 발현 프로파일링 등에 이르기까지 광범위한 차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS) 연구를 지원합니다.
Illumina 도구를 사용하는 RNA-Seq 데이터 분석의 이점
RNA-Seq 데이터는 Illumina Connected Analytics 또는 Illumina 멀티오믹스 클라우드 컴퓨팅 플랫폼인 BaseSpace Sequence Hub에서 빠르고 안전하게 전송, 저장, 분석할 수 있습니다. 두 플랫폼 모두 RNA-Seq 및 기타 NGS 데이터의 정확하고 매우 빠른 2차 분석을 위해 DRAGEN 2차 분석에 대한 클라우드 내 액세스를 제공합니다.
DRAGEN은 무손실 유전체 데이터 압축을 사용하여 데이터 무결성을 유지하면서 데이터 보관 공간을 최대 5배까지 줄입니다. 다음 사항에 대해 더 알아보세요.
Illumina의 RNA-Seq 분석 앱의 특징:
- 바이오인포매틱스 경험에 상관없이 모든 연구자가 이용 가능
- 전문가가 선호하는 RNA-Seq 소프트웨어 도구 제품군으로, Illumina가 개발 또는 최적화하거나 제3자 앱 제공업체의 성장하는 에코시스템에서 도입
- 유전체 발현 정량부터 새로운 전사물(transcript) 검출, 단일 염기 다형성 코딩(cSNP), 유전자 융합(gene fusion) 등의 일반 전사체(transcriptome) 연구를 지원하도록 설계
- 인간, 마우스, 랫트 RNA-Seq 분석에 적합(특정 앱은 추가적인 종을 지원)
- 모든 Illumina 시퀀싱 시스템과 적합
Core Lab에서 BaseSpace를 사용하여 mRNA-Seq 데이터 분석
브리티시컬럼비아 대학교의 BRC-Seq 코어 시퀀싱 시설은 BaseSpace Sequence Hub를 사용하여 데이터를 분석하고 공유합니다. 이 시설의 연구에는 다양한 실험적 치료가 전사체에 미치는 영향을 평가하기 위해 mRNA 시퀀싱 데이터 분석이 자주 포함됩니다. BaseSpace 워크플로우는 BRC-Seq가 샘플을 추적하고 고품질 시퀀싱 데이터를 고객에게 전달하는 데 도움이 됩니다.
인터뷰 읽어 보기주요 RNA-Seq 분석 앱
자주 인용되는 RNA-Seq 분석 파이프라인을 기반으로 하는 이 앱은 광범위한 전사체 데이터 분석 요구 사항을 지원합니다.
| 방법 | 주요 앱 |
|---|---|
| mRNA 시퀀싱 | |
| 표적 RNA 시퀀싱 | BaseSpace RNA Amplicon 앱 |
| Small RNA 시퀀싱 | BaseSpace Small RNA 앱 |
| 감염병 시퀀싱 |
BaseSpace 앱으로 RNA-Seq 데이터를 분석하는 방법
시퀀싱 런 선택부터 분석 파라미터 선택 및 결과 분석에 이르기까지 일반적인 BaseSpace Sequence Hub RNA 시퀀싱 데이터 분석 워크플로우를 살펴보세요.
차등 발현(Differential expression), 유전자 융합(gene fusion) 검출, 변이 검출(variant calling) 및 원고에 통합할 수 있는 기타 보고서에 대한 설명을 포함하여 소프트웨어가 생성하는 쉽게 해석 가능한 표 및 그래프의 예시를 확인해 보세요.
Technical Note 읽어 보기
RNA-Seq 데이터의 해석
데이터 분석 후, 기능적 주석을 위해 결과를 Correlation Engine으로 쉽게 전송하여 유전자 발현 변화의 생물학적 효과를 이해할 수 있습니다. 이 오믹스 연구 데이터베이스와 도구 모음에는 생물학적 해석을 위한 정보를 제공하는 수천 건의 공공 연구 데이터 세트가 포함되어 있습니다. 이 정보는 선별되고 표준화되어 연구자들이 조직, 질병, 화합물 및/또는 유전적 교란에 의한 연관성을 정의하는 데 도움이 되는 추가적인 검정력을 제공합니다.
Correlation Engine의 일반적인 응용예는 RNA-Seq 실험으로부터의 차등 유전자 발현 데이터를 질환 연관성과 연결하고, 상관된 유전자 및 마이크로 RNA 표적을 시각화하는 것을 포함합니다.
Correlation Engine 살펴보기생물학적 맥락 제공
Correlation Engine를 통해 피츠버그 대학교 연구자들이 유전자 상향조절 및 하향조절, 유전자 기능, 약물 활성, 기타 작용 기전을 이해하고, 그 결과를 논문으로 출판하고 연구 보조금 지원을 받을 수 있도록 맥락화한 방법에 대해 알아보세요.
기사 읽어 보기
샘플 데이터 세트 보기
BaseSpace Sequence Hub를 이용하여 다양한 방법에 대한 샘플 데이터 세트를 확인하거나 BaseSpace 앱을 테스트하고 대화형 프로세스를 통해 결과를 평가해 보세요.
BaseSpace Sequence Hub에 액세스하고 특정 데이터 세트를 보려면 고객 로그인이 필요합니다.
멀티오믹스 프로파일링
RNA-Seq 데이터를 후성유전학 및 단백질체학과 같은 다른 기법의 데이터와 결합하여 유전자 발현, 유전자 조절, 단백질 수준을 측정해 보세요.
멀티오믹스에 대해 더 알아보기뉴스레터, 사례 연구 및 유전체 분석 기법에 대한 정보를 받고 싶으신가요?
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