mRNA 시퀀싱
mRNA 시퀀싱 소개
mRNA 시퀀싱(mRNA-Seq)은 질병 상태, 생물학적 과정 및 광범위한 연구 설계에서 전사체를 분석하기 위해 선택하는 방법으로 빠르게 발전했습니다. 유전자 발현을 정량화하는 고감도의 정확한 수단일 뿐만 아니라, mRNA-Seq는 기존에 알려지거나 새로운 전사물 동형(isoform), 유전자 융합 및 기타 특징과 대립 유전자 특이적 발현을 모두 식별할 수 있습니다. 사전 지식의 필터에 의해 제한되지 않는 코딩 전사체에 대한 완전한 관점을 제공합니다.
mRNA 시퀀싱의 장점
mRNA-Seq은 전사체 분석에서 유전자 발현 어레이(array)에 비해 여러 가지 이점을 제공합니다.
- 더 광범위한 동적 범위를 제공하여 유전자 발현의 배율 변화를 보다 민감하고 정확하게 측정할 수 있습니다.
- 알려진 특징과 새로운 특징을 모두 포획합니다
- 다양한 종에 적용 가능
어레이에서 mRNA-Seq으로 전환
Expression Analysis로 개발된 도구는 mRNA-Seq 결과를 이전 어레이 데이터와 쉽게 비교할 수 있는 방법입니다.
인터뷰 읽어 보기전사체에 대한 정확한 고해상도 보기
비율 압축은 동적 범위를 줄이고 측정된 전사 변화를 가리거나 변경할 수 있는 유전자 발현 어레이의 확립된 기술적 한계입니다.1–3 반면, mRNA-Seq는 이러한 편향의 영향을 받지 않으며 유전자 발현 변화를 보다 포괄적이고 정확하게 측정할 수 있습니다.
또한, mRNA-Seq는 가닥 정보를 제공하여 역배열 발현을 검출하고, 중복되는 전사물을 보다 정확하게 정량화할 수 있으며, 정렬 가능한 리드(read)를 높일 수 있습니다.
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표준 샘플에 권고하는 mRNA-Seq 워크플로우
라이브러리 준비
Illumina Stranded mRNA Prep
최소 25 ng의 표준(비분해) RNA를 투입하여 코딩 전사체를 분석하는 간단하고, 확장 가능하며, 비용 효율적이며 신속히 하루 안에 완료하는 솔루션입니다.
시퀀싱
NextSeq 1000 및 2000 시스템
비용 효율적이고 사용이 용이한 이 중간 수준의 처리량을 갖춘 벤치탑 시퀀서는 mRNA-Seq를 비롯하여 현재 및 새롭게 부상하는 다양한 응용법을 지원합니다.
데이터 분석
주요 mRNA 시퀀싱 관련 기사
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콜린 트랩넬 박사가 단일세포 mRNA-Seq에 대한 자신의 연구실 경험과 모든 사람이 생물정보학 도구를 사용할 수 있도록 하기 위한 노력에 대해 이야기합니다.
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RNA 시퀀싱 고려 사항
RNA-Seq의 리드 길이(read length) 및 깊이 관련 요구 사항에 대해 알아보고 실험적 설계에 도움이 되는 자원을 확인해 보세요.
Illumina 지식 읽어 보기
mRNA 시퀀싱 라이브러리 준비
강화된 RNA-Seq 라이브러리 준비 솔루션을 통해 유전자 발현을 정량화하고, 코딩 전사체의 기존에 알려진 동형과 새로운 동형을 식별하고, 유전자 융합을 검출하며, 대립 유전자 특이적 발현을 측정합니다.
더 알아보기포괄적인 mRNA-Seq 워크플로우
Illumina의 합성을 통한 시퀀싱(SBS) 화학 반응은 가장 널리 활용되고 있는 NGS 기술로, 전 세계 시퀀싱 데이터의 약 90%가 이 기술을 통해 생성됩니다.*
업계를 선도하는 고품질 데이터에 더해, Illumina는 라이브러리 준비에서부터 데이터 분석 및 생물학적 해석에 이르기까지 전체 과정을 간소화하는 통합 mRNA-Seq 워크플로우를 제공합니다.
RNA 시퀀싱 방법
이 RNA 시퀀싱 방법 가이드는 표적 패널에서 전체 전사체에 이르기까지 RNA 프로파일링을 위한 Illumina 솔루션을 제공합니다. Illumina RNA 시퀀싱 워크플로우는 전사체 연구를 위해 라이브러리 준비, 시퀀싱, 데이터 분석 단계를 원활하게 통합합니다.
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Additional Resources
Single-Cell mRNA-Seq
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NextSeq 1000 and NextSeq 2000 single-cell RNA sequencing solution
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참고 문헌
- 시 L, 동 W, 수 Z, 등 Microarray scanner calibration curves: characteristics and implications. BMC 생물정보학. 2005;6 보충 2:S11.
- 나에프 F, 소치 ND, 마그나스코 M. 올리고뉴클레오타이드 어레이의 정확도 및 정밀도에 대한 연구, 고농도에서 더 많은 신호 추출. 생물정보학. 2003;19:178-184.
- 유엔 T, 웜바흐 E, 페퍼 RL, 에버르솔 BJ, 시얼폰 SC. 상업용 올리고뉴클레오타이드와 맞춤형 cDNA 마이크로어레이의 정확도와 교정. 핵산 2002;30:e48.
*데이터 산출은 기록에 기재되어 있습니다. Illumina, Inc., 2015