리보솜 프로파일링
리보솜 프로파일링이란 무엇인가?
리보솜 프로파일링(ribosome profiling)은 리보솜 보호 mRNA 절편의 딥 시퀀싱을 기반으로 하는 방법입니다. 리보솜 프로파일링은 Ribo-Seq(ribosome sequencing) 또는 ART-Seq(active mRNA translation sequencing)이라고도 하며 특정 시점에서 세포에서 활성화된 모든 리보솜의 ‘스냅샷’을 제공합니다. 이 정보는 연구자들이 어떤 단백질이 세포에서 활발하게 번역되고 있는지 확인하는 데 도움이 될 수 있습니다.
리보솜 프로파일링 분석을 통해 세포 번역 과정을 체계적으로 모니터링하고 단백질 풍부도를 예측할 수 있습니다. 메시지의 어떤 영역이 번역되고 있는지 알아내면 복잡한 유기체의 프로테옴을 정의하는 데 도움이 될 수 있습니다. Ribo-Seq을 사용한 리보솜 프로파일링은 대규모 병렬 고처리량 차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS)과 함께 단백체 생성에 대한 상세하고 정확한 생체 내 분석을 가능하게 합니다.
리보솜 프로파일링의 장점
Ribo-Seq은 능동 번역 중인 전사물을 식별함으로써 유전자 조절의 중요한 측면에 대한 가시성을 제공할 수 있습니다.
- 번역 조절 조사 및 유전자 발현 측정
- 번역 시작 영역 식별
- 단백질 합성 속도 확인
- 단백질 풍부도 예측
리보솜 프로파일링을 위한 시퀀싱 라이브러리 생성
Ribo-Seq을 사용한 리보솜 프로파일링은 크기 배제 크로마토그래피를 사용합니다. 이 방법은 리보솜 보호 RNA 절편을 Illumina 기기의 시퀀싱과 호환되는 라이브러리로 변환하는 단계를 간소화합니다. 특수 장비가 필요하지 않은 간단하고 신속하며 확장 가능한 방법입니다. 반면에, 폴리솜과 모노솜을 분리하는 다른 방법은 자당 기울기 또는 쿠션을 사용하여 몇 시간의 초원심분리에 의존합니다.
리보솜 프로파일링 프로토콜
단종된 TruSeq Ribo Profile(이전 명칭: ART-Seq) 키트는 리보솜 프로파일링을 위해 다음과 같이 공개된 프로토콜을 기반으로 합니다. 이 논문은 TruSeq Ribo Profile에 대한 가능한 대안으로 assay에 필요한 시약과 구매처에 대한 자세한 정보를 제공합니다.
Ingolia NT, Brar GA, Rouskin S, McGeachy AM, Weissman JS. The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments. Nat Protoc. 2012;7(8);1534-1550.
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TruSeq Ribo Profile 키트는 단종되었습니다.
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*Data calculations on file. Illumina, Inc., 2015