메틸레이션 시퀀싱
메틸레이션 시퀀싱의 이점
사이토신 메틸레이션은 시간적/공간적 유전자 발현과 크로마틴 리모델링을 크게 수정할 수 있습니다. 차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS)의 힘을 활용하는 전장 유전체 분석과 표적 접근법 모두 단일 뉴클레오티드 수준에서 메틸레이션 패턴(methylation pattern)에 대한 통찰을 제공할 수 있습니다.
메틸레이션 시퀀싱의 장점:
- 인간 유전체 전체에서 CpG, CHH 및 CHG 영역의 메틸레이션 패턴 발견
- 전체 유전체 바이설파이트 시퀀싱(WGBS)을 통해 대부분의 종 전반에서 유전체의 거의 모든 사이토신에서 메틸레이션을 확인합니다.
- 소량의 DNA로 전체 샘플 다양성 캡처
- 표적 메틸레이션 시퀀싱으로 ENCODE, FANTOM5 및 Epigenomics RoadMap 컨소시엄으로 식별된 인간 유전체의 새로운 관심 영역을 다룹니다.
Advancing DNA Methylation Studies with NGS
이 eBook은 유전자 발현 및 조절 연구에 대해 설명합니다. 과학자들이 메틸레이션 시퀀싱 및 어레이 방법을 사용하여 연구를 가속화하는 방법에 대해 알아보세요.
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바이설파이트 시퀀싱은 어떻게 작동합니까?
많은 접근법이 메틸레이션 분석을 위해 NGS의 높은 품질과 민감도를 활용합니다. 대부분의 방법은 메틸레이션되지 않은 사이토신을 검출하기 위해 DNA의 바이설파이트 전환에 의존합니다. 바이설파이트 전환은 라이브러리 준비 중에 메틸레이션되지 않은 사이토신을 우라실로 변경합니다. 전환된 염기는 시퀀싱 데이터에서 티민으로 식별되고(PCR 후), 판독 계수를 사용하여 메틸레이션 사이토신 %를 결정합니다.
바이설파이트 전환 시퀀싱은 amplicon methyl-seq 또는 표적 인리치먼트와 같은 표적 방법 또는 전장 유전체 바이설파이트 시퀀싱을 사용하여 수행할 수 있습니다. 또한 OxBS 및 TAB-Seq와 같은 대체 화학은 메틸레이션(5-mc) 분석과 함께 하이드록시메틸레이션(5-hMc)을 식별하기 위해 NGS와 함께 사용할 수 있습니다.
메틸레이션 분석 방법에 대한 자세한 내용은 DNA 메틸레이션 분석에 대한 필드 가이드를 참조하세요.
주요 메틸레이션 연구
Epigenetic Contributions to Addiction
Marilee Morgan은 물질 남용자의 뇌 영상 스캔과 후성유전학적 유전자 시그니처를 연관시키기 위해 표적 메틸레이션 시퀀싱을 사용하는 방법에 대해 논의합니다.
메틸레이션 시퀀싱 워크플로우
Illumina는 메틸레이션 시퀀싱을 위해 라이브러리 준비부터 데이터 분석에 이르기까지 완벽하게 지원되는 워크플로우를 제공합니다.
메틸레이션 시퀀싱 데이터 분석용 DRAGEN Bio-IT Platform
DRAGEN Bio-IT Platform은 높은 커버리지 밀도로 후성유전학 연구를 위한 정확한 초고속 메틸레이션 시퀀싱 데이터 분석을 제공합니다.
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관련 솔루션
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복합 질환 유전체학
전장 유전체의 메틸레이션 시퀀싱은 연구진이 복잡한 신경학적, 면역학적 질병과 기타 질병에서 작용하는 기능적 메커니즘을 이해하는 데 도움이 될 수 있습니다. 복합 질환 연구에 대해 더 알아보세요.
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주요 논문
The DNA methylation landscape of Chinese hamster ovary (CHO) DP-12 cells.
J Biotechnol 199 38-46 2015
Single-cell DNA methylome sequencing and bioinformatic inference of epigenomic cell-state dynamics.
Cell Rep 10 1386-97 2015
Transient acquisition of pluripotency during somatic cell transdifferentiation with iPSC reprogramming factors.
Nat Biotechnol 33 769-74 2015
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Additional Resources
Peter Laird: Epigenetics, DNA Methylation, and Arrays
Peter Laird, PhD, discusses his studies of epigenetics and the role DNA methylation may play in contributing to cancer.
Whole-Genome Bisulfite Sequencing Library Prep
Efficient nanogram-scale library preparation, sequencing, and analysis of DNA methylation.
Library Prep for WGBS with Fraz Syed
Illumina scientist Fraz Syed explains library preparation for whole-genome bisulfite sequencing.