RNA 라이브러리 준비
RNA-Seq 라이브러리 준비 기술의 발전은 전사체(transcriptome) 연구에 혁신을 일으키고 있습니다.
전장 전사체
유전자 및 전사물(transcript)의 풍부도를 측정하고, 코딩(coding) 및 비코딩(noncoding) RNA의 알려진 특징 및 새로운 특징을 검출합니다. 표적 혼성화(Targeted hybridization)로 풍부한 rRNA를 제거하여 전사체의 중요한 영역을 집중적으로 분석합니다.
mRNA
유전자 발현(gene expression)을 정량화하고, 코딩 전사체(coding transcriptome)의 알려진 동형(isoform)과 새로운 동형을 식별하고, 유전자 융합(gene fusion)을 검출하며, 대립 유전자 특이적 발현(allele-specific expression)을 측정합니다.
RNA 인리치먼트
관심 있는 유전자의 유전자 발현을 중점적으로 분석합니다. 양적 발현 정보 및 작은 변이와 유전자 융합(gene fusion)을 제공합니다.
RNA 앰플리콘(amplicon)
중합효소 연쇄 반응(Polymerase chain reaction, PCR) 앰플리콘의 울트라 딥 시퀀싱(ultra-deep sequencing)을 사용하여 관심 RNA 시퀀스 분석, 차등 발현 분석(differential expression analysis), 대립 유전자 특이 발현 측정 및 유전자 융합 검증을 수행합니다.
실험에 적합한 RNA 키트 선택하기
| 애플리케이션 | 제품 | 이점 |
|---|---|---|
| Total RNA 시퀀싱 | Illumina Stranded Total RNA Prep |
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| mRNA 시퀀싱 | Illumina Stranded mRNA Prep |
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| 표적 RNA 시퀀싱 | Illumina RNA Prep with Enrichment |
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한 눈에 살펴보는 RNA 라이브러리 준비
| 애플리케이션 | 전장 전사체 | mRNA | RNA 인리치먼트 |
|---|---|---|---|
| 수작업 시간 | < 3시간 | < 3시간 | < 2시간 |
| 총 소요 시간 | 약 7시간 | 6.5시간 | < 9시간 |
| 샘플 사용량 | 1~1000 ng의 표준 품질 RNA, FFPE 샘플을 사용하는 경우와 최적의 성능을 원할 경우 10 ng의 사용 권장 | 25~1000 ng의 표준 품질 RNA | 표준 품질의 RNA 10 ng; 품질이 저하된 FFPE 샘플의 경우 20 ng의 RNA 사용 권장 / 저하 / FFPE |
| 자동화 기능 | 리퀴드 핸들링 로봇 | 리퀴드 핸들링 로봇 | 리퀴드 핸들링 로봇 |
| PCR 프로토콜 | 아니요 | 아니요 | 예 |
| 라이브러리 정량화 필요 여부 | 예 | 예 | 예 |
| 절편화 포함 여부 | 예 | 예 | 불필요 |
| 제품 | Illumina Stranded Total RNA Prep | Illumina Stranded mRNA Prep | Illumina RNA Prep with Enrichment |
세 가지 키트는 연구자가 더 높은 처리량의 시퀀싱이 필요할 경우 384개의 고유한 듀얼 인덱스(UDI)를 사용해 한 개의 NovaSeq S4 Flow Cell에 최대 384개의 샘플을 사용함으로써 시퀀싱 비용을 줄일 수 있도록 해 줍니다.
태그멘테이션의 이점
비드 결합 트랜스포좀(Bead-linked transposome, BLT) 태그멘테이션은 Illumina의 라이브러리 준비 포트폴리오에 사용되는 혁신적인 기술입니다. 온비드 태그멘테이션을 사용하면 동시에 gDNA를 단편화하고 Illumina 시퀀싱 프라이머를 첨가하여 이전보다 더 빠르게 시퀀싱 준비가 된 라이브러리를 얻을 수 있습니다. 보조 시약 또는 장비 없이 라이브러리를 표준화하고, 총 소요 시간과 복잡성을 줄입니다.
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어댑터 라이게이션 이해
Illumina의 NGS 라이브러리 준비에 사용되는 또 다른 주요 기술은 일관적으로 고품질의 데이터를 제공하는 것으로 잘 알려져 있는 어댑터 라이게이션(adapter ligation)입니다. 라이브러리는 gDNA 또는 cDNA 샘플을 절편화하고 특수 어댑터를 절편의 양 말단에 결합하여 준비됩니다. 이러한 어댑터에는 시퀀싱 프라이머 혼성화 영역의 보체 수가 포함되어 있습니다. 이는 추가 PCR 단계의 필요성을 없애 프로세스를 완전히 자동화합니다.
더 알아보기함께 자주 구매되는 제품
Illumina Library Prep을 최대한 활용할 수 있는 방법을 전문가에게 문의하세요.
Illumina가 귀하의 요구 사항을 살펴보고 추천해 드리겠습니다.
RNA-Seq 라이브러리 준비 방법 및 사용 사례
Tale of Two Kits
널리 사용되는 두 가지 RNA Library Prep Kit를 비교한 연구가 RNA 시퀀싱 연구를 수행하는 연구진에게 흥미로운 새로운 정보를 보여줍니다.
RNA Methods Poster
다음과 같은 분석에 적합한 포괄적인 NGS 방법:
- RNA 전사물
- RNA–단백질 간의 상호 작용
- 낮은 수준 RNA
- RNA 변형
- RNA 구조
RNA Methods Review
본 리뷰는 과학 논문을 편집해서 만든 RNA 시퀀싱에 활용 가능한 NGS 방법을 기술하며, 각각의 장단점, 논문 요약 및 참고 문헌을 포함합니다.
면역 종양학 연구를 위한 RNA 시퀀싱 워크플로우 예시
라이브러리 준비
시퀀싱
분석
관련 솔루션
인덱싱
런당 시퀀싱되는 샘플 수를 늘리고 고유한 듀얼 인덱스(unique dual index, UDI) 어댑터를 사용하여 고처리량 시퀀싱을 최적화해 보세요.
UMI
고유한 분자 식별자(Unique molecular identifier, UMI)는 오류 수정 및 정확성을 제공하고 위양성(false-positive) 변이 검출을 줄이면서 변이 검출 민감도를 높일 수 있습니다.
자동화
Illumina의 협력사가 Illumina의 라이브러리 준비 포트폴리오를 포괄하는 고처리량 및 저처리량의 초간편 자동화 방법을 개발했습니다.
RNA 시퀀싱
사전 지식이 없어도 단일 assay에서 전사체 동형(isoform), 유전자 융합 및 단일 염기서열 변이를 포함한 알려진 특징 및 새로운 특징을 모두 검출해 보세요.