듀얼 인덱스 시퀀싱
정확한 디멀티플렉싱
고유한 듀얼 인덱스(Unique dual index)는 다른 인덱싱 전략에 비해 샘플당 비용을 줄이고 높은 정확도로 라이브러리를 시퀀싱합니다
듀얼 인덱스 시퀀싱 이해하기
고유한 듀얼 인덱스를 사용하면 다른 인덱싱 전략에 비해 런당 시퀀싱되는 샘플 수를 늘리고 샘플당 비용을 줄일 수 있습니다. 단 하나의 고유한 듀얼 인덱스 플레이트로 96개의 샘플을 함께 풀링할 수 있습니다.
듀얼 인덱스 시퀀싱 전략
고유한 듀얼 인덱스 외에도 듀얼 인덱스 시퀀싱을 위한 또 다른 전략은 조합 듀얼 인덱스를 사용하는 것입니다. 멀티플렉싱용 라이브러리를 준비할 때는 고유한 듀얼 인덱스(unique dual index)를 사용하는 것이 좋습니다. 듀얼 인덱스 라이브러리를 사용하면 시퀀싱 런에 두 개의 추가 리드가 포함됩니다. 이 추가 리드를 통해 포스트-런 분석 소프트웨어가 향상된 정확도로 디멀티플렉싱을 수행할 수 있습니다.
고유한 듀얼 인덱스
웰 플레이트에서 시퀀스 반복을 방지하기 위해서, 고유한 듀얼 인덱싱은 샘플의 양쪽 끝에서 고유한 식별자를 사용합니다.
하나의 고유한 듀얼 인덱스 플레이트는 96개의 고유한 인덱스 1(i7) 어댑터와 96개의 고유 인덱스 2(i5) 어댑터를 사용하여 96개의 샘플을 함께 풀링할 수 있습니다.
조합 듀얼 인덱스
조합 듀얼 인덱스를 사용하면 웰 플레이트의 행과 열에서 시퀀스가 반복됩니다.
인덱싱이 8개의 고유한 듀얼 페어의 인덱스 조합으로 제한되므로 인덱스 어댑터가 일부 시퀀스를 공유합니다. 대부분의 라이브러리는 i7 또는 i5 말단에서 시퀀스를 공유합니다.
고유한 듀얼 인덱스를 사용하는 이유?
고유한 듀얼 인덱스의 이점은 다음과 같습니다.
- 멀티플렉싱의 효율성 향상
- 조합 듀얼 또는 단일 인덱스와 비교하여 시퀀싱 런에 더 많은 인덱스를 포함할 수 있어 샘플당 비용 감소
- 고도로 정제 및 GMP(Good Manufacturing Practice) 조건에서 제조
- 색상 균형을 고려한 디자인 개선
- 호핑된 리드를 필터링하여 인덱스 호핑 완화
고유한 듀얼 인덱스가 Illumina 시퀀싱 시스템에서 높은 정확도를 보장하는 데 어떻게 도움이 되는지 자세히 알아보세요.
일루미나 지식 보기
고유한 듀얼 인덱스 어댑터와 조합 듀얼 인덱스 어댑터의 비교
하나의 고유한 듀얼 인덱스 플레이트로 96개의 샘플을 함께 풀링할 수 있습니다. 이와 대조적으로 조합 듀얼 인덱싱은 8개의 고유한 듀얼 페어의 인덱스 조합으로 제한됩니다.
주요 애플리케이션에 권장되는 인덱스 어댑터 및 Library Prep Kit
| 애플리케이션 | Library Prep Kits | 권장 인덱싱 솔루션 |
|---|---|---|
| 전장 유전체 시퀀싱 | Illumina DNA Prep | IDT for Illumina UD Indexes |
| RNA 시퀀싱 | Illumina Stranded mRNA Prep Illumina Stranded Total RNA Prep |
IDT for Illumina – RNA |
| 앰플리콘 시퀀싱 | AmpliSeq for Illumina 패널 | AmpliSeq UD Indexes for Illumina(샘플 ≤ 24개) AmpliSeq UD Indexes for Illumina(샘플 > 24개) |
| 표적 DNA 인리치먼트 | Illumina DNA Prep with Enrichment | IDT for Illumina Nextera UD Indexes |
자주 함께 구매되는 제품
Illumina Library Prep을 최대한 활용할 수 있는 방법을 전문가에게 문의하세요.
Illumina가 귀하의 요구 사항을 살펴보고 추천해 드리겠습니다.
고유한 듀얼 인덱스나 고유한 분자 식별자 중 무엇을 사용해야 하나요?
고유한 듀얼 인덱스는 인덱스 호핑으로 인한 샘플 오할당을 완화하기 위해 멀티플렉싱을 수행할 때 유용합니다. UDI는 NovaSeq 6000 시스템과 같이 패턴화된 플로우 셀이 있는 기기를 사용할 때 특히 효과적일 수 있습니다.
고유한 분자 식별자는 위양성 변이 검출의 비율을 줄이고 변이 검출 민감도를 높이는 것으로 나타났습니다. DNA 및 cDNA에서 PCR 중복을 제거하고 고도로 멀티플렉싱된 CNV 검출과 같은 저빈도 변이를 검출하는 데 유용합니다. 고유한 분자 식별자에 대해 더 알아보기.
싱글 인덱싱과 듀얼 인덱싱의 비교
일반적으로 듀얼 인덱싱이 선호되는 경로입니다. 듀얼 인덱스 시퀀싱에는 추가 사이클이 필요하지만 시약 키트는 추가 사이클을 수행하기에 충분하게 공급됩니다. 다음과 같은 경우에는 싱글 인덱싱을 수행할 수 있습니다.
- 기기가 듀얼 시퀀싱을 지원하지 않는 경우(HiSeq 1000/1500 시스템)
- 리드를 위해 몇 개 염기 길이가 더 필요한 경우
- 일정상 두 번째 인덱스를 실행하는 데 필요한 추가 1~2시간이 허용되지 않는 경우
NovaSeq 6000 시스템
NovaSeq 6000 시스템은 최신 고성능 이미징을 Illumina의 패턴화된 플로우 셀 기술과 통합합니다. 업데이트된 플로우 셀 디자인은 나노웰 사이의 간격을 줄여 클러스터 밀도와 데이터 생성이 크게 증가합니다.
듀얼 인덱스 시퀀싱을 위한 리소스
Illumina Adapter Sequences
이 문서에는 여러 Illumina Library Prep Kit에 사용되는 Illumina 어댑터의 올리고뉴클레오티드 시퀀스가 포함되어 있습니다.
Indexed Sequencing Guide
llumina 기기의 싱글 인덱스 및 듀얼 인덱스 시퀀싱에 대해 알아보세요.
Illumina Adapters Pooling Guide
이 문서는 인덱싱된 라이브러리를 풀링할 때 모든 Illumina 시스템에 걸친 색상 균형을 최적화하기 위한 권장사항을 제공합니다.
Illumina Adapters Support
IDT for Illumina 고유한 듀얼 인덱스에 대한 유용한 리소스 및 지원 정보를 확인하세요.