페어드 엔드와 싱글 리드 엔드 시퀀싱의 비교

페어드 엔드 시퀀싱

• 심플 페어드 엔드 라이브러리: 심플 워크플로우로 단편 크기의 고유 범위 생성이 가능합니다.
• 효율적인 샘플 사용: 싱글 리드 유전체 DNA 또는 cDNA 시퀀싱과 동일한 양의 DNA가 필요합니다.
• 광범위한 애플리케이션: DNA의 메틸레이션 또는 제한 소화(restriction digestion)가 필요하지 않고, 바이설파이트 시퀀싱에 사용될 수 있습니다.
• 간편한 데이터 분석: 짧은 삽입 라이브러리로 고품질 시퀀스 어셈블리가 가능하게 합니다. 기준 싱글 리드 라이브러리 준비 과정에 대한 간단한 변형은 하나의 페어드 엔드 리드 동안 각 클러스터의 템플릿 가닥을 정방향 역방향 모두로 판독하는 것을 용이하게 합니다. 두 리드 모두 긴 영역 위치 정보를 포함하여, 리드 정렬의 정확성을 더 높여 줍니다.

싱글 리드 시퀀싱

• 비용 효율적 사용: 이 솔루션은 신속하고 경제적으로 대량의 고품질 데이터를 제공합니다.
• 특정 애플리케이션: 싱글 리드 시퀀싱은 small RNA-Seq 또는 chromatin immunoprecipitation sequencing(ChIP-Seq)과 같은 특정 방법들을 위한 훌륭한 선택이 될 수 있습니다.

페어드 엔드 DNA 시퀀싱

페어드 엔드 DNA 시퀀싱 리드는 반복 시퀀스를 포함하는 DNA 영역 전반에서 고품질 정렬을 제공하고, 공통 시퀀스에서 갭을 채움으로써 de novo 시퀀싱에 대한 긴 콘티그를 생성합니다. 페어드 엔드 DNA 시퀀싱은 또한 삽입, 결실, 역전과 같이 흔한 DNA 재배열을 검출합니다.

페어드 엔드 RNA 시퀀싱

페어드 엔드 RNA 시퀀싱(RNA-Seq)은 암의 유전자 융합 검출 및 새로운 스플라이스 이소폼 특성 규명과 같은 발견 애플리케이션을 지원합니다.²

페어드 엔드 RNA-Seq의 경우, Illumina에서는 대체 절편화 프로토콜과 함께 다음 키트들을 사용 후, 기준 Illumina 페어드 엔드 클러스터 생성 및 시퀀싱을 제공합니다.