시퀀싱 품질 점수
시퀀싱에서 품질 점수는 무엇인가요?
시퀀싱 품질 점수는 베이스 콜이 부정확하게 되었을 확률을 측정합니다. Sequencing by synthesis(SBS) 기술을 이용하여, 리드 내 각 염기는 프레드 유사 알고리즘에 의한 품질 점수로 배정되고1,2, 이는 생어 시퀀싱 실험에 대해 원래 개발된 것과 유사합니다.
시퀀싱 기술 비디오
Illumina SBS 작동 방법 보기.
Q score 정의
주어진 염기 Q의 시퀀싱 품질 접수는 다음 방정식으로 정의됩니다.
Q = -10log10(e)
여기에서 e는 베이스 콜이 잘못되었을 추정된 확률입니다.
- 더 높은 Q score는 오류의 확률이 더 낮음을 나타냅니다.
- 더 낮은 Q score는 상당한 부분의 리드를 사용할 수 없게 되는 결과를 초래할 수 있습니다. 이는 또한 위양성 변이 콜 증가로 이어져, 부정확한 결과를 초래할 수 있습니다.
품질 점수 20(Q20)은 상응하는 콜 정확도 99%와 함께 100개 중 1개의 오류율을 나타냅니다(100 bp 시퀀싱 리드마다 오류를 포함할 수 있음을 의미).
시퀀싱 품질이 Q30에 도달하면, 사실상 모든 리드가 오류나 모호성 없이 완벽할 것입니다. 이것이 Q30이 차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS)의 품질에 대한 벤치마크로 간주되는 이유입니다.
| 품질 점수 | 베이스 콜이 부정확하게 될 확률 | 추론된 염기 콜링 정확도 |
|---|---|---|
| 10(Q10) | 10개 중 1개 | 90% |
| 20(Q20) | 100개 중 1개 | 99% |
| 30(Q30) | 1000개 중 1개 | 99.9% |
Illumina 시퀀싱 품질 점수
Illumina 시퀀싱 chemistry는 대부분의 염기 점수가 Q30 이상으로 높은 정확도를 제공합니다. 이 수준의 정확도는 임상시험을 포함하여 광범위한 시퀀싱 애플리케이션에 이상적입니다.
품질 점수에 대한 추가 사항
시퀀싱 품질 점수에 대한 추가 심층 정보는 다음 기술 참고 사항을 읽어 보세요.
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참고 문헌
- Ewing B, Hillier L, Wendl MC, Green P. (1998): Base-calling of automated sequencer traces using phred. I. Accuracy assessment. Genome Res. 8(3):175-185
- Ewing B, Green P. (1998): Base-calling of automated sequencer traces using phred. II. Error probabilities. Genome Res. 8(3):186-194