RNA-Seq과 마이크로어레이의 기술 비교
RNA-Seq 기술 개괄
RNA 시퀀싱 (RNA-Seq) 기술은 모든 종에 대해 전사체(transcriptome)의 빠른 프로파일링과 심도깊은 조사를 가능하게 합니다. 이 접근법은 유전자 발현 연구에서 흔히 사용되는 기존 기술인 마이크로어레이(microarray) 분석과 비교해 수많은 장점을 제공합니다.
마이크로어레이 기술과 비교 시 RNA-Seq의 장점
새로운 전사물 검출 능력: 어레이와 달리, RNA-Seq은 종 또는 전사물(transcript)에 특화된 프로브가 필요하지 않습니다. 이는 새로운 전사물, 유전자 융합, 단일 염기서열 변이(single-nucleotide variant, SNV) 및 일부 삽입/결실(insertion/deletion, Indel) 분석 및 어레이가 검출 불가능한 기타 이전에 알려지지 않은 변화를 검출할 수 있습니다.1,2
더 넓은 동적 범위: 어레이 하이브리드화(array hybridization) 기술을 통해, 유전자 발현 측정은 로우 엔드에서는 배경, 하이 엔드에서는 시그널 포화로 인한 한계가 존재합니다. RNA-Seq 기술은 이산적 디지털 시퀀싱 리드 수를 생성하며, 더 큰 동적 범위(RNA-Seq의 경우 >105와 어레이의 경우 103 비교) 전체에 걸쳐 발현을 정량화할 수 있습니다.1,2,3
더 높은 특이도 및 민감도: 마이크로어레이와 비교해, RNA-Seq은 차등 발현 유전자, 특히 낮은 발현 정도의 유전자를 더 높은 비율로 검출하는 것으로 나타났습니다.4-6
희소하거나 풍부도가 낮은 전사물의 간단한 검출: 시퀀싱 커버리지 뎁스는 희소한 전사물, 세포별 단일 전사물 또는 발현이 약한 유전자를 검출할 수 있도록 쉽게 증가시킬 수 있습니다.
어레이에서 RNA-Seq으로 전환
시퀀싱 서비스 제공사 관점에서 마이크로어레이와 RNA-Seq 기술을 상세히 비교해 보세요.
“mRNA-Seq은 특이도가 높아 마이크로어레이보다 전사물, 특히 동형 검출 능력이 더 뛰어납니다. 이는 또한 차등 발현 감지의 민감도가 더 높고 증가된 동적 범위를 제공합니다.”
Steve McPhail
Expression Analysis 사장 겸 CEO
사용이 용이한 데이터 분석 도구
과거에 차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS) 데이터 분석은 상당한 바이오인포매틱스 전문성을 필요로 하여 생물학자들이 RNA 시퀀싱 기술을 도입하는데 주요 장애물로 작용했습니다. 최근의 사용이 용이한 도구는 분석 프로세스를 크게 단순화시켜 바이오인포매틱스 배경이 없는 연구자들도 접근 가능한 솔루션을 제공해 줍니다.
벤치탑 RNA-Seq 기술
NextSeq 2000 시스템은 전사체 시퀀싱부터 엑솜 시퀀싱, 단일세포 프로파일링 등에 이르기까지 전통적이며 새로운 다양한 애플리케이션을 지원합니다.
어레이 보조금을 앞서는 RNA-Seq 보조금
새로운 RNA 시퀀싱 연구와 유전자 발현 마이크로어레이를 포함하는 연구에 할당된 NIH 보조금의 비율은 지난 몇 년 동안 RNA-Seq 기술 쪽에 편중되어 왔으며 현재 대부분을 차지하고 있습니다. 전사체학 전자책을 다운로드하여 증거를 확인해 보세요.
전사체학 역량 강화
본 eBook에서는 NGS가 유전자 발현 연구를 어떻게 발전시키고 있는지 논의하며 어레이 대비 RNA-Seq의 장점을 다룬 섹션도 포함되어 있습니다.
RNA-Seq 실험 시 고려 사항
각 RNA 시퀀싱 시험 유형은 유전자 발현 프로파일링이든, 표적 RNA 발현이든, 또는 small RNA 분석이든 판독 길이와 뎁스에 대한 고유한 요구 사항이 있습니다. 이 게시판에서는 실험 고려 사항을 검토하고 연구 설계에 도움이 되는 리소스를 제공합니다.
유전자 발현 연구를 위한 마이크로어레이부터 RNA-Seq까지
Annika Sonntag 박사의 연구팀은 기존에 마이크로어레이를 사용하여 RNA 발현을 측정했지만 엑손 특이적 RNA 발현도 확인해야 했습니다. 여러 기술을 비교한 결과, 유전자 발현 연구를 위해 Illumina NGS를 선택했습니다.
Beginner's Guide to Next-Generation Sequencing
Considering bringing next-generation sequencing to your lab, but unsure where to start? These resources cover key topics in NGS and are designed to help you plan your first experiment.
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참고 문헌
- Wang Z, Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nat Rev Genet. 2009;10:57–63.
- Wilhelm BT, Landry JR. RNA-Seq—quantitative measurement of expression through massively parallel RNA sequencing. Methods. 2009;48:249–57.
- Zhao S, Fung-Leung WP, Bittner A, and Ngo K, Liu X. Comparison of RNA-Seq and microarray in transcriptome profiling of activated T cells. PLoS One. 2014;16;9(1):e78644.
- Wang C, Gong B, Bushel PR, et al. The concordance between RNA-seq and microarray data depends on chemical treatment and transcript abundance. Nat Biotechnol. 2014;32:926–932.
- Li J, Hou R, Niu X, et al. Comparison of microarray and RNA-Seq analysis of mRNA expression in dermal mesenchymal stem cells. Biotechnol Lett. 2016;38:33–41.
- Liu Y, Morley M, Brandimarto J, et al. RNA-Seq identifies novel myocardial gene expression signatures of heart failure. Genomics. 2015;105:83–89.