딥 시퀀싱(deep sequencing)은 유전체 영역을 여러 번, 때로는 수백 번에서 수천 번까지 시퀀싱하는 것을 뜻합니다. 이 차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS) 접근법을 통해 연구자들은 원본 샘플의 1%에 불과한 희귀 클론 유형, 세포 또는 미생물을 검출할 수 있습니다.
Saumya Jamuar 박사는 대뇌 피질 기형에서 체세포 모자이크 현상을 검출하기 위해 최소 200~500x의 딥 표적 재시퀀싱(deep targeted resequencing)을 사용합니다.
기사 읽어보기딥 시퀀싱은 암, 미생물학 연구, 그리고 희귀 세포 집단의 분석과 관련된 기타 연구에 유용합니다. 예를 들어, 암 샘플의 경우 정상 세포 오염이 흔하며 종양 자체에 암세포의 여러 하위클론이 포함되어 있을 가능성이 높으므로 종양 내 돌연변이를 식별하려면 딥 시퀀싱이 필요합니다.
딥 시퀀싱의 필요여부는 여러 요인에 따라 좌우됩니다. 예를 들어, 암 연구에서는 순도가 낮은 종양, 다클론성이 높은 종양, 높은 민감도가 필요한 응용분야(저빈도 클론들을 식별함)의 경우 요구되는 시퀀싱 뎁스가 증가합니다. 암 시퀀싱 뎁스는 일반적으로 80×에서 최대 수천 배의 커버리지(coverage)까지 이릅니다.
종양은 일반적으로 정상 조직과 종양 조직이 혼합되어 있습니다. 50%의 정상 조직으로 이루어진 종양은 100% 순수한 종양 샘플과 동일한 신뢰도로 종양 돌연변이를 검출하려면 시퀀싱 뎁스가 2배여야 합니다.
진행성 종양은 다클론성인 경우가 많습니다. 존재하는 클론 유형이 다양할수록, 각 클론성 유형을 제대로 나타내려면 필요한 시퀀싱 뎁스는 더 커져야 합니다.
원래 종양의 1%를 차지하는 클론은 약물 내성 재발 기간 동안 우세한 클론이 될 가능성이 있습니다. 종양에 정상 조직이 없다고 가정할 때, 1%로 존재하는 클론은 100× 커버리지에서 한 번만 나타날 것입니다.
단일 assay를 통해 DNA 및 RNA 전체에 걸쳐서 500개 이상의 유전자에 대한 여러 변이 유형과 주요 바이오마커를 분석할 수 있습니다.
하나의 플랫폼에서 전장 엑솜 시퀀싱, 전사체 시퀀싱, 딥 표적 시퀀싱 및 마이크로어레이(microarray) 스캔이 모두 가능한 유연성을 제공합니다.
*즉, 종양 클론의 특정 대립유전자 빈도 또는 특정 풍부도 수준에서 돌연변이를 검출할 가능성