리드 길이란 무엇인가?
시퀀스 리드 길이는 각각의 서열화된 DNA 단편의 길이 및 그것이 일 단부로부터 서열화되는지 또는 양 단부로부터 서열화되는지를 지칭한다. 예를 들어, 2 × 150 bp 실행은 각 DNA 단편에 대해 150 염기쌍의 2개의 리드(전진 및 역방향)를 생성한다. 더 긴 롱 리드의 길이는 DNA 서열에서 반복에 걸쳐 있을 더 양호한 확률을 가지기 때문에 더 짧은 숏 리드 길이보다 바람직하다.
Big advantages in a little package
간단하고 컴팩트한 벤치탑 시퀀싱 시스템에서 매우 정확한 데이터, 빠른 런 타임 및 최대 1.2 Gb 출력
최고의 단순성과 놀라운 속도로 차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS)에 액세스
리드 길이란 무엇인가?
시퀀스 리드 길이는 각각의 서열화된 DNA 단편의 길이 및 그것이 일 단부로부터 서열화되는지 또는 양 단부로부터 서열화되는지를 지칭한다. 예를 들어, 2 × 150 bp 실행은 각 DNA 단편에 대해 150 염기쌍의 2개의 리드(전진 및 역방향)를 생성한다. 더 긴 롱 리드의 길이는 DNA 서열에서 반복에 걸쳐 있을 더 양호한 확률을 가지기 때문에 더 짧은 숏 리드 길이보다 바람직하다.
리드 길이(read length) | iSeq 100 i1 Reagent v2 |
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1 × 36 bp | 144 Mb |
1 × 50 bp | 200 Mb |
1 × 75 bp | 300 Mb |
2 × 75 bp | 600 Mb |
2 × 150 bp | 1.2 Gb |
a. 사양은 지원되는 클러스터 밀도(필터를 통과한 클러스터 174~200 k/mm2)에서 Illumina PhiX Control 라이브러리를 사용해 얻은 수치를 근거로 함.
신청 | iSeq 100 i1 Reagent v2b |
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런당 작은 유전체 시퀀싱 분석 5~10 Mb의 유전체, 30× 커버리지, 2 × 150 bp |
1–8 |
런당 표적 유전자 발현 프로파일링 최대 500개 표적, 1 × 50 bp |
1–48 |
런당 표적 앰플리콘 시퀀싱 최대 3000 앰플리콘, 2 × 150 bp |
1–48 |
a. 모든 샘플 처리량은 예상 수치이며 싱글 플로우 셀을 이용한 런을 기준으로 함.
b. iSeq 100 i1 Reagent v2를 사용한 런당 샘플 수.
판독 통과 필터란 무엇입니까?
순항 필터링을 통과하는 클러스터의 백분율로, 각 통과 필터 클러스터는 리드(단일 엔드 리드) 또는 2개의 리드(쌍 엔드 리드)를 제공합니다. reads passing filter에 대해 자세히 알아보세요.
iSeq 100 i1 Reagent v2 | |
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싱글 엔드 리드(single-end reads) | 4M |
페어드 엔드 리드 | 8M |
a. 사양은 지원되는 클러스터 밀도(필터를 통과한 클러스터 174~200 k/mm2)에서 Illumina PhiX Control 라이브러리를 사용해 얻은 수치를 근거로 함.
품질 점수란 무엇인가요?
Quality Score(Q-score, 품질 점수)는 베이스 콜링 시 오류가 발생할 확률을 예측한 점수입니다. 더 높은 Q-score는 오류의 확률이 더 낮음을 나타냅니다. 품질 점수 30은 1/1000의 오류율을 나타내며 해당 통화 정확도는 99.9%입니다.
리드 길이(read length) | iSeq 100 i1 Reagent v2 |
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1 × 36 bp | Q30 이상의 염기 > 85% |
1 × 50 bp | Q30 이상의 염기 > 85% |
1 × 75 bp | Q30을 넘는 염기의 > 80% |
2 × 75 bp | Q30을 넘는 염기의 > 80% |
2 × 150 bp | Q30을 넘는 염기의 > 80% |
a. 런 전체에 걸쳐서 > Q30인 염기의 백분율의 평균값을 계산함.
리드 길이(read length) | iSeq 100 i1 Reagent v2 |
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1 × 36 bp | 9.5시간 |
1 × 50 bp | 10시간 |
1 × 75 bp | 11시간 |
2 × 75 bp | 14시간 |
2 × 150 bp | 19시간 |
a. 총 시간은 iSeq 100 시스템에서 클러스터 생성, 시퀀싱 및 베이스 콜링을 포함합니다.
iSeq 100 기기 사양
Sequencing by synthesis(SBS) chemistry
iSeq 100 System은 검증된 Illumina sequencing by synthesis(SBS) chemistry를 활용하여 폭 넓은 여러 애플리케이션에서 매우 정확한 데이터와 강력한 성능을 제공합니다. Sequencing by synthesis(SBS) chemistry는 가역적 종결자(reversible terminator) 형광 표지된 뉴클레오티드를 이용해, 단일 염기가 성장하는 DNA 가닥에 결합되어 수십억 개의 시퀀스를 병렬로 읽습니다.
iSeq 100 System은 Illumina SBS chemistry를 상보적 금속산화물 반도체(complementary metal-oxide semiconductor, CMOS) 기술과 결합하여 1채널 SBS chemistry를 제공합니다. CMOS 칩의 1채널 SBS chemistry는 정확한 데이터를 제공하는 동시에 기기 비용을 절감하고 더 작은 벤치탑 설치 공간을 허용합니다.
시퀀싱 품질 점수는 베이스 콜의 불확실성 또는 베이스 콜이 잘못되었을 확률을 측정합니다. quality score가 무엇인지, 그리고 quality score가 시퀀싱 런에 미치는 영향에 대해 알아보세요.
시퀀싱 커버리지 요건은 애플리케이션에 따라 다릅니다. 원하는 차세대 시퀀싱(NGS) 커버리지를 추정하고 달성하는 방법을 알아보세요.
페어드 엔드 런은 재배열, 새로운 전사물 등의 더 용이한 분석을 위해 DNA 두 말단 모두 시퀀싱합니다. 싱글 엔드는 경제적인 대안을 제공합니다. 이러한 시퀀싱 리드 유형 간의 주요 차이점에 대해 더 자세히 알아보세요.