리드 길이란 무엇인가요? 시퀀스 리드 길이는 각각의 시퀀싱된 DNA 절편의 길이 및 그것이 일 단부로부터 시퀀싱되는지 또는 양 단부로부터 시퀀싱되는지 여부를 지칭합니다. 예를 들어, 2 × 150 bp 런은 각 DNA 절편에 대해 150 염기쌍의 2개의 리드(순방향 및 역방향)를 생성합니다. 리드 길이가 길수록 DNA 시퀀스의 반복을 포괄할 확률이 높아지는 반면, 리드 길이가 짧을수록 광범위한 유전체 범위가 필요하지 않은 계수 방법론에 비용 효율적일 수 있습니다.
MiSeq i100 시리즈 사양
Fast and flexible sequencing
짧은 런 타임, 확장 가능한 출력 및 탁월한 데이터 품질
다양한 리드 길이에 대한 플로우 셀당 데이터 생성량a
| 플로우 셀 유형 | 5M 개b | 25M 개b | 50M 개c | 100M 개c |
|---|---|---|---|---|
| 1 × 100 bp | — | 2.5 Gb | 5 Gb | 10 Gb |
| 2 × 150 bp | 1.5 Gb | 7.5 Gb | 15 Gb | 30 Gb |
| 2 x 300 bp | 3 Gb | 15 Gb | 30 Gb | — |
a. 해당 사양은 Illumina의 PhiX Control 라이브러리를 사용해 지원되는 클러스터 밀도(cluster density)로 얻은 수치를 근거로 합니다.
b. 현재 5M 및 25M 플로우 셀을 사용할 수 있습니다.
c. 50M 및 100M 플로우 셀은 2025년부터 MiSeq i100 Plus 시스템에만 사용할 수 있습니다.
플로우 셀당 필터를 통과하는 리드
필터를 통과하는 리드란 무엇인가요? chastitya 필터링을 통과하는 클러스터의 백분율로, 각 통과 필터 클러스터는 리드(싱글 엔드 리드) 한 개 또는 리드(페어드 엔드 리드) 두 개를 제공합니다. 처음 25 사이클 동안 하나 이상의 베이스 콜이 0.6 미만의 순도 값을 갖는 경우 클러스터는 필터를 통과합니다. 싱글 엔드 런은 한쪽 끝에서만 DNA를 시퀀싱하고 경제적인 대안을 제공합니다. 페어드 엔드 런은 재배열, 새로운 전사물 등의 더 용이한 분석을 위해 DNA 두 말단 모두 시퀀싱합니다.
| 플로우 셀 유형 | 5M 개b | 25M 개b | 50M 개c | 100M 개c |
|---|---|---|---|---|
| 싱글 리드 | 5M | 25M 개 | 50M 개 | 100M |
| 페어드 엔드 리드 | 10M 개 | 50M 개 | 100M | 200M |
a. 신호 순도는 가장 밝은 염기 강도의 비율을 가장 밝은 염기 강도와 두 번째로 밝은 염기 강도의 합으로 나눈 값으로 정의됩니다.
b. 현재 5M 및 25M 플로우 셀을 사용할 수 있습니다.
c. 50M 및 100M 플로우 셀은 2025년부터 MiSeq i100 Plus 시스템에만 사용할 수 있습니다.
Q-Scorea
품질 점수란 무엇인가요? Quality Score(Q-score, 품질 점수)는 베이스 콜링 시 오류가 발생할 확률을 예측한 점수입니다. 더 높은 Q score는 오류의 확률이 더 낮음을 나타냅니다. 품질 점수 30은 1/1000의 오류율을 나타내며 해당 통화 정확도는 99.9%입니다.
시퀀싱 데이터 품질
| 플로우 셀 유형 | 5Mb | 25Mb | 50Mc | 100Mc |
|---|---|---|---|---|
| 1 × 100 bp | Q30 이상의 염기 ≥ 90% | |||
| 2 × 150 bp | Q30 이상의 염기 ≥ 90% | |||
| 2 x 300 bp | Q30 이상의 염기 ≥ 85% | |||
a. Q30 이상의 염기 비율은 전체 시퀀싱 런의 평균입니다. Q-Score(Quality score, 품질 점수)는 Illumina의 PhiX Control 라이브러리를 사용한 MiSeq i100 시리즈 시약을 근거로 합니다.
b. 현재 5M 및 25M 플로우 셀을 사용할 수 있습니다.
c. 50M 및 100M 플로우 셀은 2025년부터 MiSeq i100 Plus 시스템에만 사용할 수 있습니다.
런 타임
런 타임이란 무엇인가요? 시퀀싱 런 타임에는 클러스터 생성, 온보드 변성, 시퀀싱, 베이스 콜링 및 기기의 품질 점수가 포함됩니다.
| 플로우 셀 유형 | 5M 개a | 25M 개a | 50M 개b | 100M 개b |
|---|---|---|---|---|
| 1 × 100 bp | — | 약 4시간 | 약 4.5시간 | 약 5시간 |
| 2 × 150 bp | 약 7시간 | 약 7시간 | 약 7.5시간 | 약 8시간 |
| 2 x 300 bp | 약 15시간 | 약 15시간 | 약 15.5시간 | — |
a. 현재 5M 및 25M 플로우 셀을 사용할 수 있습니다.
b. 50M 및 100M 플로우 셀은 2025년부터 MiSeq i100 Plus 시스템에서만 사용할 수 있습니다.
주요 애플리케이션의 예상 샘플 처리량a
샘플 처리량이란 무엇인가요? 샘플 처리량은 플로우 셀당 단일 런에서 시퀀싱할 수 있는 샘플 수입니다.
| 플로우 셀당 샘플 수 | |||||
| 신청 | 샘플당 리드 | 5M 개b | 25M 개b | 50M 개c | 100M 개c |
| 전사체학 | |||||
| 3’ 유전자 발현 | 1~5M 개 | 1~5 | 5~25 | 10~50 | 25~100 |
| 표적 RNA 패널 | 1~5M 개 | 1~5 | 5~25 | 10~50 | 25~100 |
| mRNA-Seq | 10~25M 개 | — | 1~2 | 1~5 | 1~10 |
| Total RNA-Seq | 50M 개 | — | — | 1 | 1~2 |
| 미생물 유전체학 | |||||
| 병원체 검출 | 0.5~1M | 1~10 | 1~50 | 1~100 | 1~200 |
| 16S 앰플리콘 시퀀싱 | 0.1~0.2M 개 | 1~50 | 1~250 | 1~384 | 1~384 |
| 얕은 샷건 메타지노믹스 | 0.5~10M 개 | 1~10 | 1~12 | 1~25 | 1~50 |
| 샷건 메타지노믹스 | 10~25M 개 | — | 1~2 | 1~5 | 1~10 |
| 소형 WGSd | 0.5M 개 | 1~10 | 1~50 | 1~100 | 1~200 |
| 표적 유전자 시퀀싱 | |||||
| 앰플리콘 기반 | 0.1~50M 개 | 1~5 | 1~250 | 1~384 | 1~384 |
| 인리치먼트 기반 | 0.1~50M 개 | 1~50 | 1~250 | 1~384 | 1~384 |
| 유전체 편집 | 0.1~50M 개 | 1~50 | 1~250 | 1~384 | 1~384 |
| 면역 레퍼토리 | 2~25M 개 | — | 1~12 | 1~25 | 1~50 |
| 품질 관리 | |||||
| 라이브러리 QC | > 0.02M 개 | 최대 384플렉스 | 최대 384플렉스 | 최대 384플렉스 | |
a. 샘플당 리드 및 샘플 처리량은 패널 및 원하는 커버리지에 따라 매우 가변적이고 추정치입니다.
b. 현재 5M 및 25M 플로우 셀을 사용할 수 있습니다.
c. 50M 및 100M 플로우 셀은 2025년부터 MiSeq i100 Plus 시스템에만 사용할 수 있습니다.
d. 평균 5MB 박테리아 유전체의 최소 30배 커버리지에 기반한 예상 샘플당 리드 수입니다.
기기 사양
MiSeq i100 시리즈 사양a
-
데이터 아웃풋 범위b1.5~30 Gb
-
런당 페어드 엔드 리드10~200M 개
-
최대 리드 길이2 x 300 bp
-
런 타임약 4~15.5시간
a. 해당 사양은 Illumina의 PhiX Control 라이브러리를 사용해 지원되는 클러스터 밀도(cluster density)로 얻은 수치를 근거로 합니다.
b. 100M 플로우 셀 사양을 기준으로 한 최대 범위. 100M 플로우 셀은 2025년부터 MiSeq i100 Plus 시스템에서만 사용할 수 있습니다.
주요 기술
시약은 실온에서 배송 및 보관되며 즉시 사용할 수 있어 시퀀싱 설정이 빨라집니다.
XLEAP-SBS chemistry는 Illumina의 현재까지 가장 빠르고 견고한 고품질의 시퀀싱 화학 반응입니다.
단일 카트리지에 통합된 플로우 셀과 유체는 설정을 단순화하고 세척을 제거합니다.
MiSeq i100 시리즈 온보드와 클라우드에서 사전 설계된 DRAGEN 파이프라인은 데이터 분석을 간소화합니다.