NGS 애플리케이션
NGS 방법 및 애플리리케이션
NGS의 발견 능력은 광범위한 연구 분야에서 생물학적 현상, 경로, 시스템에 대한 미확인된 인사이트를 제공합니다.
NGS는 어떤 용도로 사용되나요?
NGS는 방대한 양의 유전 물질을 시퀀싱하는 데 사용되어 연구자들이 다양한 애플리케이션과 생물학적 시스템에서 과학 연구에 대한 폭넓고 편견 없는 접근 방식을 취할 수 있게 해 줍니다.
일부 표지자를 프로파일링하는 대신 단일 실험에서 단일 염기 해상도까지 수천 개의 영역에 걸쳐 변이를 식별할 수 있습니다. NGS는 실험 연구의 범위를 확장하여 가장 대담한 연구 질문에 대한 답을 찾는 데 도움을 줍니다.
주요 연구 분야에서 NGS 사용
NGS는 다양한 샘플의 종류에 대해 발표된 광범위한 방법을 사용하여 다양한 생물학적 질문에 대한 답을 찾는 데 중요한 역할을 할 수 있습니다. NGS는 단백질체, 전사체, 후성유전체, 유전체와 같은 여러 생물학적 '체'를 편견 없이 조사할 수 있게 해 줍니다. 멀티오믹스라고 하는 여러 체를 한 번에 조사하는 조합적 접근법도 NGS을 통해 달성할 수 있습니다.
널리 사용되는 NGS 방법과 애플리케이션은 다음을 포함합니다.
암 연구
NGS는 종양을 대량 시퀀싱하고 종양의 유전적 돌연변이를 식별하여 표적 치료 개발을 돕고 액체 생검을 통해 암 진행을 모니터링하는 데 사용됩니다.
암 연구 방법 가이드
암 연구 방법 가이드는 광범위한 암 연구 애플리케이션을 위한 간단한 워크플로우를 제공하는 40페이지 이상의 자료입니다. 이 가이드에는 단일세포 시퀀싱, 공간 시퀀싱, 메틸레이션 프로파일링, 멀티오믹스, 세포유리 RNA 시퀀싱 등이 포함되어 있습니다.
액체 생검 방법 가이드
20페이지가 넘는 이 eBook은 NGS과 마이크로어레이를 사용하여 액체 생검 샘플의 특성을 철저하게 규명하기 위한 포괄적인 워크플로우를 제시합니다. 액체 생검 분석에 대한 개요, 연구 사례, 다이어그램 등이 포함되어 있습니다.
미생물학 및 감염병 분야
NGS는 세균, 바이러스, 기타 미생물의 유전체를 시퀀싱하여 병원체 식별, 발병 추적, 항생제 내성 연구에 도움을 줍니다.
미생물 전장 유전체 시퀀싱 방법 가이드
수백 개의 유기체를 동시에 시퀀싱하고, 정확한 참조 유전체를 생성하며, 유전체 비교 연구를 수행할 수 있습니다.
유전 질환 및 희귀 질환
NGS는 유전체 또는 엑솜을 빠르게 시퀀싱하여 희귀질환과 관련된 새로운 SNP를 식별할 수 있게 해 줍니다.
다양한 분야의 NGS 주요 애플리케이션
| 애플리케이션 | 관심 영역/분야 | 추천 기기 |
|---|---|---|
| 유전자 발현 프로파일링 유전체 내 코딩 영역의 부분집합에 대한 유전자 발현을 검사합니다. |
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소규모 및 중간 규모 벤치탑 기기 |
| 미생물 유전체학 새로운 미생물을 발견하고, 발병을 모니터링하고, 식품 공급원을 분석하는 등 다양한 작업을 수행하세요. |
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소규모 및 중간 규모 벤치탑 기기 |
| 표적 유전자 시퀀싱 주어진 샘플에서 특정 변이를 분석하는 데 유용한 도구. |
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소규모 및 중간 규모 벤치탑 기기 |
| Small RNA 시퀀싱 마이크로 RNA와 같은 small RNA 종을 검출하고 시퀀싱하는 기술. |
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소규모 및 중간 규모 벤치탑 기기 |
| 유전체 농축 (enrichment) 주어진 샘플에서 특정 유전적 변이를 분석하는 데 사용됩니다. |
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소규모 및 중간 규모 벤치탑 기기 |
| 전사체학 (벌크, 단일세포, 공간) 개별 세포 또는 조직 내에서 발견되는 모든 RNA 분자를 포함한 전사체를 대량으로 또는 공간 해상도로 완벽하게 프로파일링합니다. |
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중간 규모 벤치탑 기기 |
| 면역 레퍼토리 (벌크 및 단일세포) 자가 면역 질환 및 기타 질병에 취약한 개인에서 발견되는 고유한 수용체 변이를 식별하는 데 사용됩니다. |
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중간 규모 벤치탑 기기 |
주요 워크플로우
NGS 워크플로우를 통해 다양한 시퀀싱 방법과 연구 분야에서 쉽게 접근하고 구현할 수 있습니다. 다음은 가장 많이 사용되는 몇 가지 방법에 대한 워크플로우 예시입니다.
주요 워크플로우: Illumina RNA Prep with Enrichment
이 웨비나에서는 샘플에서 라이브러리 제작 워크플로우, Illumina RNA Prep with Enrichment의 독특한 기능, 그리고 성공적인 라이브러리 준비를 위한 유용한 팁을 안내합니다.
라이브러리 준비
기계적, 효소적 또는 조합적 방법과 함께 인리치먼트(선택 사항) 및 QC
저처리량: 미세해부 (microdissection), 형광 활성화 세포 분류 (FACS)
고처리량: 미세유체학 (microfluidics), 드롭렛 기반 (droplet-based), 마이크로웰 (microwell) 접근법
기기별 NGS 애플리케이션 및 방법
주요 애플리케이션
지원되는 애플리케이션
*소형 표적 패널 < 50 genes, Large targeted panels > 50개 유전자 |
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| 방법 |
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| 소규모 전장 유전체 시퀀싱(Small Whole-Genome Sequencing) (미생물, 바이러스) 세균, 바이러스 또는 기타 미생물의 전체 유전체를 시퀀싱하세요. |
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| 표적 DNA 시퀀싱 표적 유전자 시퀀싱 패널은 주어진 샘플에서 특정 돌연변이를 분석하는 데 유용한 도구입니다. |
작은 표적 패널을 사용하는 주요 애플리케이션* |
작은 표적 패널을 사용하는 주요 애플리케이션* |
작은 표적 패널을 사용하는 주요 애플리케이션* |
작은 표적 패널을 사용하는 주요 애플리케이션* |
| mRNA 시퀀싱 poly A 포획을 이용한 mRNA 농축(enrichment) 후 유전자 발현의 민감하고 정확한 측정 |
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| Total RNA 시퀀싱 코딩(coding) 및 다양한 형태의 비코딩(noncoding) RNA를 모두 분석하여 전사체에 대한 포괄적인 관점에서 살펴볼 수 있게 해 줍니다. |
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| 16s rRNA 시퀀싱 복잡한 마이크로바이옴 또는 연구하기 어려운 환경에서 세균을 식별하고 비교하는 무배양 방법입니다. |
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| 엑솜 시퀀싱 유전자의 코딩 영역을 분석하여 유전적 변이를 식별하는 DNA 기술. |
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| 샷건 메타지노믹스 수천 개의 유기체를 동시에 시퀀싱하세요. 배양할 수 없거나 풍부도가 낮은 미생물을 식별하거나 미생물 다양성을 평가하세요. |
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| ATAC-Seq ATAC-Seq(assay for transposase-accessible chromatin with sequencing)은 유전체 전체의 크로마틴 접근성 평가를 위한 주요 방법입니다. |
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| 메틸레이션 시퀀싱 시퀀싱 기반 DNA 메틸레이션 분석을 통해 높은 커버리지 밀도와 유연성으로 후성유전학적 연구를 향상시키세요. |
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| 표적 단백질체학 특정 단백질을 분석하여 생물학적 시스템에서의 기능과 상호 작용을 이해합니다. |
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| 단일세포 시퀀싱 더 큰 조직을 구성하는 고유한 세포 분야를 발견합니다. |
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| 공간 분석 조직 부분 내 전사 활동의 포괄적인 지도를 얻습니다. |
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| 액체 생검 연구 비침습적 암 생체표지자로서 세포유리 순환 종양 DNA를 검사합니다. |
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| 면역 레퍼토리 시퀀싱 면역 세포 수용체를 해독하여 면역 체계의 다양성과 반응을 이해합니다. |
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| 대규모 전장 유전체 시퀀싱 (인간) 전체 유전체를 광범위하게 시퀀싱하여 연구를 위한 유전 정보를 밝힙니다. |
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더 읽어 보기: NGS 입문자를 위한 eBook
20페이지가 넘는 이 eBook은 NGS 방법과 애플리케이션, 워크플로우, 데이터 분석 솔루션에 대한 포괄적이면서도 따라 하기 쉬운 가이드와 NGS 시작을 위한 단계별 가이드를 제공합니다.
eBook 다운로드관련 링크
NGS 기술
NGS로 수행할 수 있는 다양한 실험과 Illumina NGS 기술의 원리에 대해 알아보세요.
NGS 입문 트레이닝 과정
Illumina의 가상 강의 과정은 NGS에 대한 개요를 제공합니다. 시퀀싱 워크플로우, 샘플 준비, 데이터 분석 등에 대해 알아보게 됩니다.
전장 유전체 시퀀싱과 엑솜 시퀀싱의 비교
전장 유전체 시퀀싱과 전장 엑솜 시퀀싱의 중요한 차이점과, 다음 발견을 효율적으로 하기 위해 각 방법을 언제 사용해야 하는지에 대해 알아보세요.
NGS 실험 계획하기
시퀀싱 런 계획에 도움이 되는 리드 길이(read length), 커버리지(coverage), Q-Score 및 기타 실험 고려 사항을 확인해 보세요.
벤치탑 시퀀싱 기기
Illumina 벤치탑 시퀀서가 어떻게 저처리량 및 중간 처리량 애플리케이션과 대규모 연구에 앞선 라이브러리 품질 관리(QC)에도 비용 효율적인 솔루션인지에 대해 더 자세히 알아보세요.
NextSeq 1000 및 NextSeq 2000 시스템에서의 16S rRNA 시퀀싱
이 애플리케이션 노트에서는 16S 유전자의 V3 및 V4 가변 부위를 시퀀싱하기 위해 NextSeq 2000 및 MiSeq® 시스템을 사용하여 비슷한 성능을 시연합니다.
NextSeq 1000 및 NextSeq 2000 시스템에서의 소규모 전장 유전체 시퀀싱
이 애플리케이션 노트에서는 NextSeq 1000 및 NextSeq 2000 시스템의 성능과 WGS용 MiSeq® System의 성능을 비교합니다. NextSeq 1000 및 NextSeq 2000 시스템은 소규모에서 중간 규모 유전체의 WGS에 관심이 있는 검사실에 탁월한 선택입니다.