차세대 시퀀싱 용어의 정의를 사용하여 시퀀싱 프로젝트를 계획할 때 주요 용어와 중요한 개념을 명확히 해 보세요.
알려진 참조 염기에 정렬되거나 ‘커버’하는 시퀀싱 된 염기의 평균 수. 예를 들어, 전장 유전체가 30배 커버리지로 시퀀싱되었다는 것은 유전체의 각 염기가 평균적으로 30번 시퀀싱되었다는 것을 의미합니다. 커버리지 수준이 높을수록 더 높은 신뢰 수준으로 베이스 콜을 할 수 있습니다.
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유전체 DNA 샘플(또는 cDNA 샘플)을 시퀀싱 라이브러리로 변환하는 분자 생물학 프로토콜로, 그 후 NGS 기기에서 시퀀싱할 수 있습니다. 라이브러리 준비의 첫 번째 단계는 DNA 샘플을 무작위로 절편화한 다음, 각 DNA 절편에 5′ 및 3′ 어댑터를 라이게이션하는 것입니다. 또는 ‘태그멘테이션’은 절편화 및 라이게이션 반응을 단일 단계로 결합하여 라이브러리 준비 과정의 효율성을 크게 높입니다.
더 알아보기라이브러리 준비 과정에서 고유한 짧은 DNA 시퀀스 또는 ‘인덱스’를 각 DNA 절편에 추가하는 과정. 이 고유한 시퀀스를 통해 많은 라이브러리를 함께 풀링하고 동시에 시퀀싱할 수 있습니다. 풀링된 라이브러리에서 읽은 시퀀싱은 최종 데이터 분석 전에 컴퓨터로 식별 및 분류됩니다. 라이브러리 멀티플렉싱은 소규모 유전체로 작업하거나 관심 유전체 영역을 표적화할때 유용한 기술입니다. 멀티플렉싱은 런 비용이나 런 타임을 크게 늘리지 않고 한 번의 런으로 분석되는 샘플 수를 기하급수적으로 늘릴 수 있습니다.
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시퀀싱 라이브러리의 모든 DNA 절편에 걸쳐 각 염기 위치에 동일한 비율의 A, C, G, T 뉴클레오티드가 존재하는 것. Illumina 시퀀싱 시스템에서 효과적인 이미지 분석을 위해서는 색상 균형이 필요합니다. 따라서 대부분의 Illumina 라이브러리 준비 워크플로우에는 라이브러리의 각 염기 위치에 필요한 시퀀스 다양성을 생성하는 무작위 절편화 단계가 포함되어 있습니다.
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동일한 런에서 DNA 절편의 양쪽 말단에서 시퀀싱하는 과정.
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베이스 콜링에서 오류가 발생할 확률을 예측하거나 추정하는 NGS의 메트릭스. 품질 점수(Q-score)는 매우 작은 오류 확률을 간결하게 전달하는 역할을 합니다. Q-score가 높을수록 베이스 콜이 더 안정적이며 오류 가능성이 적다는 뜻입니다.
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모든 i5 인덱스와 모든 i7 인덱스가 한 번만 사용되도록 구성한 인덱스 페어. 고유한 듀얼 인덱스를 사용하면 인덱싱된 호핑된 리드를 식별하고 필터링할 수 있어 멀티플렉스 샘플에 대한 신뢰도를 높일 수 있습니다.
게시판 읽어보기전체 유전체를 염기별로 볼 수 있는 포괄적인 방법.
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