MiSeq 시퀀싱 시스템 애플리케이션 및 방법

가능성 살펴보기

MiSeq System은 표적 유전자 및 작은 유전체 시퀀싱을 포함한 광범위한 애플리케이션에 유연성과 간소함을 제공합니다

MiSeq flow cell

주요 애플리케이션 및 방법

작은 전장 유전체 시퀀싱(WGS)을 통해 공중 보건, 감염병 감시 시스템, 분자 역학 연구 및 환경 메타지노믹의 애플리케이션을 위해 미생물 또는 바이러스 유전체를 포괄적으로 분석할 수 있습니다. 이 접근법은 세균 배양 또는 노동 집약적 복제 단계를 필요로 하지 않습니다. MiSeq System 시퀀싱 런(run)당 최대 24개의 작은 유전체를 시퀀싱합니다.

Application Note 읽기: 미생물 WGS

고객 인터뷰 읽어 보기: 역학 연구

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라이브러리 준비
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시퀀싱
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분석

BaseSpace Sequence Hub에서 샘플 데이터 찾아보기(로그인 필요): MiSeq 작은 유전체 데이터

샘플당 예상 비용: $80*

*5 Mb 유전체, 50~100X 커버리지, 2 x 300 bp 리드 길이, Nextera XT Library Prep Kit, MiSeq Reagent v3 600사이클 키트를 기준으로 2016년에 계산한 Miseq 시스템의 작은 전장 유전체 시퀀싱 샘플당 예상 비용

표적 유전자 시퀀싱은 관심 유전자 또는 관심 유전체 영역만을 시퀀싱하는 데 시간과 비용 및 분석의 초점을 맞추고 있습니다. PCR 앰플리콘의 울트라 딥 표적 시퀀싱인 앰플리콘 시퀀싱을 사용하면 하나의 assay에서 최대 수백 개의 표적 유전체 영역을 비용 효율적으로 분석할 수 있습니다. 한 번의 MiSeq® System 시퀀싱 런에서 최대 96개 샘플과 1,536개 이상의 앰플리콘을 시퀀싱합니다.

고객 인터뷰 읽어 보기: 세균성 약물 내성

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Assay 설계 및 라이브러리 준비
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시퀀싱
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분석

16S 리보솜 RNA(rRNA) 유전자의 시퀀싱은 복잡한 마이크로바이옴 또는 연구하기 어려운 환경에서 세균을 식별하고 비교하는 무배양 방법입니다. 16S rRNA 시퀀싱을 위한 Illumina의 입증된 프로토콜은 실험에서 추측을 제거하는 데 도움이 될 수 있다. 멀티플렉싱(Multiplexing)을 사용하면 MiSeq 런당 최대 96개의 샘플을 시퀀싱할 수 있습니다.

Application Note 읽어보기 16S 메타유전체학 연구

고객 인터뷰 읽기: 미생물 커뮤니티 연구

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라이브러리 준비
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시퀀싱
3
분석

BaseSpace Sequence Hub에서 샘플 데이터 찾아보기(로그인 필요):

16S 메타지노믹 시퀀싱 런

16S 메타지노믹 시퀀싱 프로젝트

샘플당 예상 비용: $10* 

*96개 샘플, 2 x 300 bp 리드 길이, Nextera XT 인덱스 프라이머, MiSeq Reagent v3 600사이클 키트를 기준으로 2016년에 계산한 MiSeq® System의 16S rRNA 시퀀싱 샘플당 예상 비용

추가적인 애플리케이션 및 방법

ChIP-Seq

유전자 조절에 대한 유전체 전체 조사를 위해 DNA와의 단백질 상호작용 분석.

De Novo 시퀀싱

모든 종에 대해 이용 가능한 참조 시퀀스 없이 새로운 유전체를 빠르고 정확하게 특성 규명 가능.

miRNA 및 small RNA 분석

microRNA와 같은 작은 RNA 종을 분리 및 시퀀싱하여, 유전자 침묵(silencing)과 전사후 조절(posttranscriptional regulation)에서 비코딩(noncoding) RNA의 역할을 연구할 수 있습니다.

품질 관리

바이오프로덕션 연구에 대한 품질 관리(QC) 애플리케이션을 수행하거나 본격적인 런에 커밋하기 전에 시퀀싱 라이브러리의 품질을 평가합니다.

표적 DNA 시퀀싱

관심 유전자 또는 관심 유전체 영역만을 시퀀싱하는 데 시간과 비용 및 분석의 초점을 맞춥니다.

표적 RNA 시퀀싱

유전자 발현 프로파일링 연구를 위해 관심 있는 특정 전사물을 선택하고 시퀀싱합니다.

다른 사람들이 이 기기를 사용하는 방법

MiSeq System으로 가능한 기능 보기