제품

Viral Surveillance Panel

전장 유전체 염기서열분석 및 표적 농축을 동반한 SARS-CoV-2, 인플루엔자, 아르보바이러스, 간염을 포함한 >200가지 바이러스 및 아형의 특성을 규명합니다.

< 9시간 라이브러리 준비 시간

Assay 시간

< 2시간 라이브러리 준비 시간

수작업 시간

10~100 ng

사용량

상세한 정보는 사양표를 확인하세요.

개요

바이러스 감시 패널 v2 키트를 통해 연구자들은 SARS-CoV-2, 인플루엔자, 아르보바이러스, 간염을 포함한 광범위한 바이러스를 규명할 수 있는 전장 유전체 염기서열분석(whole-genome sequencing, WGS) 자료를 획득할 수 있습니다.

  • 공중 보건에 고위험으로 확인된 200개 이상의 바이러스에 대한 커버리지 

  • RNA 및 DNA 바이러스에 대한 동시 인리치먼트(enrichment) 

  • 폐수, 환경 및 임상 후를 포함한 다양한 샘플과 호환 가능 

바이러스 검출을 위한 표적 인리치먼트(Target Enrichment)

하이브리드 캡처 방법을 통한 표적 인리치먼트(Target Enrichment)표적 인리치먼트(Target Enrichment)는 샷건 메타지노믹스 시퀀싱에 필요한 높은 리드 깊이 없이 여러 바이러스의 WGS를 가능하게 하여 바이러스 진화 및 광범위한 바이러스 감시 시스템에 대한 통찰력을 제공합니다.1 또한, 앰플리콘 시퀀싱과 같은 다른 표적 재시퀀싱(targeted resequencing) 방법과 비교하여, 하이브리드 캡처는 돌연변이를 획득, 시퀀스 및 식별하는 더 큰 능력을 제공하여 빠르게 진화하는 바이러스의 발병 감시 시스템에 이상적입니다.

바이러스 애플리케이션을 위한 간소화된 솔루션

이 포괄적인 워크플로우는 라이브러리 준비, 표적 강화, 시퀀싱 및 데이터 분석을 통합하여 연구자와 공중 보건 과학자가 하나의 패널/워크플로로 여러 고위험 바이러스를 모니터링할 수 있도록 합니다. 

사양

Assay 시간 < 9시간 라이브러리 준비 시간
자동화 기능 Liquid handling robots
자동화 상세 정보 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기
설명 Illumina RNA Prep with Enrichment가 포함된 Viral Surveillance Panel은 66개의 RNA 및 DNA 바이러스 병원체의 바이러스 발생 검출 및 모니터링을 지원하는 최적화된 워크플로우를 제공합니다.
수작업 시간 < 2시간 라이브러리 준비 시간
사용량 10~100 ng
Instruments MiSeq System, iSeq 100 System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeq System
작용 기전 온비드·태그멘테이션(on-bead tagmentation) 후 단일 혼성화 단계
방법 Targeted DNA sequencing, Whole-genome sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment
멀티플렉싱 고유한 듀얼 인덱스(unique dual index)를 사용하여 한 번의 런으로 최대 384개 샘플
Nucleic acid type DNA, RNA
Species category Virus
Strand specificity Non-stranded
Technology Sequencing

필수 제품

전체 키트에는 정제 비드 및 인덱스 어댑터를 포함하여 라이브러리 준비 및 강화에 필요한 모든 것이 포함되어 있습니다. 최대 384개 샘플의 대규모 실행에는 최대 4개의 키트를 사용하십시오.

  • Illumina 바이러스 감시 패널 v2 키트, 세트 A(96개 검체)
  • Illumina 바이러스 감시 패널 v2 키트, 세트 B(96개 검체)
  • Illumina 바이러스 감시 패널 v2 키트, 세트 C(96개 검체)
  • Illumina 바이러스 감시 패널 v2 키트, 세트 D(96개 검체)
/ 결과

애플리케이션

바이러스 감시 패널 v2 키트는 200개 이상의 RNA 및 DNA 바이러스 병원체에 대한 바이러스 발생 검출 및 모니터링을 지원하는 최적화된 워크플로우를 제공합니다.

예시 워크플로우

1
준비

바이러스 감시 패널 v2 키트(세트 A-D)

2
시퀀스
3
분석

관련 애플리케이션 및 방법

감염병의 유전체 감시 시스템

NGS는 코로나바이러스의 새로운 균주 및 기타 새로운 감염병 제제의 식별을 통해 효과적인 유전체 감시 시스템 전략을 뒷받침합니다.

코로나바이러스 시퀀싱

NGS는 신종 코로나바이러스 변이를 식별하고, COVID-19 전파를 추적하는 등 다양한 기능을 수행할 수 있습니다. 다양한 코로나바이러스 시퀀싱 목표에 대한 NGS 방법을 비교합니다.

폐수 감시

Learn how wastewater surveillance is helpful for community-level monitoring of emerging infectious diseases, mutation tracking, and variant trend tracking.

문서

제품 관련 자료
지원 문서

비교하기

Viral Surveillance Panel Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit
Assay 시간 < 9시간 라이브러리 준비 시간 < 9시간 라이브러리 준비 시간 < 9시간 라이브러리 준비 시간
자동화 기능 Liquid handling robots Liquid handling robots Liquid handling robots
자동화 상세 정보 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기 사용 가능한 자동화 방법 살펴보기
설명 Illumina RNA Prep with Enrichment가 포함된 Viral Surveillance Panel은 66개의 RNA 및 DNA 바이러스 병원체의 바이러스 발생 검출 및 모니터링을 지원하는 최적화된 워크플로우를 제공합니다. SARS-CoV-2 및 기타 흔한 호흡기 바이러스를 검출하고 분석하기 위한 간소화된 워크플로. 비의존적 설계는 여러 관심대상 검체 유형 전반에서 병원성 바이러스의 광범위한 식별을 가능하게 한다. 호흡기 감염 및 동시 감염을 식별하고, 항균제 내성 표지자를 검출하며, 바이러스 진화 및 전파를 연구하기 위해 주요 병원체(SARS-CoV-2 및 Flu A/B 바이러스)의 균주 유형 분석을 실시한다.
수작업 시간 < 2시간 라이브러리 준비 시간 < 2시간 라이브러리 준비 시간 < 2시간 라이브러리 준비 시간
사용량 10~100 ng 10~100 ng 용량 기준(농도 의존적 아님)
Instruments MiSeq System, iSeq 100 System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, MiniSeq System MiSeq System, NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, MiniSeq System MiSeq System, NextSeq 550 System, MiniSeq System
작용 기전 온비드·태그멘테이션(on-bead tagmentation) 후 단일 혼성화 단계 온비드·태그멘테이션(on-bead tagmentation) 후 단일 혼성화 단계 온비드·태그멘테이션(on-bead tagmentation) 후 단일 혼성화 단계
방법 Targeted DNA sequencing, Whole-genome sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment Targeted DNA sequencing, Targeted RNA sequencing, Target enrichment
멀티플렉싱 고유한 듀얼 인덱스(unique dual index)를 사용하여 한 번의 런으로 최대 384개 샘플 고유한 듀얼 인덱스(unique dual index)를 사용하여 한 번의 런으로 최대 384개 샘플 고유한 듀얼 인덱스(unique dual index)를 사용하여 한 번의 런으로 최대 384개 샘플
Nucleic acid type DNA, RNA DNA, RNA DNA, RNA
Species category Virus Human, Virus Fungal, Virus, Bacteria
Strand specificity Non-stranded
Technology Sequencing Sequencing Sequencing

선택 도구:

Library Prep and Array Kit Selector

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그림 자료

판독 수 및 바이러스 유전체 커버리지 획득

모든 RNA/DNA가 염기서열분석되는 샷건 메타유전체 염기서열분석과 비교하여, 표적 하이브리드 포획은 숙주 및 비표적 미생물의 불필요한 염기서열분석을 감소시킨다.

균일한 바이러스 유전체 커버리지

바이러스 감시 패널 v2 키트의 표적 증균 프로브는 전체 바이러스 유전체를 균일하게 커버합니다. 바이러스 대조군은 알려진 복제수의 바이러스 대조군을 10 ng 인간 RNA/DNA 혼합물과 혼합하여 제조하였다. 라이브러리는 바이러스 감시 패널 v2 키트 작업 흐름에 따라 준비되고 순서가 지정되었습니다.

 

폐수 감시

바이러스 감시 패널 v2 키트 또는 샷건 염기서열분석을 사용하여 폐수에서 검출된 바이러스.a 바이러스 농도가 낮은 검체는 바이러스 감시 패널 v2 키트를 사용할 때 쉽게 검출할 수 있다.

검출된 바이러스의 전체 목록은 데이터 시트 또는 바이러스 목록 스프레드시트를 참조하십시오.

바이러스 감시 패널 v2 바이러스 목록 스프레드시트 다운로드

a. 콜로라도 주립 대학의 연구자들이 샘플을 채취하고, 정제된 총 핵산을 시험을 위해 Illumina로 배송하였다. 라이브러리를 제조하고 100 ng 총 핵산을 사용하여 시퀀싱하였다. 

바이러스 감시 패널 v2 키트에 의해 검출된 바이러스

이 패널은 세계보건기구(WHO)에 의해 공중 보건에 대한 중요한 위험으로 식별된 66가지 바이러스를 포함하여 200가지가 넘는 바이러스 및 아형을 검출한다.2

바이러스 감시 패널에 포함됨  
  아데노-연관 바이러스 2 인간 아데노바이러스(종 A~G) 마마스트로바이러스 로타바이러스(A, B, C, H종)
  아이치 바이러스 1 인간 보카바이러스 마르부르크 바이러스 풍진 바이러스
  아이가이 바이러스 인간 코로나바이러스(4종) 마야로 바이러스 사비아 바이러스
  봄발리 바이러스 인간 거대세포바이러스 홍역 바이러스 살리바이러스 A
  버번 바이러스 인체 면역결핍 바이러스(1 및 2) 엉킴 바이러스 모래파리열 시실리 바이러스
  캐시 밸리 바이러스 인간 메타뉴모바이러스 메르스-CoV 사포바이러스
  캘리포니아 뇌염 바이러스 인유두종바이러스(28종) Mpox 바이러스 SARS-CoV
  채파리 바이러스 인간 파라인플루엔자 바이러스(1~4형) 볼거리 바이러스 SARS-CoV-2
  치쿤구니야 바이러스 인간 파레코바이러스 머레이 밸리 뇌염 바이러스 세믈리키 숲 바이러스
  콜로라도 진드기열 바이러스 인간 파보바이러스 B19 니파 바이러스 혈소판감소증 증후군 바이러스를 수반한 중증 발열
  콕사키바이러스(A 및 B) 인플루엔자 A 바이러스(20가지 아형) 노로바이러스 신드비스 바이러스
  크림-콩고 출혈열 바이러스 인플루엔자 B 바이러스(두 계통 모두) 옴스크 출혈열 바이러스 스노우슈헤어 바이러스
  뎅기 바이러스(4종) 인플루엔자 C 바이러스 오닉용 바이러스 소수가 바이러스
  에볼라 바이러스(6종) 제임스타운 캐니언 바이러스 오로푸슈 바이러스 세인트루이스 뇌염 바이러스
  에코바이러스 일본 뇌염 바이러스 폴리오바이러스 타청 진드기 바이러스 2
  엔테로바이러스(A - D) 주닌 바이러스 폴리오마바이러스(13종) 타히나 바이러스
  엡스타인-바 바이러스 카사누르 숲병 바이러스 포와산 바이러스 진드기 매개 뇌염 바이러스
  말 뇌염 바이러스(3종) 라크로스 바이러스 푼타 토로 바이러스 토오크 테노 바이러스(아넬로바이러스)
  과나리토 바이러스 라사 바이러스 광견병 바이러스 토스카나 바이러스
  한타바이러스(22종) 로비우 바이러스 Ravn 바이러스 유수투 바이러스
  하트랜드 바이러스 루조 바이러스 호흡기 세포융합 바이러스(A형 및 B형) 수두 대상포진 바이러스
  헨드라 바이러스 림프구성 맥락수막염 바이러스 리노바이러스(종 A - C) 수두 바이러스
  간염 바이러스(A - E) 리사바이러스 리프트 밸리 열 바이러스 웨스트 나일 바이러스
  단순 포진 바이러스(1 및 2) 마추포 바이러스 로스강 바이러스 황열병 바이러스
  지카 바이러스

라이브러리 프렙 (4)

Viral Surveillance Panel, RUO 96 Rxns

20088154

Includes Viral Surveillance Panel sufficient for 32, 3-plex enrichment reactions when paired with Illumina RNA Prep with Enrichment kit. Purchase library prep and enrichment kit and index adapters separately.

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VSP w ILMN RNA Prep w Enrich A, 96 Rxns

20087932

Includes all reagents necessary for library prep and enrichment including Illumina RNA Prep with Enrichment kit reagents, Viral Surveillance Panel, IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set A for preparation of 96 libraries followed by enrichment in 32, 3-plex enrichment reactions.

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VSP w ILMN RNA Prep w Enrich B, 96 Rxns

20087929

Includes all reagents necessary for library prep and enrichment including Illumina RNA Prep with Enrichment kit reagents, Viral Surveillance Panel, IDT for Illumina DNA/RNA UD Indexes Set B for preparation of 96 libraries followed by enrichment in 32, 3-plex enrichment reactions.

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Illumina® RNA Prep with Enrichment, (L) Tagmentation (96 Samples)

20040537

Includes reagents for preparing and enriching 96 libraries (32, 3-plex enrichment reactions). Purchase enrichment probe panel, Purification Beads and index adapters separately.

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인덱스 어댑터 (8)

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples) Includes 96, 10 bp indexes sufficient for labeling 96 samples. Purchase library prep and enrichment reagents and probe panels separately.

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples) Includes 96, 10 bp indexes sufficient for labeling 96 samples. Purchase library prep and enrichment reagents and probe panels separately.

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples) Includes 96, 10 bp indexes sufficient for labeling 96 samples. Purchase library prep and enrichment reagents and probe panels separately.

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples) Includes 96, 10 bp indexes sufficient for labeling 96 samples. Purchase library prep and enrichment reagents and probe panels separately.

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027213

Includes 96, 10 bp indexes sufficient for labeling 96 samples. Purchase library prep and enrichment reagents and probe panels separately.

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20027214

Includes 96, 10 bp indexes sufficient for labeling 96 samples. Purchase library prep and enrichment reagents and probe panels separately.

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042666

Includes 96, 10 bp indexes sufficient for labeling 96 samples. Purchase library prep and enrichment reagents and probe panels separately.

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IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20042667

Includes 96, 10 bp indexes sufficient for labeling 96 samples. Purchase library prep and enrichment reagents and probe panels separately.

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FAQ

양호한 품질의 샘플의 경우, 리드 깊이는 150 bp의 리드 길이를 갖는 샘플 당 최소 2M 개의 페어드 엔드 리드(paired-end·reads)입니다. 폐수와 같은 보다 복잡한 시료의 경우, 시료당 최소 8M의 페어 엔드 판독이 권장됩니다.

예. Viral Surveillance Panel을 사용하여 한 번에 여러 바이러스의 전장 유전체 시퀀싱를 실시할 수 있습니다. 따라서 이 패널은 바이러스 감시 및 바이러스 진화 분석에 이상적입니다. 

예, dsRNA, ssRNA, dsDNA, 및 ssDNA 바이러스가 검출된다.

표준 워크플로우는 하나의 혼성화(3-플렉싱)당 3개의 샘플을 풀링하는 것입니다.

바이러스 감시 패널 v1은 공중 보건 우려 대상의 66개 바이러스에 대한 결과를 제공한다.  바이러스 감시 패널 v2는 이 표적 목록을 200개 이상의 바이러스 및 아형으로 확장한다.  바이러스 감시 패널 v2에는 바이러스 감시 패널 v1에 포함되지 않은 Illumina 정제 비드가 포함되어 있습니다.

/ 결과

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광범위한 시퀀싱 애플리케이션에 사용하기 위한 매우 정확한 데이터를 생성하는 효율적이고 빠른 통합 라이브러리 프렙 워크플로우입니다.

참고 문헌
  1. Gaudin M, Desnues C. Hybrid Capture-Based Next Generation Sequencing and Its Application to Human Infectious Diseases. Front Microbiol. 2018;9:2924. Published 2018 Nov 27. doi:10.3389/fmicb.2018.02924
  2. Bloom DE, Cadarette D. Infectious Disease Threats in the Twenty-First Century: Strengthening the Global Response. Front Immunol. 2019;10:549. Published 2019 Mar 28. doi:10.3389/fimmu.2019.00549

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